El San Lucas, de cuarenta toneladas, lo mandaba el capitán don Alonso de Arellano, yendo por piloto Lope Martín, mulato, natural de Ayamonte, y por maestre, Nicolao, habilísimo marinero, de nacionalidad griega.
Intérprete de la Armada era un indio llamado Jorge, que sabía muy bien la lengua malaya. Este indio fué convertido al catolicismo, en Tidor, por los religiosos de la flota de Ruy López de Villalobos, y pasó a la Nueva España con el soldado Pedro Pacheco, natural de Ciudad Rodrigo, que había formado parte de aquella expedición desdichadísima.
Durante cinco días corrió la de Legazpi al suroeste, y el 25 de noviembre el general mandó reunir en su nave a los religiosos, capitanes y oficiales, al alférez, al sargento, al alguacil mayor y a los pilotos, y le presentó, por ante el escribano Hernández Riquelme, instrucción que traía, cerrada y sellada, de la Nueva España, y que se le había ordenado no abrir hasta haber navegado cien leguas, en la que se disponía que el viaje se hiciese con rumbo a las islas Filipinas y a las inmediatas a ellas.
En cuanto a la derrota, había habido disconformidad de pareceres entre fray Andrés de Urdaneta y el capitán Juan Pablo de Carrión, que, enemistado con el padre, no quiso ir en la Armada.
Urdaneta había ido, en 1525, en la de García de Loaysa, a las Molucas, donde sirvió durante ocho años, como soldado, como capitán y en oficios de la real Hacienda. En 1536 le dió cuenta a Carlos V de los sucesos de aquella expedición. Después, hasta 1552, desempeñó en Nueva España, por nombramiento y encargo del virrey don Antonio de Mendoza, importantes comisiones relativas a asuntos de guerra y de paz. En 1553 ingresó en la Orden de San Agustín. El virrey don Luis de Velasco se valió de él para negocios interesantísimos. Felipe II, por cédula expedida en Valladolid a 24 de septiembre de 1559, dispuso que Urdaneta fuera, con dos religiosos más, a las islas del Poniente, en la flota de Legazpi; y fray Andrés le contestó al monarca, en carta fechada en Méjico a 23 de mayo de 1560, que, aunque estaba falto de salud, había padecido muchos trabajos desde su mocedad y necesitaba reposo en lo que le quedara de vida, se disponía, por veneración a la majestad real y a la fe católica, a las molestias de la nueva jornada.
El soberano quería que la flota fuese en busca de las islas Filipinas, sin entrar en las Molucas, para no infringir las capitulaciones hechas con el rey de Portugal, y Urdaneta opinaba que estas islas no solamente caían dentro de los términos de lo del empeño, sino que la extremidad de ellas por la parte de Levante estaba comprendida en el meridiano de las Molucas; por lo cual debía enviarse dos galeones y un patache a descubrir por aguas del Poniente de Méjico, «arando la mar», hasta los límites de lo correspondiente a los portugueses. No hallaba reparo en que se llegase a las Filipinas para rescatar a los españoles que allí hubiera cautivos, de los que en 1525 fueron en la armada de Loaysa; de la enviada en 1527, por el marqués del Valle; de un navío, también de Hernan Cortés, que, yendo del Perú a la Nueva España, fué a dar, combatido por vientos contrarios, en aquel archipiélago, y de la expedida en 1542 por don Antonio de Mendoza. Pero no se debía hacer otras contrataciones que la compra de algunas cosas merecedoras de verse como muestras y la de los bastimentos precisos para el viaje.
El septiembre de 1564 el capitán Juan Pablo de Carrión, nombrado almirante de la flota de Legazpi, le escribe al rey que las Filipinas las ha descubierto, antes que nadie, en 1521, Magallanes, y que «son Islas que los Portugueses nunca han visto y están muy a trasmano de su navegación, ni an tenido noticias dellas, sino aya sido por alguna figura o carta de marear nuestra». Y arremetiendo contra Urdaneta y contra Legazpi añade: «... el padre fray Andrés ha dicho resueltamente que no se embarcará si el Armada va adonde yo digo; y como el que va por general, ques Miguel López de Legaspe, es de su nación y tierra y íntimo amigo, quiérele complacer en todo, y como el dicho general no tiene nenguna esperencia en estas cosas, ni entiende nenguna cosa de navegación, por no lo aver usado, no sabe destenguir lo uno de lo otro, y en todo se abraza a la voluntad del padre.»
En la controversia entre Urdaneta y Carrión sobre si la armada debía ir o no a las Filipinas, aparentemente venció fray Andrés, porque, al salir los buques del Puerto de la Navidad, se dijo que irían a las Molucas; pero, en realidad, el victorioso fué el capitán, con arreglo a cuyos dictámenes redactó la Audiencia de Méjico y le entregó a Legazpi la orden secreta, según la cual pondría las proas hacia el archipiélago filipino, cuando los navíos llevaran recorridas cien leguas desde la Nueva España: «Haréis vuestra navegación en demanda y descubrimiento de las Islas del Poniente hacia los Malucos, sin que por vía ni manera alguna entréis en las Islas de los dichos Malucos, porque no se contravenga el asiento que Su Magestad tiene tomado con el Serenísimo Rey de Portugal, sino en otras islas que están comarcanas a ellas, como las Filipinas y otras que están fuera del dicho asiento y dentro de la demarcación de S. M...»
Se resolvió el pugilato armonizando el que se cumpliera la voluntad del Monarca y el no prescindir del utilísimo concurso de fray Andrés, quien, de haberse aclarado desde el primer momento el camino que había de seguirse, se hubiera quedado en tierra.
Los religiosos se lamentaron del contenido de la instrucción y de que habían sido engañados; pero, en virtud de los preceptos superiores y de las reflexiones de Legazpi, se conformaron con la novedad, y habiéndose discutido sobre cuál sería la mejor ruta para las islas Filipinas, se decidió navegar al oeste, cuarta del sudoeste, y al llegar a una altura de 9° dirigirse al oeste en busca de las islas de los Reyes y las de los Corales; de éstas irían a las de los Arrecifes y Matalotes, y desde allí, al archipiélago de San Lázaro.