En ninguna descripción de los monumentos granadinos, hemos visto citada la capilla por donde se entra á la sacristía de este templo y las tres tablas de su altar, que consideramos de un mérito notable; parecen de origen alemán, y tienen un carácter especialísimo, particularmente la del centro, que representa un Descendimiento admirablemente pintado, aunque con trajes tudescos, cosa muy usada por los artistas de aquel tiempo.
En la otra capilla, debajo del coro, hay un cuadro de Juan de Sevilla, y otros menos importantes.
Dos magníficos sepulcros de mármol blanco: el uno de los Reyes Católicos Don Fernando y Doña Isabel, y el otro de sus sucesores Doña Juana y Don Felipe I, se levantan majestuosos bajo la cúpula central de la iglesia: el de Doña Isabel y su esposo es de mármol de Carrara, lo cual hace suponer que se encargaran á aquella tierra clásica del arte. El otro parece de mármol de Macael, el cual se haría por alguno de los escultores que labraron los medallones del palacio de Carlos V, que parecen de la misma mano. En el primero hay más delicadeza en el adorno y más corrección en las esculturas; en el segundo, menos seguridad de ejecución, más rudeza en el ornato, pero ambas son obras de arte muy notables.
Dice una inscripción latina que hay en un tarjetón:
«Los postradores de la secta mahometana y los que acabaron con la herética gravedad D. Fernando, rey de Aragón, y Doña Isabel, reina de Castilla, llamados los Católicos, en este marmóreo túmulo se encierran».
Después de lo mucho que se han ocupado los cronistas sobre la procedencia de estos sepulcros, se ha sabido que el escultor Bartolomé Ordóñez fué el autor del de los reyes.
Debajo del pavimento hay una bóveda ó cripta muy pequeña, donde se ven las cajas de plomo barreadas de hierro, donde se guardan los cuerpos. El ataúd más pequeño es el de la princesa María. Se distinguen todos por las iniciales.
El retablo del altar mayor es de gusto plateresco, con tres cuerpos y una buena coronación. Posee esculturas de mucho mérito, pero lo que más llama la atención en él, es el basamento con dos relieves de talla uno á cada lado, que representan la entrada de los reyes cristianos en la Alhambra, y el bautismo de moriscos convertidos.
En el Crucero se ven dos retablos en forma de relicarios, del tiempo de Felipe IV, con relieves de Mexía y pinturas de poco valor. Se encierran aquí muy contadas reliquias. Dos cuadros, uno de San José, de Guevara, y otro de San Juan Bautista, de Sevilla, existen en las capillas laterales del presbiterio.
En la sacristía hay una Concepción que dicen es de Cano; un cuadro que representa el abrazo del rey católico al rey moro vencido; la espada y corona que se considera haber pertenecido á Fernando V; un cetro de plata, un terno dibujado y bordado por Isabel I, según se dice; varias telas, cojín, paños, etc. del altar de campaña; un cuadro raro de devoción, donado por los mismos reyes, que parece de escuela griega, y el misal manuscrito de Francisco Flórez, con 20 dibujos y 151 fojas, que usaba la reina.