La Audiencia, que después del virreinato del conde de la Coruña, gobernó interinamente un año largo, nada hizo que fuese digno de especial mención.
Ocupó el gobierno D. Pedro Moya de Contreras desde septiembre de 1584 y asumió en su persona los cargos de arzobispo de México y de visitador y virrey de Nueva España. Su amor a la justicia fué tan grande que destituyó a algunos oidores de moralidad dudosa e hizo ahorcar a varios oficiales reales. Convocó el tercer concilio provincial, al que asistieron los obispos de Guatemala, Michoacán, Tlaxcala, Yucatán, Nueva Galicia y Oaxaca, proclamándose que el primer deber de los prelados era «defender con todo el afecto del alma y paternales entrañas a los indios recien convertidos a la fe, mirando por sus bienes espirituales y corporales.»
D. Alvaro Manrique de Zúñiga, marqués de Villa Manrique, reemplazó a Moya de Contreras e hizo su entrada solemne en México el 18 de octubre de 1585. Nada hizo de notable en los cuatro años largos que estuvo al frente del gobierno. Los corsarios Drake y Cavendish cometieron algunas depredaciones en las costas del virreinato, teniendo la fortuna el primero de apresar el galeón Santa Ana, que venía de las islas Filipinas con rico cargamento. Por ello fué tratado el virrey de poco activo y aun de descuidado. Del mismo modo fué censurado duramente por el siguiente hecho. Es el caso que Núñez de Villavicencio, oidor de la Audiencia de Nueva Galicia, contrajo matrimonio, contra lo dispuesto en una Real cédula de 10 de febrero de 1575, con una rica mujer de Guadalajara. Destituyólo el virrey; pero la Audiencia protestó. A tal punto llegó la enemiga entre ambas autoridades, que Felipe II, para cortar de raiz el mal, separó del virreinato a Villa Manrique.
CAPITULO XVI
Virreinato de México (Continuación): Los virreyes Velasco y conde de Monterrey.—Conquista de Nuevo México.—El marqués de Montes Claros: acueducto desde Chapultepec a México.—El virrey Velasco (2.ª vez).—Importantes expediciones.—Gobierno del arzobispo de México y del marqués de Guadalcázar.—Enemiga entre el marqués de Gelves y el arzobispo.—El marqués de Cerralbo: inundación de la ciudad.—Otros virreyes.—El obispo Palafox.—Los piratas.—Virreinato de Ortega Montañés, obispo de Michoacán.—El virrey conde de Moctezuma.—El virrey Ortega Montañés, arzobispo de México.
Llegó a México D. Luis de Velasco, segundo de este nombre, el 25 de enero de 1590[279]. Procuró el virrey ensanchar las fronteras de Nueva España y favoreció las expediciones al Nuevo México, donde Antonio Espejo halló regiones dilatadas y en las cuales vivían los paraguantes, tobosos, júmanos, maguas, quires, púmanes, tiguas, ames y otros indios[280]. A reconocer estos países mandó el virrey a Gaspar Castaño de Sosa con un pequeño ejército. Salió el 27 de julio de 1590 de Almadén y llegó hasta Chihuahua con poca resistencia de los naturales.
Logró celebrar un tratado con los feroces chichimecas, quienes se comprometieron a no hostilizar ni a los españoles ni a sus dependientes; si bien no pudo conseguir que los indios de los bosques o errantes se estableciesen en poblaciones, en particular los otomés se resistieron en absoluto.
Durante el virreinato de Velasco recayó sentencia en el proceso de Luis de Carvajal, conquistador de Nuevo León. Entre la gente que llevó Carvajal para poblar aquella tierra se encontraban varios judaizantes españoles que él no denunció; siendo condenado por los inquisidores Bonilla y Santos García (febrero de 1590) a destierro de las Indias por seis años. Poco después se dispuso (15 junio 1592) desde Martín Muñoz, que hubiese consulado en la ciudad de México[281].