La provincia de Guatemala fué constituída en Capitanía general el año 1542, y dicho gobierno duró hasta los comienzos de la centuria XIX. La mencionada Capitanía general tuvo pronto Audiencia, alto tribunal que se inauguró en la antigua ciudad de Gracias a Dios, el día 16 de mayo de 1544. Hallábase por entonces dividido en 13 provincias el distrito de la Real Audiencia, las cuales eran: Chiapas, Soconusco, Vera-Paz, Izalcos, Salvador, San Miguel, Honduras, Chuluteca, Nicaragua, Taguzgalpa y Costa Rica. Componían la Audiencia, como presidente el licenciado Alonso Maldonado, y como oidores los licenciados Diego de Herrera, Pedro Ramírez de Quiñones y Juan Rogel. Dicen los cronistas contemporáneos que dicho presidente, sucesor de D. Francisco de la Cueva, nada hizo digno de especial mención. Llegó Alonso Maldonado a Guatemala en los primeros días del mes de mayo de 1542. Si protestó el cabildo contra las Ordenanzas de Barcelona o Nuevas Leyes, tan beneficiosas para los indios y de las cuales ya hemos dado noticia y nos ocuparemos con alguna extensión en el [capítulo XXXIII] de este tomo, voces autorizadas salieron a su defensa. Entre sus defensores más decididos—como varias veces también se ha indicado—estaban los dominicos, y a la cabeza de ellos el P. Las Casas. Fray Bartolomé, el licenciado Marroquín, obispo de Guatemala, y Fray Antonio Valdivieso, electo de Nicaragua, se pusieron de acuerdo para dirigirse a Gracias a Dios, y exponer ante la Audiencia sus inclinaciones en favor de los indios. Reunidos los tres prelados comenzaron con toda actividad sus trabajos. Sus memoriales fueron recibidos con desagrado por aquel alto tribunal, especialmente el del obispo de Chiapa. Los jueces, desde los estrados, insultaron al peticionario, distinguiéndose entre todos por su enemiga al P. Las Casas, el licenciado Alonso Maldonado. En carta fecha en Gracias (9 noviembre 1545), el P. Las Casas dice al príncipe D. Felipe que al presidente Maldonado y a los oidores Ramírez y Rogel les amonestó y amenazó con excomulgarlos en su obispado; por este motivo dicho presidente «díjome palabras muy injuriosas en gran menosprecio y abatimiento e injuria e contumelia de mi dignidad, no menos que si fuera él el Gran Turco, etcétera.» Si la razón estaba de parte del obispo de Chiapa, habremos de reconocer que, no sólo los seglares, sino algunos individuos del clero, censuraban el exagerado celo del P. Las Casas.
Recordaremos—y con esta noticia se dará fin a los sucesos acaecidos durante la presidencia de Alonso Maldonado—que cuando éste quiso agregar a su gobernación la provincia de Honduras, los colonos se negaron a ello y consiguieron su independencia.
Al licenciado Alonso Maldonado sucedió el licenciado Alonso López Cerrato (1548-1554)[326]. López Cerrato se mostró decidido a favorecer a los indios, conforme le había encargado el gobierno de la metrópoli. Declaró libres la mayor parte de los de la provincia de Guatemala; pero tuvo el sentimiento de que durante su gobierno se despoblara Nueva Sevilla.
En el año 1548 ocurrieron en Nicaragua sucesos de mal carácter. D. Rodrigo de Contreras, gobernador que había sido de la provincia, sufrió gran contrariedad cuando la Audiencia, en virtud de una de las cláusulas de las Ordenanzas de Barcelona, se hizo cargo de dicha gobernación. Los disgustos de Contreras por haber perdido su gobierno de Nicaragua, y por otras causas, los vino a pagar el obispo de la diócesis, D. Fray Antonio de Valdivieso. El 26 de febrero de 1549, en la antigua ciudad de León, que llaman hoy el Viejo, Hernando y Pedro, hijos de D. Rodrigo, se pusieron al frente de formidable insurrección. Hernando, asaz malvado, a la cabeza de algunos conjurados, penetró en la casa del obispo y le asesinó con su daga, hallándose presente Doña Catalina Alvarez Calvento, madre de dicho prelado. Hernando, añadiendo el robo al asesinato, hizo descerrajar dos cofres del obispo, tomando el oro y la plata que encontró a mano; y sus partidarios asaltaron las casas de los vecinos más acomodados, a quienes exigieron armas y caballos. Hernando de Contreras remitió a su hermano Pedro, que se hallaba en Granada, el puñal con el cual había asesinado a Fray Antonio de Valdivieso. El alma de la descabellada empresa era un tal Juan Bermejo, gran amigo de los Contreras. Los conjurados, dirigidos por dichos hermanos, por Juan Bermejo y por otros, recorrieron la tierra, cometieron toda clase de desacatos y no hicieron caso de La Gasca, encargado por Carlos V de la pacificación del Perú. Los de Panamá, tomando la voz del Rey, y dirigidos por Arias de Acevedo, se prepararon a combatir a los rebeldes. Las fuerzas de los insurrectos fueron completamente desbaratadas «y en el espacio de medio cuarto de hora—dice Herrera—no quedó rebelde, que no fuese muerto o preso»[327]. Más adelante añade el citado cronista: «de los hermanos Contreras se dijeron muchas cosas; pero la verdad es, que de ellos jamás se pudo entender ni saber cosa cierta, y así es la opinión, que los debieron de matar los indios o los negros»[328].
