Tomó la Audiencia el mando, que desempeñó dando muestras de verdadero rigor. Porque se decía que los negros tramaban una conspiración, la Audiencia hizo poner presos a 29 hombres y cuatro mujeres, los condenó a la horca y dispuso que las cabezas de los ajusticiados se colocasen en escarpias en la plaza principal.
El 28 de octubre de 1612 comenzó su virreinato D. Diego Fernández de Córdoba, marqués de Guadalcázar. Para ampliar las obras de desagüe de las lagunas concedió Felipe III 110.000 pesos, que se sacarían de un impuesto sobre el vino, aceptándose el proyecto que presentó el ingeniero Enrico Martín, mejor tal vez que el trazado por el ingeniero holandés Boot. Consideremos los hechos que se realizaron en tiempo del virrey Fernández de Córdoba. Don Gaspar de Alvear, gobernador de Nueva Vizcaya, sometió a los indios tepehuanes, los cuales se insurreccionaron y dieron muerte a varios religiosos; se afirmó nuestro dominio en el país de Nayarit[285], país que recibió luego el nombre de Nuevo reino de Toledo[286]; se fundaron las ciudades de Lerma y Córdoba, y en el año 1615 Tomás de Cardona acometió la explotación de la península de California, de cuyo país tomó posesión en nombre del monarca español.
Trasladado el marqués de Guadalcázar al virreinato del Perú (1621), le substituyó D. Diego Carrillo de Mendoza y Pimentel, marqués de Gelves y conde de Pliego. Entre el virrey y el arzobispo D. Juan Pérez de la Serna hubo serios altercados, con no poco desprestigio de ambas autoridades. Queriendo el prelado restablecer la disciplina eclesiástica, excomulgó por adúltero a D. Carlos de Arellano, alcalde mayor de Xochimilco; prohibió, entre otras imágenes ridículas, la de Jesucristo «caballero en un cordero corriendo, con una veletilla de niños en una mano y un pájaro atado de una cuerda en la otra;» condenó la venta de pulque a los indios, bebida nociva y causa de embriaguez; y, por último, ciertas devociones que se celebraban de noche durante la cuaresma y que servían de pretexto para ciertas liviandades. Aunque las disposiciones del prelado eran justas, se opuso a ellas la Audiencia, a cuyo lado estuvo el virrey. Llamó más la atención el siguiente hecho: Melchor Pérez de Varaiz, alcalde mayor de Metepec, encausado por cohecho, se refugió como lugar seguro en el convento de Santo Domingo. El arzobispo exigió conocer del proceso, y no siendo atendido, excomulgó a los jueces. Colocóse el virrey al lado de la justicia; pero el prelado puso en entredicho la ciudad; los clérigos salieron por las calles llevando una cruz cubierta de negro velo, se cerraron los templos y dejaron de tocar las campanas. El marqués de Gelves se apoderó del arzobispo y lo sacó a la fuerza de México. Entonces los habitantes de la ciudad se pusieron al lado del prelado, y ardiendo en deseos de venganza a los gritos de ¡Viva Cristo! ¡Viva su Iglesia! ¡Muera el hereje! ¡Muera el excomulgado! cayeron (15 de febrero) sobre el palacio del virrey y lo incendiaron. El virrey logró salir disfrazado y acogerse al convento de San Francisco.
Enterado Felipe IV de tales sucesos, nombró virrey a D. Rodrigo Pacheco y Osorio, marqués de Cerralbo, que llegó a México el 3 de noviembre de 1624; venía acompañado de D. Martín Carrillo, inquisidor de Valladolid, encargado por el monarca de poner en claro las causas del tumulto anterior. Cuando Carrillo estudió el asunto hubo de decir: l.º, que el clero era el alma del motín; 2.º, que la mayor parte de la población tomó parte, y 3.º, que tomó parte por el odio que el pueblo tenía a los españoles. Entonces se reprendió y se depuso al arzobispo, nombrándose en su lugar a D. Francisco de Manso y Zúñiga; se depusieron a dos oidores, se condenó al fraile Salazar y a otros jefes del motín a trabajos forzados, sufriendo cuatro de los últimos la pena de muerte.
Como en este tiempo España se hallaba en guerra con Holanda, Cerralbo defendió la colonia de las asechanzas de buques holandeses.
Inundación tan terrible ocurrió en México en el año 1629 que, habiéndose obstruído un túnel, se desbordó el lago y se anegó toda la ciudad, muriendo ahogadas o entre las ruinas de las casas muchas personas. Sometido a un proceso el ingeniero Enrico Martín, autor de las obras, fué condenado a ejecutar por su cuenta las reparaciones necesarias. Cerralbo, con fecha 25 de mayo de 1629, decía al Rey, entre otras cosas: «Supuesta esta relación, suplico a V. M. me dé licencia para que diga que, después de Hernán Cortés, ninguno ha servido a V. M. en muchos años de las Indias tanto como yo en cinco...»[287]
Tanta debía ser la necesidad que de dinero tenía Felipe IV que, desde Madrid (28 mayo 1632), ordenó a Cerralbo que «vendiese algunas hidalguías para sacar gran cantidad de dinero, que ayudaría a suplir los gastos de mi Hacienda...»[288].
Cesó el gobierno de D. Rodrigo Pacheco el 16 de septiembre de 1635, en cuya fecha llegó D. Lope Díez de Armendáriz, marqués de Cadreita, a sucederle. Bajo el virreinato de Cadreita, piratas holandeses, capitaneados por el famoso Pie de palo, desolaron las costas de Nueva España y llegaron a saquear el puerto de Campeche. Ya en este tiempo—y la noticia es interesante—, como se temiese una sublevación de criollos y mestizos en favor de la independencia de México, ordenó Felipe IV—creyendo de este modo atajar el mal—que la colonia enviase procuradores a las Cortes.
El 28 de agosto de 1640 llegaron juntos a México el nuevo virrey D. Diego López Pacheco Cabrera, duque de Escalona y D. Juan de Palafox, obispo de la Puebla. Necesitando Felipe IV mucho dinero para las guerras en que andaba envuelto, dió el encargo de que se lo proporcionara a López Pacheco, el cual exigió de los mineros fuertes sumas, vendió oficios públicos y hasta demandó contribuciones por adelantado. Semejante política disgustó mucho al prelado. Andaba por entonces Palafox harto disgustado con las órdenes religiosas, pues intentaba sustituir a los frailes que regían las parroquias con sacerdotes seculares. El virrey no supo mantenerse en el terreno de la imparcialidad y prestó su apoyo a los frailes. Tales desavenencias obligaron a Felipe IV a destituir al duque de Escalona, nombrando virrey al obispo Palafox.
En tanto que Escalona lograba sincerarse en Madrid, los jesuítas declaraban guerra a muerte a Palafox. Sostenía el prelado que los jesuítas no debían ejercer el ministerio sacerdotal sin su licencia, y los hijos de Loyola a su vez afirmaban que ellos gozaban de ciertos privilegios que les emancipaban de la jurisdicción ordinaria. Nombrados varios jueces para entender del negocio, fallaron en favor de los jesuítas. El prelado entonces excomulgó a los jueces y los jueces a Palafox. Por fortuna, se restableció luego la concordia con honrosa transacción.