En agosto de 1594 se encargó de la presidencia de Guatemala el Doctor Francisco de Sandé, enemigo decidido del ayuntamiento. Habiendo sido promovido el Dr. Sandé a la presidencia del Nuevo Reino de Granada, salió de Guatemala el 6 de noviembre de 1596, quedando el gobierno en manos del licenciado Alvaro Gómez de Abaunza, oidor decano.
Aunque el Doctor Alonso Criado de Castilla fué nombrado presidente de la Audiencia de Guatemala en 1596, no tomó posesión del cargo hasta el 19 de septiembre de 1598. A la muerte de Felipe II se celebraron en Guatemala solemnes honras fúnebres, y en seguida se alzaron pendones por el nuevo rey Felipe III. En el mismo año murió el caritativo obispo Fernández de Córdova, después de haber gobernado la diócesis veinticuatro años. No hubo paz ni armonía entre el presidente y el cabildo. Si es cierto que el cabildo promovía algunos proyectos de interés público, también es cierto que olvidaba a veces los derechos de la Corona.
Por el año 1600 apareció delante de Puerto-Caballos una escuadra de piratas, cuyo capitán, sucesor de Parker, se llamaba Sherly. Hicieron el desembarco; pero atacados por los españoles, después de perder 47 hombres, se reembarcaron a toda prisa. Añade el mismo cronista Fuentes que en el año 1603 y en el puerto citado, el capitán Juan de Monasterio, al frente de dos naves, peleó con una escuadra de piratas mandada por los capitanes Pié de palo y Diego el Mulato, criollo de la Habana. Monasterio luchó como un héroe, siendo al fin hecho prisionero. Antes que Fuentes, refirió el hecho el cronista Remesal, que vino a Guatemala el 1613, esto es, diez años antes que ocurrió el suceso[331].
Sumamente curiosa es la estadística que se formó en el año 1604 para la cobranza de la alcabala. Veámosla:
| VECINOS | Tostones que pagaban. | |
| 76 | encomenderos | 599 |
| 108 | mercaderes | 2.346 |
| 13 | tratantes | 25 |
| 13 | pulperos | 62 |
| 22 | dueños de obrajes (de añil) | 254 |
| 10 | dueños de trapiches | 132 |
| 11 | cereros y confiteros | 74 |
| 7 | herreros | 15 |
| 10 | viudad de trato | 43 |
| 7 | molineros | 39 |
| 8 | caleros y tejeros | 31 |
| 82 | labradores | 509 |
| 33 | criaderos de Ganado | 226 |
| 76 | oficiales de diferentes oficios | 145 |
| 76 | oficiales de diferentes oficios | 145 |
| Total | 4.500 | |
En el mismo año de 1604 las profesiones de artes liberales y mecánicas se dividían en la ciudad de la manera siguiente:
| Plateros | 4 |
| Orificos | 2 |
| Escultores | 5 |
| Pintores | 3 |
| Sombrereros | 4 |
| Barberos | 8 |
| Espadero | 1 |
| Talabarteros | 5 |
| Polvorista | 1 |
| Carpintero | 1 |
| Batioja | 1 |
| Zapateros | 18 |
| Calcetero | 1 |
| Violero | 1 |
| Guanteros | 2 |
| Cereros | 8 |
| Sastres | 8 |
| Cantero | 1 |
| Herreros | 3 |
| Sedero | 1 |
| Comidero | 1 |
| Albañil | 1 |
| Confiteros | 2 |
| Herradores | 4 |
| Total | 87 |
Como acontecía frecuentemente, entre el cabildo y la Audiencia las relaciones eran tirantes.
Formábanse ilusiones con motivo del reciente descubrimiento del puerto de Santo Tomás. En el año 1607 renació en el ánimo de los individuos del cabildo una idea más patriótica que realizable, y en ella ya se había pensado algunos años antes. Consistía esta idea en obtener una resolución del Rey para que el comercio de España con el Perú y demás reinos situados en las costas del Pacífico no se hiciese por Nombre de Dios y Panamá, sino por la vía de Santo Tomás al golfo de Fonseca. La idea, pues, de establecer la comunicación interoceánica a través de lo que al presente se llama Centro-América, es muy antigua, casi contemporánea a la conquista. Por cierto que la provincia de Nicaragua no vió con gusto el pensamiento, creyendo que sería la ruina de su comercio, y propuso a su vez que se hiciera el tránsito por el río San Juan.