Le interesaban a Salcedo la comisión y la consignación notarial de los pareceres de los pilotos, acerca de lo navegado, para que «se entendiese el dicho camino más verificadamente», y «para que mejor relación se pudiese hacer a Su Majestad».
Este viaje fué muy penoso. No pocos tripulantes enfermaron durante él, y algunos murieron. El piloto Espinosa falleció el 27 de septiembre. Fray Andrés de Urdaneta apenas pudo dormir, por tener que gobernar la nave, y padeció muchísimo.
Inmensa alegría produjo en Méjico el retorno de los supervivientes. Al volver allí el capitán del San Lucas aseguró que se había ido a pique el resto de la armada de Legazpi.
Cuando, al poco tiempo, fray Andrés vino a Castilla por encargo de la Audiencia, se encontró a la Corte, que estaba a la sazón en Valladolid, a Alonso de Avellano, que tenía muy adelantadas y con grandes probabilidades de buen éxito sus gestiones para que le premiaran por haber sido el primero en descubrir las islas Filipinas, y en haber hecho el viaje de vuelta al punto de partida; pero fué preso por haberle dado cuenta Urdaneta al rey de su deslealtad y codicia. Luego se le envió a la Nueva España para que se le trasladara a Manila y se le pusiera a la disposición de Legazpi. Por influencias interpuestas en su favor permaneció en Méjico hasta la muerte del general, pasando después a Manila con cartas de recomendación, que le fueron ineficaces para ser menos escarnecido por su conducta.
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Tupas y todos los naturales de Cebú reconocieron el señorío del rey de Castilla.
Los españoles les ayudarían a los cebutines a defenderse de sus enemigos, y lo mismo harían los de Cebú con nuestros compatriotas cuando lo necesitaran. Al indio que cometiese alguna falta contra algún español, los caciques le traerían preso ante Legazpi para que le mandara castigar. El español que le hiciese daño o agravio a algún indio sería castigado por el gobernador. Cuando los españoles les compraran a los indios bastimentos, se los habían de pagar a como valieran, y les darían a precios moderados los rescates y géneros de España. Los indios no podrían ir a contratar al real ni a la población de los españoles con armas ofensivas ni defensivas.
En demostración de obediencia, Tupas, su hijo Pisunán, Catipán, Batumán, Maquiong y otros señores se arrodillaron ante Legazpi y le besaron la mano.
El general les obsequió con ropas, rescates y cuentas. A Tupas le dió, además, dos camisas, un espejo dorado y dos sartas de margaritas. «Quedaron ellos muy contentos viéndose tan bien vestidos de aquellos que entendían auían venido a desnudarles.»
Un acontecimiento extraordinario fué el haberse convertido al catolicismo Tupas, persona la de más autoridad e influencia, no únicamente en Cebú, sino sobre los señores de las otras islas. Ninguno le igualaba en capacidad intelectual ni en habilidad política. Siempre había rechazado la conversión, por creer que la permanencia de los españoles en sus dominios era muy problemática, por no tener con ellos a sus mujeres. Le bautizó fray Diego de Herrera, fué su padrino Miguel López de Legazpi y se le puso por nombre Felipe. Se celebró la ceremonia el 31 de mayo de 1568. Poco después fué bautizado su hijo, mozo de veinticinco años, habiendo sido su padrino Juan de Salcedo. Se le llamó Carlos, en recuerdo del príncipe don Carlos, hijo de Felipe II. Aquel día se bautizaron otros notables de la isla de Cebú y de las inmediatas.