Termina su relación Fray Antonio de la Ascensión condenando el sistema de las encomiendas. «Conviene que su Magestad haga estas pacificaciones a su costa, y que no las encomiende a nadie, y porque los soldados vayan con sujecion y obediencia a sus mayores, a los españoles que fueren enviados por su Magestad a esta jornada para la pacificacion y poblacion de este reino, se les a de advertir que no van a ganar tierras para si ni vasallos, sino para los Reyes de Castilla que los embian porque no conviene que su Magestad haga mercedes de pueblos ni de yndios que se fueren pacificando y convirtiendo a nuestra santa fe a ningun español por grandes servicios que aya hecho en estos reinos a S. M., porque su Magestad lo podra saber con buena conciencia, y sera la total ruyna y destruccion de todos los yndios, como sucedio en los principios que se conquistaron estos reynos de la Nueva España, y se vió sucedio en las yslas de barlouento y en tierra firme, como lo cuenta y trata muy por extenso el Sr. Obispo de Chiapa D. Fr. Bartolomé de las Casas.»
Sucediéronse diferentes viajes que no carecen de importancia, hallándose, entre otros, el realizado por el capitán Nicolás de Cardona el 21 de marzo de 1615, cuyo original se conserva en la sección correspondiente de la Biblioteca Nacional, y cuyo largo título es como sigue:
«Descripciones Geograficas e Hidrograficas de muchas tierras y mares del Norte y Sur en las Indias, en especial del descubrimiento del reino de la California, hecho con trabajo e industria por el capitan y cabo Nicolas de Cardona, con orden de nro. sor. Don Phelipe II de las Españas. Dirigidas al Excmo. Sr. D. Gaspar de Guzman, conde de Olivares, duque de San Lucar la Mayor, etc.» 24 de junio de 1632. Cardona consideraba a California como la tierra más rica en minas de oro y plata de todas las Indias.
El almirante D. Pedro Porter de Casanate ofreció el año de 1636, por servir a S. M., hacer viaje a la California para saber si era isla o tierra firme y descubrir lo occidental y septentrional de la Nueva España, fabricando a su costa navíos, conduciendo gente y llevando pertrechos, bastimentos y todo lo necesario. Dice Porter que «California, de buen temple, sana, fértil, con aguas, dispuesta para labores y sementeras, tiene ganados, frutos y yerbas saludables, muchas arboledas, frutos y flores de España, hasta higueras y rosas.» Hasta el 8 de agosto de 1640 no le concedió S. M. la autorización pedida; pero le detuvo todavía tres años «honrándome—dice Porter—con parecer que podía ser de algun util en sus armadas...» El Consejo de Indias dispuso que se aprestase a salir con toda celeridad, como lo verificó el 2 de agosto de 1643. Salió de Cartagena y llegó a Veracruz el 22 de dicho mes. En México se presentó al virrey, buscó amigos y dinero, comenzando la construcción de buques. Con Nuestra Señora del Pilar y San Lorenzo navegó los años 1648 y 1649, descubriendo y demarcando las costas e islas del golfo de California.
Reinando Carlos II se ofreció a conquistar la California el almirante D. Isidro Atondo y Antillón, mediante escritura de diciembre de 1678, que fué aprobada por Real Cédula de 29 de dicho mes de 1679. Salió la expedición del puerto de Chacala el 18 de marzo de 1683, llevando por cosmógrafo al Padre Francisco Eusebio Kunt o Kino, alemán, profesor de Ingolstad. Llegaron al puerto de la Paz y trataron de establecerse en el interior; pero los indios se aprestaron a la resistencia y tuvieron que dirigirse a Sinaloa. Volvieron otra vez y eligieron la bahía de San Bruno como punto de desembarco, y como tampoco pudieran sostenerse, se retiraron a últimos de 1685.
En vista del poco éxito de los conquistadores, los misioneros tomaron la determinación de incorporarla a España mediante la civilización y el sentimiento religioso. En obra tan humanitaria ayudaron al Padre Kunt los misioneros Salvatierra, Tamaral y otros. El P. Juan María Salvatierra fué conocido después con el dictado de Apóstol de la California. Los jesuítas predicaron el Evangelio y consiguieron que los perezosos californios se dedicasen a la agricultura y a levantar diques o presas a las inundaciones ocasionadas por los torrentes. Cuando con más celo que prudencia combatieron la poligamia, estallaron crueles rebeliones en las misiones del Sur (1734), hasta tal punto que soldados y algunos frailes fueron muertos, experimentando notable retroceso la obra de las misiones.
Si en el siglo xvi se consideró a California como península y en el xvii se creyó que era isla, en el año 1746 se probó que sólo estaba separada de la parte continental por el lecho de la corriente del río Colorado.
Cuando más trabajaban los jesuítas en su obra civilizadora, les sorprendió la orden de expulsión de la colonia, dictada en 25 de junio de 1767 y hecha efectiva en 3 de febrero siguiente.
Encargados los franciscanos de las misiones, el P. Fray Junípero Serra fué el continuador de Salvatierra. Si al primero se debe la conquista de la Alta California, el segundo realizó la de la Baja. Monterrey, San Diego de Alcalá, San Antonio de Padua, San Gabriel y San Luis de Tolosa fueron las primeras misiones realizadas por los franciscanos en la Alta California. El 17 de septiembre de 1776 se inauguró la fortaleza o presidio de San Francisco, hoy capital del Estado. Los frailes tenían el gobierno espiritual y temporal de las misiones. «Sus armas eran un crucifijo colgado al cuello, el breviario bajo el brazo, una pintura de la Virgen y el Niño Dios por un lado y un condenado por el otro, y cuadrante y brújula para hacer observaciones»[15]. Los franciscanos, con patriotismo digno de alabanza, trabajaban por la extensión de los dominios españoles. Extendieron la cultura por todas partes. La ganadería y la agricultura adelantaron mucho. California bajo el poder español prosperó de modo extraordinario.
Sucediéronse después otras expediciones, ganando con ellas no poco la ciencia. Debemos también consignar que en la explotación del comercio fuimos más torpes que en obras de exploración y de atracción de indígenas.