En el regreso a España, Martín Alonso hizo gala de una pericia naútica y una prudencia superiores a las de Colón.
La Santa María había naufragado en los bajos de Maití, por negligencia, por confianza o por sueño del Almirante y de la gente de la nave, estando muy tranquila la mar, y emprendieron el viaje de vuelta la Niña, mandada por don Cristóbal, y la Pinta, a las órdenes de Martín Alonso.
Esta última se hallaba en deplorable estado. Así lo reconoce don Cristóbal: «Esperaban muchas veces a la carabela Pinta, porque andaba mal de la bolina, porque se ayudaba poco de la mezana, por el mástil no ser bueno».
En el Diario no se consignan las imperfecciones de la carabela de Martín Alonso para elogiarle, sino para combatirle. «Si el capitán della... tuviera tanto cuidado de proveerse de un buen mástil en las Indias, donde tantos y tales había, como fué cudicioso de se apartar dél pensando de hinchir el navío de oro, él se lo pusiera bueno».
De aquí resultaría que a Pinzón no se le ocurrió sustituír el mástil que tenía roto su barco, y que el almirante sí se le ocurrió y pudo haberlo sustituído por otro de buenísima calidad; pero no quiso hacerlo por vengarse de la cudicia de oro de Martín Alonso. De modo que si muchas veces había que esperar a éste, era, en gran parte, a causa de las venganzas de don Cristóbal.
Del 11 al 12 de febrero de 1493, sorprende a los navíos una horrísona tempestad. Además, hacían agua por todas partes—carcomida su tablazón por los microbios del Trópico—y tampoco llevaban lastre. El 14 por la noche arreciaron los vientos, que arrancaron y alejaron a la Pinta de la Niña, habiendo aquélla desaparecido por completo de la vista de la capitana en la madrugada del 15.
Desde entonces, cada carabela hace la navegación para el retorno con independencia de la otra.
El 18 arriba la Niña a la isla Santa María, del grupo de las Azores. Había allí, a orillas del mar, una pequeña casa a manera de ermita, y dispuso Colón, en cumplimiento de votos hechos con motivo del temporal, que bajase a ella, en camisa, la mitad de su gente. Cuando estaban en sus rezos, los isleños, unos a caballo y otros a pie, y mandados por el capitán Juan de Castañeda, cayeron sobre los romeros y los apresaron.
Castelar escribe que le fueron devueltos al almirante; mas esto debió soñarlo el preclarísimo tribuno, en cuyos trabajos históricos se mezclan las investigaciones serias, las intuiciones maravillosas, las grandilocuencias de estilo y las invenciones injustificadas.
Lo que consta en el Diario es que Colón estuvo a punto de caer también en poder de los portugueses.