D. Gaspar de Zúñiga y Acevedo, conde de Monterrey, tomó posesión del virreinato de México el 5 de noviembre de 1595, en sustitución de D. Luis de Velasco, quien pasó con el mismo cargo al Perú. Tuvo empeño Monterrey en continuar todo lo que había establecido sabiamente Velasco. Aconsejado por muchos propietarios de haciendas, dispuso la traslación de los indios a lugares poblados; medida beneficiosa para aquéllos, quienes veían ocasión propicia de ensanchar sus propiedades con las tierras abandonadas por los indígenas. A muchos indios que protestaron de la orden del virrey, se les quemaron las casas y sembrados, y a otros se les condujo atados a los pueblos designados de antemano.
Más digna de mención y de más utilidad fué la conquista pacífica de Nuevo México, realizada por Juan de Oñate (30 abril 1598); sometiéronse fácilmente los caciques de los pecos, taos, apaches, cheros y emenes. En la exploración de la costa de California, se dió—en recuerdo del virrey—el nombre de Monterrey a la bahía, y el mismo nombre tomó también la capital del nuevo reino de León, llamada primeramente Nueva Extremadura.
En los primeros días del año de 1599 se recibió en México la noticia del fallecimiento de Felipe II en el año anterior y de la proclamación de Felipe III. Huelga decir que se celebró la primera noticia con solemnes honras fúnebres y la segunda con alegres fiestas.
Autorizado el conde de Monterrey por una cédula de Felipe III (1602) para conquistar la península de California, encomendó la expedición a Sebastián Vizcaíno y a Toribio Gómez de Corbán, los cuales salieron de Acapulco el 5 de mayo, y aunque hubieron de regresar desde el cabo Mendocino por haberse propagado el escorbuto en la tripulación, algo se adelantó, pues Fr. Antonio de la Ascensión, que iba en aquel viaje, pudo dar noticia exacta de las tierras recorridas, como ya se dijo en el [capítulo II] de este tomo.
En el corto virreinato de D. Juan de Mendoza y Lema, marqués de Montes Claros, (se encargó el 27 de octubre de 1603) comenzó la construcción del acueducto (1606) que va desde Chapultepec a México, monumento que se conserva y honra la memoria del insigne gobernante. Antiguamente los reyes aztecas hicieron cañerías subterráneas, que después Hernán Cortés reparó para conducir las mencionadas aguas. Otro proyecto igualmente beneficioso para la ciudad de México, cual fué el desagüe de las lagunas, se desistió de realizarlo, ante las dificultades que hubo de presentar el fiscal Espinosa.
En el citado año de 1606 Montes Claros fué trasladado al virreinato del Perú, volviendo a México D. Luis de Velasco, que más tenaz que el virrey anterior, realizó el desagüe de las lagunas[282]. Debióse el proyecto, que consistía en abrir un túnel debajo del cerro Nochistongo, al ingeniero Enrico Martín. Comenzaron las obras el 28 de septiembre de 1607 y terminaron el 7 de mayo de 1608, siendo su coste de 73.611 pesos. Por Real Cédula de 27 de septiembre de 1608 se declaró lo procedente acerca de las controversias entre el virrey y el arzobispo de México[283]. Premió el Rey los servicios de Velasco haciéndole merced del título de marqués de Salinas.
Noticioso el virrey de que los negros que trabajaban en las haciendas de Tierra Caliente se habían sublevado, huyendo en masa a las selvas de los alrededores de Orizaba, donde nombraron caudillo o reyezuelo a Yanga, y general o jefe de armas a un negro de Angola, llamado Francisco de la Matosa, mandó contra los revoltosos al capitán Pedro González de Herrera, quien los derrotó en el primer encuentro. Los vencidos prometieron vivir pacíficamente en lo sucesivo, y con ellos formó Herrera el pueblo de San Lorenzo de los Negros.
El deseo cada vez mayor de hallar minas de oro y plata hizo que Velasco mandara una expedición, a cuyo frente puso a Sebastián Vizcaíno y con el carácter de embajador a Fr. Pedro Bautista, a las islas llamadas ricas. Llegaron al Japón, donde fueron muy bien recibidos; mas habiendo sospechado el Emperador el intento de los expedicionarios, les retiró su apoyo, viéndose entonces sin recursos y faltos de víveres. Tuvieron la fortuna de encontrar ayuda en Mazamoney, rey de Ox, quien les proporcionó un navío y les dió algunas provisiones. Después de sufrir muchas y terribles tormentas, desembarcaron en Zacatula (20 enero 1614) sin provecho alguno y con la contrariedad de no estar ya en el gobierno D. Luis Velasco, que había marchado a España el 10 de junio de 1611. Algún tiempo antes hubo de dirigirse el capitán Hurdaide contra los indios gaquis, enemigos tenaces de la religión católica. Mandados los indios por el cacique Lautaro, derrotaron a Hurdaide; pero, sin embargo de la victoria, solicitaron la paz, que se ajustó el 25 de abril del año 1610.
Para dar fin al gobierno de Velasco, recordaremos que desde Madrid, Felipe III se dirigió (30 marzo 1611) al virrey, presidente y oidores de la Audiencia de México, dándoles noticias de una obra intitulada Anales, que había dejado escrita al tiempo de morir César Baronio, cardenal de la Santa Iglesia de Roma. Publicada a la sazón, se hubo de notar que Baronio cometía muchos errores al tratar de las regalías de los reyes de Sicilia, sus antecesores (de Felipe III); por lo cual prohibía dicho tomo undécimo y mandaba que se recogiesen los ejemplares que tuvieran los particulares[284].
Sucedió a Velasco en el virreinato de México el Ilmo. Sr. Fr. García Guerra, arzobispo de dicho México, el 19 de junio de 1611, hasta el 22 de febrero del año siguiente, en que falleció.