El 30 de noviembre, el patache San Lucas, que iba delante de la capitana, desapareció, sin que en mucho tiempo se volviera a saber de él. Esta embarcación, buscando o con la excusa de que buscaba a la flota en la isla de Mindanao, en las de Magallanes y en otras, regresó a Nueva España y llegó al puerto de Navidad el 9 de agosto de 1565.
Siguieron navegando días y días sin que los pilotos pudieran ponerse de acuerdo respecto a las leguas que llevasen recorridas. En la madrugada del 18 de enero de 1565 creyeron estar cerca de tierra, por haberlo dado a entender el buque almirante con un disparo de artillería; mas, habiéndose convencido de que se trataba de una ilusión, continuaron la marcha. Cuando efectivamente vieron tierra fué el día 9. Era una isla pequeña, abundante en palmas de coco y en árboles. Bajaron a examinarla fray Andrés de Urdaneta, Felipe de Salcedo, Mateo del Sanz y el capitán del San Juan. Al volver a las naves, refirieron que se habían encontrado con un indio y una india viejos, que debían ser marido y mujer; una india joven, que debía ser hija del matrimonio, y una pequeñuela, que sería hija de la india moza; que no entendieron el idioma de aquellos naturales; que les obsequiaron con cuentas de vidrio y otras bagatelas, y que ellos se mostraron muy pesarosos al retornar los visitantes a la playa. Otras noticias les dieron a los demás expedicionarios: había allí muchas frutas, pescados, gallinas, patatas y millo. En cuanto a los habitantes, el indio era de buena conformación y las mujeres eran guapas. Todos llevaban el cabello suelto y largo. Tenían canoas muy lindas, anzuelos de cordeles y de hueso; carecían de utensilios de barro y no usaban armas de ninguna clase.
Tan pintoresco territorio recibió el nombre de isla de los Barbudos.
Poniendo las proas al noroeste, llegó la flota el 22 de enero a unas islas que, según los pilotos, formaban parte del archipiélago filipino, y, según el padre Urdaneta, eran las de los Ladrones. Numerosos isleños, en cincuenta canoas, que llamaban paraos y estaban hechas de palma, rodearon a la armada y prorrumpieron en grandes voces, con las que parecían invitar a los nuestros a que fueran a sus poblaciones, donde les darían de comer hasta que se hartasen. La costa estaba cuajada de palmares de coco, y entre los palmares había viviendas. Al anochecer encendieron los indios infinidad de hogueras. Antes de que los castellanos desembarcaran, Legazpi, dando pruebas de ser un habilísimo diplomático, ordenó que nadie se atreviese a hacerles daño a los indígenas, ni a quitarles nada, ni a tocar en sus sementeras y labranzas, ni a cortar palmas ni otros árboles, y que los rescates pudieran hacerlos únicamente los oficiales del rey. Esta orden malhumoró a los soldados. El día 23 los isleños trajeron cocos secos y verdes, cañas dulces, plátanos, arroz, batatas y otros artículos, trocándolos por naipes, cascabeles, cuentas de vidrio y trozos de orillo; pero, desconfiadísimos, se negaron a entrar en las naves. En las sucesivas contrataciones exigieron, para el pago de sus mercancías, primero hierro y, después, clavos, por haber comprendido cuán útiles habían de serles para sus canoas. Tenía razón el padre Urdaneta: aquéllas eran las islas de los Ladrones. Se pedía, sobre todo, arroz a cambio de clavos grandes, y los indios, con una sagacidad y una desaprensión indescriptibles, llevaban fardos, en cuya parte superior había una capa de arroz como de dos dedos, siendo arena todo lo demás, y otras veces metían en los fardos piedras y hierbas para aumentarles el peso y hacer los cambalaches más ventajosamente. Se les compró gran cantidad de barriles de aceite de coco, y se vió que la mayor parte contenían agua con uno o dos dedos de aceite. Con frecuencia cometían otros engaños, como el de acercarse algo a uno de los buques, esperar a que se les echasen los clavos, y luego, sin entregar las mercancías, salir huyendo hacia los otros buques para repetir idénticas operaciones.
Al patache San Juan le desclavaron un pedazo de un hierro del timón, procuraron arrancar los clavos del costado de las naves y a todas les quitaron las boyas. Un indio le arrebató a un soldado un arcabuz que llevaba al hombro. Otro indio le pegó a otro soldado con una vara en el pecho, y aunque no se lo lastimó, porque llevaba cota, le produjo en una mano una herida, de la que murió inmediatamente. «Todo lo cual hacían sin vergüenza ninguna, porque de cosa no la tienen».
Legazpi salió a tierra y, en nombre de Su Majestad, tomó, con gran aparato, posesión de esta isla, que era la de Goam, nombrada Guan en el derrotero del piloto mayor Esteban Rodríguez, y Boan en el de Pierres Plin. Aunque se había propuesto conducirse con aquellos isleños de la manera más afable, se vió obligado a disponer que los castigaran. Parte de nuestra gente bajó a tierra a cargar de agua dulce, y los indios fingieron recibirles de paz. Cuando llegó el momento de recogerse a los navíos, se quedó rezagado, durmiendo entre unos palmares, un muchacho, que era grumete, sin que los españoles le echasen al pronto de menos. Al darse cuenta de que faltaba, fueron a buscarle, mas le encontraron hecho pedazos. Los isleños le habían atado de pies y manos, le habían producido más de treinta heridas, traspasándole el cuerpo con lanzas, le habían desollado la cara, le habían metido por la boca un palo, que le salía por el colodrillo, y le habían apedreado.
El maestre de campo Mateo del Sanz les quemó algunas canoas y casas, hirió a varios indios, mató a otros y prendió a cuatro. A tres se les ahorcó en el mismo sitio en que había perecido el grumete. A uno que había quedado ileso, el maestre le trajo a la nave «a ruego de los religiosos» «diciendo que sería más servicio de Dios nuestro Señor y de su Majestad llevarle a la Nueva España que no ahorcarle, e ansí se llevó a la Capitana.»
Legazpi, los religiosos, los capitanes y los oficiales conferenciaron sobre si convendría poblar en Goam y despachar un navío a la Nueva España. Así lo propuso el padre prior, respondió el general que era necesario dar cumplimiento a las órdenes que tenía de seguir hasta las islas Filipinas y las colindantes, y, sin más discusión, el 3 de febrero emprendieron la marcha.
El 13 arribó la armada a una bahía muy amplia, rodeada de islas pequeñas y de una grande. Se encargó al maestre de campo, al padre prior y al capitán Martín de Goiti que vieran si había población, río o puerto, y si encontraban indios. Unos cuantos vieron, que se negaron a esperarles.
El 20 comparecieron algunos naturales, significaron que la isla grande se llamaba «Zubú», y dijeron nombres de pueblos y caciques del territorio. El general les dió cuentas de vidrio, bonetes de grana, cuchillos, etc., y les pidió que de su parte les suplicaran a los principales que fueran a verle, porque les quería hablar y hacerse amigos suyos.