El doctor Francia murió el 20 de septiembre de 1840, á la edad de 84 años. Su muerte fué sentida, escribe el señor Decoud en su libro La Atlántida; sentimiento que prueba la gratitud de los supervivientes, convencidos como debían de estar en su degradación de que eran deudores de la vida al que hubiera podido arrancárselas á todos con un solo gesto y sin ninguna responsabilidad.
Los funerales del dictador fueron pomposos; el pueblo asistió en masa, llorando como si hubiera perdido un bienhechor; muchas personas dudaban que hubiera muerto, esperando á lo menos que resucitara. ¿No había sido un verdadero Dios?
El sacerdote encargado de su panegírico tuvo la avilantez de decir estas palabras:
«No podía suceder nada más triste que lo que nos reúne en este templo. Desde los primeros días de su enfermedad, entró el pueblo en grandísimos temores, viéndose amenazado de la pérdida de tan grande bien. Por fin, el clamor de la campana que anunciaba la fatal noticia, pareció una voz articulada, pues las gentes corrieron á la casa de gobierno, y el llanto universal...
»Estoy en la firme inteligencia de que, si las prisiones hubieran sido suficientes para la seguridad del Estado, no hubiera tomado el partido de pasar por las armas á tantos y tantos reos...
»Julio César y Octavio Augusto no fueron más dignos de la memoria de los romanos que nuestro Dictador de la de los paraguayos...» etc.
El doctor Francia ha dejado una memoria aborrecible; sus crímenes son odiosos, y las maldiciones de sus víctimas no son bastante castigo á su perversidad: necesario es que reciba la maldición eterna de la historia, figurando en la picota sangrienta por los siglos de los siglos.