En el reinado de Felipe III, siendo virrey de la Nueva España D. Gaspar de Zúñiga y Acevedo, conde de Monterrey, salió del puerto de Acapulco una escuadra al mando del almirante Toribio Gómez de Corbán, llevando a sus órdenes al navegante Sebastián Vizcaíno (5 de mayo de 1602)[14]; se presentó en el cabo Mendocino (20 de enero de 1603), tornó a Acapulco, donde entró el 21 de marzo de 1603. Reconoció Sebastián Vizcaíno la costa de la Baja y de la Alta California hasta los 42°, y visitó los puertos de San Diego, Monterrey, y tal vez el de San Francisco. Arrojado uno de sus buques a los 43° cerca del cabo Blanco, se vió una entrada o río muy caudaloso, que llamaron de Martín de Aguilar, nombre de un alférez que intentó reconocerlo y no pudo a causa de la fuerza de la corriente de dicho río. Vizcaíno, al desembarcar en la bahía de San Bernabé, publicó un bando imponiendo pena de la vida al que maltratase á los indios. Fray Antonio de la Ascensión, cosmógrafo de la expedición emprendida en 1602 por Vizcaíno, redactó una relación de ella que, según copia del original hecha en México a 12 de octubre de 1620, se encuentra entre los manuscritos de la Biblioteca Nacional, y cuyo título es como sigue:

«Relación breve en que se da noticia del descubrimiento que se hizo en la Nueva España en la mar del Sur desde el puerto de Acapulco hasta mas adelante del cabo Mendocino en que se da cuenta de las riqueças y buen temple y comodidades del Reyno de Californias y de como podrá Su Mag. a poca costa pacificarle y encorporarle en su Real Corona y hazer que en el se pedrique el Santo Ebangelio, por el padre fray Antonio de la Ascension, Religioso Carmelita descalço que se hallo en el y como cosmografo lo demarco.»

Vizcaíno consideraba necesario dos navíos pequeños de a 200 toneladas, y «se han de proueer—dice—con abundancia assi de municiones y pertrechos de guerra, como de bastimentos, jarcias y belame..., en México se han de levantar hasta 200 soldados que sean buenos marineros juntamente, adbirtiendo que sean soldados biejos, curtidos y bien experimentados así en las armas como en el marinaje, porque todos con uniformidad y sin diferencia acudan a todo segun las ocassiones se ofrecieren... hombres de bien y de berguença porque en el viaje assi por la mar como en tierra aya paz union y hermandad entre todos» al mando de «uno o dos capitanes que sean buenos cristianos y temerosos de Dios y personas de meritos y que ayan con fidelidad en otras occassiones servido a su Magestad assi en guerras por tierra como Armadas por la mar.» Estima que el jefe debe ser persona de valor y prendas «y se aya de atras de estar esperimentada y cursada en semejantes cargos, para que sepa tratar a todos con amor y ymperio... temerosa de Dios, cuydadosa de su conciencia y celosa del seruicio de S. M. y de cosas de la conuersion de estas almas.»

«A todos los que fueren de esta jornada se les ha de dar expressa orden y mandado que tengan grande obediencia y sujecion á los religiosos que fueren en su compaña, y que sin su orden, consejo y parecer no se haga guerra y otra molestia alguna a los indios ynfieles, aunque ellos den alguna occassion, porque asi las cosas se hagan en paz y con cristiandad y con amor y quietud, que es el modo que se ha de tener en la pacificacion de aquel reino y en la predicacion del santo Evangelio, fin y blanco a que se endereçan estos gastos y estas preuenciones, porque de no hazerse ansi sino lo contrario, sera malograrlo todo y perder el tpo y la hazienda en balde, como por la esperiencia se ha visto muchas veces en esta Nueva España en otras conquistas y pacificaciones de nuevas tierras en que Dios nro. Señor a sido mas ofendido que seruido.»

Considera conveniente hacer dádivas a los indios, adquiriendo para ello «cantidad de cosillas de dijes de Flandes, como son quentas de vidrio de colores, granates falsos, cascaueles, espejuelos, cuchillos y tijeras baladíes y trompas de París y algunas cosas de vestidos, y de estas cosas se haga reparticion entre los religiosos y soldados, para que en los puertos que saltaren ó escojieren para hacer assiento en las tierras de los ynfieles las repartan de gracia con muestras de amor y voluntad en nombre de su Magestad con los yndios que vinieren á verles, para que con estas dadivas graciosas los yndios conserven amor y afficion a los cristianos y conozcan aun a su tierra a darles de lo que llevan y no a quitarles lo que tienen, y que entiendan aun a buscar el bien de sus almas. Este es un medio de grande ymportancia para que los yndios se aquieten sumamente y pacifiquen y obedezcan a los españoles sin contradiccion ni repugnança, y reciban con gusto a los que ban a predicarles el Sagrado Evangelio y los misterios de Ntra. Santa fe Catholica, de mas que los yndios de este paraje son reconocidos y agradecidos, y en recompensa y paga de lo que se les diere, acudiran con las cosas que ellos tubieren de estima en su tierra, como lo hicieron con nosotros con esta preuencion.»

Opinaba que el sitio más adecuado para el primer pueblo, era la bahía de San Bernabé, donde debían hacerse casas «construídas de tal suerte, que las unas casas sean guarda y amparo de las otras», levantándose tambien iglesia y casa fuerte, que sirviera de castillo y atalaya para casos adversos, «en puerto fuerte, eminente y señoril», y si fuera posible con paso seguro a la mar «para reciuir socorro y enviarle a pedir por mar en caso que alguna necessidad se ofreciere, como comunmente lo han vsado los portugueses en los puestos que an hecho asiento en la India y les a sucedido muy bien el vsar de este ardid y advertencia.»

Recomienda la necesidad de la vigilancia y de la prevención continua, «porque en tierra de yndios infieles, aunque se hayan dado por amigos y de paz, no ay que fiar mucho, antes se ha de uiuir con ellos y entre ellos con notable recato y bigilancia y adbertencia», y propone el establecimiento de un mercado o Casa de Contratación «para que allí acudan los yndios a rescatar lo que quisieren de los españoles, y para que ellos entre sí, unos con otros, traten y contraten, que con esto se facilitará mucho la comunicacion de ellos con los nuestros, de que se vienen a enjendrar el amor y la amistad.»

Juzga que es conveniente para poblar la tierra y para el sustento, «llevar vacas, ovejas, carneros, cabras, yeguas y lechones... Estos animales se criaran y multiplicaran muy bien en esta tierra, por ser para ello acomodada y fertil, y tambien se podran hazer algunas lauores de trigo y de maiz y plantar biñas y huertas, para que se tenga el sustento de las puertas adentro, sin que sea necesario traerlo de acarreto y de fuera, ymponiendo y enseñando a los yndios para que ellos hagan lo mismo, que todo lo tomaran bien redundando en su probecho.»

Proponía despertar el espíritu del salvaje enseñándole a cantar y a tañer los instrumentos músicos.

Recomendaba con insistencia «que de los yndios se vayan escojiendo algunos de los mas aviles, entresacando entre los muchachos y niños los que parecieren mas dociles y ingeniosos y aviles, y estos se uayan doctrinando y al mismo tiempo que se fuera enseñando la doctrina cristiana y a leer en cartillas españolas para que juntamente con el leer aprendan la lengua española, y que aprendan a escriuir... porque el buen fundamento tiene firme el edificio.»