El 4 de marzo llegó la Niña a la roca de Cintra. El rey de Portugal se hallaba en Belem, y Colón le escribió pidiéndole permiso para ir a Lisboa. El monarca le mandó a llamar a su residencia, por medio de don Martín de Moroña, y le agasajó mucho, sentándole a su mesa y haciendo que le guardasen las mayores consideraciones los principales nobles; pero a Don Juan II le molestaron, aunque aparentase que le cautivaban, los descubrimientos y las relaciones de Colón, y ni siquiera lo supo aparentar cabalmente, porque le dijo que aquellas conquistas, en virtud de capitulaciones con Castilla y de pontificios decretos, le pertenecían a él.
Don Cristóbal le refirió con tal afectación sus hallazgos, que don Juan llegó a pensar si aquella manera de referir no sería más bien una especie de venganza por no haber aceptado sus proyectos cuando le brindara con ellos. Y habiendo oído a los del Consejo real, unos dictaminaron que el almirante debía ser condenado a muerte por haber engañado a los soberanos españoles, induciéndoles a invadir ajenos dominios, y otros, que lo más cortés y lo más hábil era ser hospitalario con los súbditos extranjeros y apoderarse de los descubrimientos de Colón calladamente y por la fuerza.
Martín Alonso, a pesar del mal estado de su nave, hizo el regreso sin tocar en territorios portugueses y encaminándose y arribando a España.
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Wáshington Irving y Roselly de Lorgues pusieron en circulación que Martín Alonso, desde el puerto de Bayona, en Galicia, les escribió a los reyes dándoles cuenta del descubrimiento de América y apropiándose la gloria de haberlo realizado.
Nadie ha podido dar con la carta en archivos públicos ni particulares. Es muy probable que la escribiese, y aun pudiera añadirse, aumentando los grados de la probabilidad, que era deber de Pinzón no dejar de escribirla. En cuanto a que intentara atribuírse todos los honores del hallazgo del Nuevo Mundo, hay testimonios que demuestran que no tuvo inconveniente en pregonar los merecimientos de don Cristóbal. Juan de Aragón, vecino de Moguer, que halló en el mar a la Pinta, cerca de Palos, declaró en el pleito entre don Diego Colón y el fiscal regio: «Un Martín Alonso Pinzón dijo a este testigo y a los demás que don Cristóbal Colón y Juan Niño y sus hermanos y parientes habían descubierto Indias». Pedro Enríquez, vecino de Palos, visitó la Pinta en Bayona, «e este testigo vido los indios que traían de la isla de Guanahaní, e le dijeron que el almirante había descubierto las Indias..., e este testigo hobo al presente cuatro pesos de oro, que le dió el contramaestre».
Si hubiera dicho en la carta que Colón había perecido, nada de particular tendría que así lo creyera, careciendo de noticias suyas desde hacía mucho tiempo.
En lo que más empeño ponen ciertos escritores, para agigantar hasta lo inconmensurable la figura de don Cristóbal, es en hacer constar que Pinzón les pedía a don Fernando y a doña Isabel que le recibieran, y que se negaron a ello. La parcialidad de don Fernando Colón asegura que le contestaron que no compareciese a su presencia sino en compañía del almirante, y que esta respuesta le produjo tanto pesar que «cayó enfermo y se dirigió a Palos».
Pinzón no hubiera tenido necesidad de especial permiso para presentarse ante la Corte, porque no desempeñaba ningún cargo de real nombramiento. Y si en la epístola del ilustre piloto se hubieran ocultado los servicios y méritos de don Cristóbal como descubridor, los historiadores y cronistas de la época, en los que nada se encuentra sobre tales negativas, las hubieran tratado y comentado con viveza, porque no hubieran podido menos de causar hondísima sensación.
Ni se negó la Corte a recibirle, ni enfermó, ni murió de amargura por la repulsa. Pedro Arias, Alonso Vélez y otros testigos afirman que estando Martín Alonso para ir a hacer relación a Sus Altezas, murió del mal que traía. Y Diego Rodríguez Colmenero vió «que la reina doña Isabel mandó un mensajero que fuese Martín Alonso ante ella para informarla, y cuando el mensajero vino era fallecido». «Murió del mal que traía», del que le habían producido los rudísimos trabajos del viaje al Nuevo Mundo, y especialmente los del regreso a España.