Por entonces, el presidente López Cerrato, considerando que Gracias no era el punto más a propósito para la residencia de las supremas autoridades, solicitó de la metrópoli la traslación de la Audiencia a Guatemala, lo cual se realizó al poco tiempo (1549). Las reformas de López Cerrato dieron origen a protestas de los encomenderos y de algunas otras personas de respeto y consideración. El veterano soldado e historiador Bernal Díez del Castillo, desde Guatemala, con fecha 22 de febrero de 1522, dirigió extenso memorial a Carlos V, censurando con acritud al presidente de la Audiencia. Del mismo modo el cabildo de Guatemala mandó enérgica exposición al Emperador y, entre otras cosas, le decía que López Cerrato «ni es para ser juez, ni para ello tiene parte; porque le falta ciencia, paciencia y conciencia.» Contra tales acusaciones, tenemos el testimonio de los cronistas, que alaban la conducta del presidente. El descontentadizo Las Casas, tan severo con los gobernadores de las Indias, exceptúa de la general censura a D. Antonio de Mendoza, virrey de Nueva España, á D. Sebastián Ramírez, presidente de aquella Audiencia y a López de Cerrato, que lo era de la de Guatemala. Cansado de luchar dicho presidente con tantas dificultades, pidió permiso para dejar su cargo y volver a España. Habiendo comisionado el Rey al Dr. Rodríguez de Quesada, a fin de que tomase residencia a López de Cerrato, antes de terminar el juicio, falleció el digno magistrado.
Siendo gobernador de Nicaragua el licenciado Juan de Caballón, que residía en la ciudad de León, tuvo aviso de que llegaban rebeldes dirigidos por Juan Gaitán y un tal Tarragona, su maese de campo. Venían los rebeldes de la provincia de Guatemala y Honduras y a ejemplo del Perú, que estaba en contínuas revueltas, ellos se levantaron en armas con la mira de no pagar las muchas deudas que tenían. Hallábanse camino de León los conjurados y entre Gaitán y Tarragona se entabló la siguiente disputa. Tirábala de adivino Tarragona, quien dijo: que unos huesos y cabezas de vacas y toros que en el camino hallaron, era señal prodigiosa, y que temía, que si iban a la ciudad, morirían todos ahorcados. De opinión contraria fué Gaitán, quien sostuvo que aquella señal denotaba la carnicería que habían de hacer en los de la ciudad y el espanto que habían de poner en todas las Indias. Las fuerzas del licenciado Caballón desbarataron a los revoltosos, teniendo la desgracia de caer prisioneros Gaitán y Tarragona. Algunos sufrieron la pena de muerte, entre ellos Gaitán y Tarragona; muchos fueron desterrados.
El Dr. Rodríguez de Quesada (1554-1558), tuvo que intervenir en las luchas que sostenían los frailes con el obispo. Castigó a los indios de Lacandón, los cuales habían muerto al padre Vico y a otros misioneros. La industria recibió algún impulso en la provincia de Guatemala (compuesta entonces de la actual república de dicho nombre y de la del Salvador, con Chiapa y Soconusco), la seguridad personal mejoró bastante y las costumbres públicas progresaron del mismo modo. El 25 de mayo de 1557, el ayuntamiento de Guatemala alzó pendones por Felipe II, celebrándose después espléndidas fiestas.
Encargóse Pedro Ramírez de Quiñones del gobierno por fallecimiento de Rodríguez de Quesada (28 noviembre 1558). Conocedor el gobierno de la metrópoli de que los lacandones seguían robando y matando a los habitantes de los pueblos cristianos, dispuso que el presidente Ramírez y la Audiencia hiciesen guerra a aquéllos, pudiendo reducirlos a la esclavitud. De este modo se derogó una de las disposiciones más importantes de las Ordenanzas de Barcelona. La expedición se dirigió, no sólo contra los indios de Lacandón, sino contra los de Puchutla; unos y otros sufrieron tremendo castigo.
El licenciado Juan Núñez de Landecho (1559-1570) no siguió el camino de sus antecesores. Su amistad con unos cuantos, poco escrupulosos en asuntos de la hacienda pública, le desacreditaron ante la opinión general. Era uno de aquellos Antonio Rosales, regidor perpétuo y tal vez el autor de una exposición dirigida al Rey, en la que no escaseaban los elogios al nuevo presidente y se pedía para él la gobernación de Guatemala. Se quería que el gobierno, tanto político como militar, estuviese en una sola mano y no en los cuatro o cinco sujetos que componían la Audiencia. Accedió el Rey y en cédula de 16 de septiembre de 1560 decía: «Avemos acordado que vos tengais la gobernacion y proveais los repartimientos que se ovieren de encomendar y los otros oficios que se oviesen de proveer, ansi como lo ha hecho hasta aquí toda esa Audiencia; por ende, por la presente vos damos facultad y poder para que vos solo tengais la gobernacion, ansí como la tiene nuestro visorrey de la Nueva España.» Seguía el ayuntamiento con su tarea de escribir cartas en alabanza del gobernador, y como entendiese dicho cabildo que algunos no participaban de sus ideas respecto á Landecho, se dirigió de nuevo al monarca, con fecha 26 de enero de 1562, protestando contra cualquier informe en contrario y repitiendo los elogios anteriores. Un año después, esto es, en enero de 1563, volvió el cabildo a escribir al Rey, y ya ni siquiera mencionaba a Landecho. Este silencio significaba que los indivíduos del ayuntamiento iban conociendo las mañas del gobernador.
Día de luto fué para Guatemala el 18 de abril de 1563. En ese día falleció D. Francisco Marroquín, virtuoso y primer prelado de Guatemala. Gobernó treinta y tres años la diócesis.