A los quince días de haber partido el San Juan para Butuán, regresó adonde se encontraba el resto de la flota. Los del patache habían visto al rey de la isla y a un hermano suyo, los cuales no habían querido entrar en el San Juan por tenerles miedo a los moros.
Legazpi promovió consulta sobre si se debía poblar en alguna de aquellas islas, y se convino en hacer población en Cabalián, por abundar allí el arroz, los puercos y las batatas, y porque sería fácil el abastecimiento de los que se volvieran a la Nueva España; pero la resolución definitiva fué poblar en Cebú, por ser la tierra más fértil y rica de cuantas hasta entonces habían visto en aquellos países.
Los españoles fueron a Cebú, y Legazpi envió emisarios a Tupa, rey de la isla, para que viniese a verle. Este requerimiento fué contestado con promesas que no se cumplían; antes, por el contrario, los indios les amenazaron a los de la flota, y hubo que hacerles la guerra.
Reconociendo las casas de los fugitivos, se encontró, en una de las más pobres, un Niño Jesús flamenco, con su camisita de volante y su sombrero de velludo. El general experimentó tal alegría y tal emoción con este hallazgo, que, tomando al Cristo en las manos, le besó los pies, y alzando los ojos al cielo dijo: «Señor, Poderoso eres para castigar las ofensas en esta isla cometidas contra tu Majestad, y para fundar en ella tu casa e Iglesia Santa, donde tu Gloriosísimo nombre sea alabado y ensalzado; suplícote me alumbres y encamines de manera que todo lo que acá hiciéremos sea a honra y gloria tuya, y ensalzamiento de tu Santa Fe católica».
El 8 de mayo se trazó y midió el terreno sobre que había de construírse un fuerte en el puerto de Cebú, y el necesario para una villa, a la que se puso el nombre de San Miguel.
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El 1.° de junio de 1565, la nave San Pedro, al mando de Felipe de Salcedo, emprendió el regreso a la Nueva España, trayendo por pilotos a Esteban Rodríguez y Rodrigo de Espinosa, y arribó al Puerto de la Navidad el 1.° de octubre del mismo año.
El 18 de septiembre, Salcedo había requerido a Rodríguez, a Espinosa y al contramaestre Francisco de Astigarribia, que también echaba punto y carteaba, a que tanteasen el camino que habían andado desde el puerto de Cebú hasta la tierra que vieron aquel día. La distancia recorrida había sido, según Rodríguez, de 1740 leguas, y, según Espinosa, de 1650. Este último resultado dieron los cálculos y apuntaciones de Astigarribia.
De todo lo cual levantó acta el escribano de la San Pedro, Asensio de Aguirre.