Alvar Núñez Cabeza de Vaca era el nombre del nuevo Adelantado que nombró Carlos I. Nuestro andaluz caballero gozaba de justa fama desde que había hecho una expedición a la Florida. Salió de Sanlúcar y desembarcó en la costa Sur del Brasil. Emprendió poco después su viaje por tierra con 300 hombres y 36 caballos, y siguiendo la corriente del río Iguazú, llegó hasta las orillas del Paraná y en seguida a la Asunción, no perdiendo un solo hombre, sin embargo de lo árduo y peligroso del camino. Nombró Alvar Núñez maestre de campo al capitán Irala, encargándole que buscase la comunicación con el Perú. El mismo salió poco después (septiembre de 1543) a la cabeza de 400 españoles en busca de ricas minas, que no tuvo la dicha de encontrar. Reconoció el alto Paraguay. Vióse obligado a dar la vuelta a la Asunción por la resistencia de los naturales, la escasez de víveres y las fiebres reinantes en aquellos lugares. Con una nobleza digna de encomio, Alvar Núñez se puso al lado de los indígenas y en contra de los conquistadores, que, instigados por el contador Felipe Cáceres, tramaron una conjuración, viéndose obligado el valeroso Adelantado a rendir su espada a D. Francisco de Mendoza. Alvar Núñez fué mandado a España, encargándose del mando de la colonia D. Domingo Martínez de Irala.
No se olvide que Irala marchó (1548) al Perú, volviendo a la Asunción, donde reinaba la anarquía. Después de poner paz, de ensanchar sus conquistas, fundar nuevas poblaciones, dar ordenanzas administrativas y ver cómo se realizaban sus deseos con la creación del obispado de la Asunción, pasó de esta vida a la otra. Tras el gobierno de Salazar Espinosa y de otros menos importantes, vino, por renuncia de Torres de Vera en 1591, Hernando Arias de Saavedra, nacido en la Asunción. Duró su administración dos años, siendo reemplazado por Zárate y algunos más, hasta que volvió (1601) dicho Arias de Saavedra, que, entre otras cosas llevadas a cabo, realizó una expedición al Chaco y llamó por primera vez a los hijos de Loyola para catequizar a los infieles. Después de otros gobernadores, volvió Arias de Saavedra por tercera vez en 1615. Pasados cinco años, las provincias que formaban la capitanía general de Buenos Aires se dividieron en dos gobiernos: el del Paraguay y el citado de Buenos Aires (1620). Ambas provincias formarían parte del virreinato del Perú.
Habremos de recordar que encargado del gobierno Juan de Garay (1576), aunque con carácter provisional, si nada hizo de particular en el Paraguay, luego dejó honda huella en la Banda Argentina, siendo—como sabemos—la más notable la reedificación de Buenos Aires, año 1580.
De la Banda Oriental o tierra situada en la margen Oriental del río Uruguay (hoy República del Uruguay)[243], sólo diremos que, después de descubiertas las costas del Uruguay por Juan Díaz de Solís (1512), todavía, sin embargo de la fertilidad del territorio, permaneció un siglo abandonado de los españoles. Los misioneros primero y luego los españoles de Buenos Aires dedicados al pastoreo, comenzaron a establecerse en la Banda Oriental. Tiempo adelante los portugueses (del Brasil) fueron poco a poco penetrando en dicho territorio, encontrándose con la oposición de los gobernadores españoles de Buenos Aires.
Aunque los españoles fueron los primeros descubridores del Brasil—como ya hicimos notar en el tomo I de esta obra—, Portugal estableció factorías en las costas del país y lo consideró como suyo, en virtud, no de la Bula primera de Alejandro VI, sino de la segunda. Por la primera, otorgada el 3 de mayo de 1493, confirmaba el Papa a los reyes de Castilla en el derecho de posesión de las tierras ya descubiertas y de las que se descubriesen en lo sucesivo; y por la segunda, cuyo contenido es bastante extraño, el Pontífice, para evitar las cuestiones que se pudieran suscitar entre españoles y portugueses, trazó una línea imaginaria de polo a polo, declarando pertenecer a los españoles todo lo que descubriesen al Occidente, y a los portugueses todo lo que descubriesen al Mediodía. Añadiremos a lo que acabamos de exponer y a lo que expusimos en el primer tomo, lo siguiente: la primera línea de demarcación no llegaba a la posición del Brasil; pero llevada la segunda a 370 leguas al Oeste de la isla más occidental de Cabo Verde, entraba ya en tierras americanas, en particular si se contaba en leguas portuguesas, como también si se atendía a las cartas de los cosmógrafos portugueses que colocaban el Brasil más al Este de su verdadera situación. No cabe duda alguna que antes de terminar el primer tercio del siglo xvi, Portugal tenía establecimientos—colonización dirigida por Martín Alfonso de Souza—en Santa Cruz de Porto Seguro, en Santa Catharina y en la isla de San Vicente. «Los primeros colonos del Brasil—escribe el historiador Oliveira Lima—fueron deportados que el Gobierno portugués desembarcaba allí por la fuerza, generalmente en grupos de a dos, para aprender la lengua de la tierra y servir de intérpretes a las futuras expediciones; aventureros que no retrocedían ante la soledad moral; marinos sobrevivientes de naufragios, bastante frecuentes en los escollos de la costa, de las embarcaciones enviadas para efectuar reconocimientos o cargar; en fin, especuladores dispuestos a ganar en todo y que se dejaban seducir por los atractivos de la barbarie. El número de esos colonos aumentaba todos los años, así como también los que sólo iban allá como aves de paso.»
Ya sabemos que las primitivas tribus encontradas en el Brasil por los portugueses fueron las de los tupís y tapuyas. «Podemos sentar—escribe un historiador del Brasil—que la única creencia fuerte y segura que tenían los indios era la de la obligación de vengarse de los extraños que ofendían a cualquiera de su tribu. Este espíritu de venganza, llevado al exceso, era su verdadera fe.»
Además de los mencionados aventureros fueron muchos buscando el palo del Brasil, a los cuales acompañaron pronto algunos portugueses perseguidos por los tribunales de justicia, y también no pocos israelitas de los que D. Manuel el Afortunado (1495-1521), aconsejado por su mujer D.ª Isabel, perseguía con encono. Del mismo modo, las armadas de la India solían dejar algún colono en el Brasil. Ensanchóse algo más el comercio, cuando no sabemos quién—pero tal vez un madeirense—plantó la caña de azúcar. Fomentóse con lucrativos productos la cría de ganado lanar. Aunque algunas veces se opusieron los indígenas (tapuyas, tupís y otros) a los colonos, la dominación del país por los portugueses se realizó con poco trabajo. Hasta el reinado de Juan III (1521-1557) no se decidió Portugal a dedicarse por completo a la colonización del Brasil. Resolvióse a ello en vista de los numerosos navíos extranjeros, particularmente franceses, que frecuentaban la costa para proveerse de madera tintórea. El Gobierno portugués, con poderosa flota, envió a Martín Alfonso de Souza, quien fundó el puerto de San Vicente y tierra adentro la villa de Piratininga. Advertido Juan III de nuevas tentativas de parte de los franceses, dividió el país en 12 capitanías hereditarias que serían dadas a personas que pudieran colonizarlas.