En el invierno de 1626 una avenida del Guadalquivir inundó el castillo inquisitorial, obligando á los que le habitaban á trasladarse á un edificio situado en la calle Real de San Marcos, lo que se verificó con gran aparato.
La nueva casa que durante trece años ocupó el Tribunal de la Fe era la misma que habitó D.ª Estrella de Tavera, la heroína de la famosísima comedia de Lope de Vega, cuyos amores con Sancho Ortiz dieron tanto que hablar por mediar en ellos el rey D. Sancho IV.
Á principios de 1639 concluyéronse las obras de reparación en el castillo de Triana, y éste volvió á ser ocupado por los inquisidores.
Cerca de dos siglos permaneció todavía la Inquisición en el castillo de Triana; pero como éste, á pesar de las obras en él practicadas, no ofrecía grandes seguridades á causa de la mucha antigüedad de su construcción, fué preciso abandonarlo, y en Noviembre de 1785 trasladóse el Tribunal á un palacio que había sido colegio de jesuítas hasta la expulsión de la Orden en 1767.
Estaba este edificio al final de la Alameda, y ocupaba gran parte de las calles Hombre de Piedra y Becas, siendo bastante amplio y capaz para tener encerrados más de doscientos presos. Gracias á que por entonces el Tribunal hacía pocas víctimas, contentándose con quemar en efigie á los reos ó tenerlos encerrados en inmundos calabozos.
El año 1805 se celebró el último auto de fe, siendo entregado el delincuente á la justicia ordinaria, que lo condenó á presidio; y en 1810, al ser invadida Sevilla por las tropas de Napoleón, se extinguió el Tribunal, que ya daba pocas señales de vida.
Cuando la reacción absolutista de 1814 la Inquisición se organizó de nuevo en el mismo edificio de la Alameda; pero entonces, aunque contaba con el apoyo de muchos, ni era temida, ni hacía nada que respondiese á los fines para que se creó.
Disolvióse para siempre el Tribunal en 1820, y el local que ocupaba se destinó á cuartel de infantería, destruyéndose casi por completo el 13 de Junio de 1823, cuando estalló el depósito de pólvora que en él existía, causando grandes destrozos y matando á gran número de los que formaban las hordas absolutistas que en aquel memorable día cometieron tantos excesos en nuestra ciudad.
Del último edificio ocupado por el Santo Tribunal sólo quedan hoy restos muy incompletos, pues los distintos usos á que ha sido destinado durante largos años han hecho que no se pueda formar exacta idea de lo que fué en no lejanos tiempos.