Llegó al fin a oídos del Rey la mala administración de Landecho. El licenciado Francisco Briseño fué nombrado (30 mayo 1563) por real cédula para que se presentara en Guatemala y abriese juicio de residencia al inmoral gobernador. Hasta el 2 de agosto de 1564 no llegó Briseño a Guatemala, abriendo en seguida el juicio de residencia contra el presidente e individuos de la Audiencia. Viendo Landecho que las cosas tomaban para él mal aspecto, salió de la ciudad disfrazado y huyó en un barquichuelo, no sabiéndose más de su persona. Es de creer que naufragase, dada la débil embarcación en que se lanzó a la mar. Los oidores fueron severamente castigados y por real cédula que se publicó en Guatemala el 19 de noviembre de 1564 la Audiencia se trasladó a Panamá. A dicha Audiencia quedaron sujetas las provincias de Nicaragua y Honduras, y a la de México las de Guatemala, Chiapa, Soconusco y Vera Paz.
Continuó Briseño con el mando de Guatemala. Por entonces vino a ocupar la silla episcopal D. Bernardino de Villalpando, obispo que había sido de Santiago de Cuba. Se presentó en Guatemala (1565) rodeado de numeroso acompañamiento de clérigos, seglares y no pocas mujeres con sus correspondientes criadas. Gustábale recibir obsequios, y si con los obsequiantes se mostraba cariñoso, con los demás era desabrido y descortés. Una de sus primeras determinaciones fué quitar los curatos a los frailes y encomendarlos a clérigos regulares. Hasta tal punto llegaron las demasías de Villalpando, que Felipe II dirigió una cédula al gobernador Briseño, y en ella se hacían cargos de no poca gravedad al prelado, pues, entre otras cosas, decía: «y que así mismo tiene en su casa ciertas mujeres que no son sus hermanas ni primas, y que la una de ellas es de edad de diez y ocho años y poco honesta, por cuya intercesion y de un sobrino suyo del dicho obispo, con dádivas y presentes han de negociar con él los que quisieren conseguir algo...»
Perjuicios sin cuento habían acaecido con la traslación de la Audiencia a Panamá. Entre los más decididos a que volviese a Guatemala se hallaban los dominicos, quienes recomendaron el asunto al antiguo obispo de Chiapa. Sin embargo de que el P. Las Casas contaba más de noventa años, hizo un viaje a Madrid, logrando atraerse el ánimo del Rey y de los consejeros. Luego, cuando se disponía a salir de la corte, rápida enfermedad le condujo al sepulcro (fines de julio de 1566). Fray Bartolomé, aunque amigo de la verdad, era crédulo, hasta el punto de escribir, no una historia, sino una epopeya. Su simpatía hacia la raza indígena y su antipatía hacia los conquistadores españoles, le hicieron, sin que él se diese cuenta de ello, parcial y algunas veces injusto. Con todo eso, el P. Las Casas fué la primera figura, la más piadosa y buena, entre todos, ya descubridores o conquistadores, ya gobernantes o colonos, que pasaron a las Indias.
Volviendo a reanudar el hilo de nuestra historia, comenzaremos diciendo que se restableció la Audiencia en Guatemala a mediados del año 1568, nombrando el Rey como presidente al doctor Antonio González, que desempeñó el cargo hasta comienzos de 1573. El 5 de enero de 1570 llegaron a la ciudad el presidente, los oidores y el fiscal, abriéndose la Audiencia el 3 de marzo. Como frecuentemente sucedía, no fueron cordiales las relaciones entre el presidente y el cabildo.
Hizo el Dr. D. Pedro de Villalobos su entrada pública el 26 de enero de 1573. Dispuso en seguida la reparación de caminos y construcción de puentes en los ríos que dificultaban el tráfico entre las provincias del reino. A la sazón, la escasez de trigo y los temblores de tierra alarmaron a los habitantes del país, si bien renació la tranquilidad a causa de la abundancia de carne y de frutas. En tiempo de Villalobos se estableció la alcabala interior y se dieron algunas disposiciones que no favorecían a los indios.
El licenciado García de Valverde se encargó del mando en noviembre de 1578. En enero de 1579 el corsario inglés Guillermo Parker, después de haber asaltado y robado la Isla Española, se presentó en las costas de Honduras, tomando y saqueando la ciudad de Trujillo. A los tres meses de la invasión de Parker por el Norte, Francisco Drake, ayudado por la reina Isabel de Inglaterra, amenazó por el Sur el gobierno de Guatemala. La expedición que organizó Valverde para ir en persecución del valeroso Drake, le dió justa fama y no poco renombre.
En esta época se descubrieron en Honduras las minas de plata llamadas de Guarcorán y las de los cerros de San Marcos, Agaltera, Tegucigalpa y Apazapo; eran tan ricas, que daban, generalmente, a razón de seis a diez y más onzas por quintal.
Recordaremos que si se concedieron repartimientos de indios para los trabajos más urgentes de la agricultura, se prohibió la elaboración del añil, porque se decía que este trabajo era muy dañoso al indígena. Esta era la opinión de la Audiencia, aunque el ayuntamiento hubo de afirmar lo contrario. La agricultura adelantó mucho, merced a las reformas del cabildo de Guatemala, «compuesto—como dice Milla—de los principales y más ricos vecinos, a quienes abonaba el prestigio de la descendencia de conquistadores y primeros pobladores del país»[329]. Real cédula (27 mayo 1582) supone, según informes dados al monarca, que había desaparecido más de la tercera parte de la población indígena, atribuyéndose esto a los malos tratamientos de los encomenderos. Debieron informar al Rey algunos clérigos y frailes, fuente sospechosa, tratándose de esta material[330].
Ruda oposición encontró el licenciado García de Valverde en Alvaro Gómez de Abaunza, oidor de la Audiencia. En largo memorial dirigido al Rey, decía el oidor que el presidente sólo se ocupaba en fabricar iglesias y conventos, en concurrir a congregaciones y cofradías, con abandono de los deberes de su cargo. Trabajaba como un peón en dichas obras y era tanta su intimidad con los frailes, que frecuentemente asistía al coro con ellos.
El 21 de julio de 1589 fué promovido Pedro Mallén de Rueda a la presidencia de la Real Audiencia de Guatemala. Mallén fué un hombre estrafalario y tirano. Se malquistó con el obispo, que era a la sazón Fray Gómez Fernández de Córdova, y abofeteó a Fray Francisco Salcedo, guardián del convento de San Francisco. Bajo el gobierno de Mallén—según se cree—comenzó el comercio con la China y algo hizo el presidente para aumentar la riqueza del país. Marchó a España, no loco, como dicen Fuentes, Vázquez y Juarros, sino en su sano juicio, según carta del cabildo al Rey fechada el 16 de febrero de 1595.