Á principios de 1812 fué destinado el general Calleja á la persecución del esforzado Morelos, que se encontraba á la sazón en Cuautla. Morelos pudo retirarse á tiempo, evitando un encuentro con fuerzas superiores; no lo hizo, prefiriendo resistir en las posiciones que ocupaba. Calleja atacó resueltamente, preparando el asalto con los fuegos de su artillería. Cuando juzgó bastante quebrantadas las tropas de Morelos, dió la señal del asalto. La embestida fué tan cruenta como inútil, perdiendo los realistas 400 hombres sin lograr su objeto. Las siguientes acometidas fueron tan infructuosas como la primera, siendo necesario formalizar un verdadero sitio. Dos meses duró la resistencia de Cuautla, que afirmó la fama de Morelos así como la gloria de sus indios. Á principios de mayo evacuó Morelos con su gente la plaza que defendía; poco después entraba en Oajaca á viva fuerza, tomaba el castillo de Acapulco y desconcertaba á los oficiales españoles con su movilidad que era el secreto de su fuerza.
El 13 de septiembre de 1813 instaló Morelos en Chilpacingo el primer Congreso mejicano, Congreso que declaró la Independencia de Méjico adoptando la forma de República.
Un acto político tan importante daba prestigio y fuerzas á la revolución; mas era necesario que el Congreso ya constituído se trasladara á una población más importante y que su ejército no se limitara á correrías estériles ó excéntricas, sino que tomara vigorosamente la ofensiva.
Para ello contaba el cura Morelos con un ejército de 20,000 hombres, aguerridos ya, con 47 cañones y con bastante dinero. Su estrella, sin embargo, se eclipsó cuando más deslumbraba con su brillo.
Marchando con el grueso de sus fuerzas sobre Valladolid, encontró en su camino á las tropas de Iturbide que lo derrotaron. No obstante la inferioridad numérica de la columna española, desbandáronse los indios de Morelos haciendo inútiles todos los rasgos de heroísmo del caudillo y de sus oficiales.
Pero el gran Morelos no se amilanó; los desastres no desalentaban su alma fuerte. Recogió cuantos dispersos pudo, y desoyendo los consejos de Matamoros, Bravo, Galiana y otros oficiales insurgentes, presentó batalla á los realistas en la hacienda de Puruarán con solos 3,000 hombres y 20 piezas que le quedaban de su artillería. Destrozado nuevamente por Llano é Iturbide, quedaron deshechas las mejores tropas revolucionarias. Allí quedó prisionero el bravo Matamoros, uno de los héroes más brillantes de la guerra de la Independencia, que fué fusilado en Valladolid.
Morelos mismo cayó poco después en poder de sus perseguidores. Un mejicano de Tepecuacuilco, llamado Carranque (según otros Carranco) le entregó á los españoles.
Los biógrafos de Morelos cuentan un episodio que es sin duda trivial, pero que pinta el carácter del caudillo. Estando prisionero el héroe de Cuautla fué á verle un coronel español, el cual le preguntó:
—¿Si fuera usted el vencedor y yo el prisionero, qué haría usted conmigo, señor cura?
—Fusilarle, contestó Morelos sin titubear.