Ningún hecho, ningún apremio obligaba a la Gran Bretaña a abandonar la posición que había obtenido y defendido desde el año 1850: fué la sagacidad de sus estadistas, que se dieron cuenta de que los tiempos habían cambiado, la que actuó en este caso. En más de una ocasión, desde la declaración de Independencia, dice Coolidge, se habían entibiado las relaciones entre las dos Naciones, pero durante la guerra con España, el pueblo inglés había dado tantas muestras de simpatía por el de los Estados Unidos, que en éste se despertó hacia aquél un verdadero sentimiento de gratitud. El Gobierno de Su Majestad Británica, dándose cuenta de que más le convenía mantener esa amistad, que continuar disputándole a los Estados Unidos la supremacía en los mares de las indias occidentales, predominio que a esta nación le era indispensable ejercer por el desarrollo que había alcanzado, juzgó prudente acceder a la derogación del Tratado Clayton-Bulwer, que tan ventajosa posición le daba a la nación inglesa en aquellos mares y que constituía el único obstáculo que embarazaba aquella supremacía. Otros acontecimientos que ocurrieron después, han demostrado cuan prudente y previsora fué esta renuncia del Gobierno de la Gran Bretaña, en obsequio de los Estados Unidos, a la posición tan legalmente adquirida por aquel tratado.
El profesor John Holladay Latané en su obra The United States and Latin-America, recientemente publicada, explica por su parte en los siguientes términos, los motivos que indujeron a la Gran Bretaña a acceder a la derogación del Tratado Clayton-Bulwer:
El cambio en la actitud de Inglaterra es fácil de comprender. Durante los cien años que siguieron a la batalla de Trafalgar, Inglaterra estuvo preocupada en mantener una escuadra lo suficientemente poderosa para dominar, ella sola, todas las rutas comerciales. Con el rápido crecimiento de las escuadras de Rusia, Japón y Alemania, durante los últimos años del siglo XIX, dióse cuenta de que no se podía mantener en el aislamiento en que vivía. Nuestra adquisición de las Filipinas, Haway y Puerto Rico y nuestra determinación de construir el canal al través del istmo nos impusieron la necesidad de poseer una encuadra poderosa. Convencióse entonces la Gran Bretaña, de que necesitaba celebrar alianzas y fué esta idea la que la llevó a concertar con nosotros el Tratado Hay-Pauncefote en 1901 y con el Japón la alianza defensiva del año 1902. Dióse cuenta también de que los Estados Unidos estaban decididos a llevar a cabo el proyecto, por tanto tiempo acariciado, de construir el canal y de que la insistencia en mantener los derechos adquiridos por el tratado Clayton-Bulwer, acabaría por llevar a las dos naciones a un conflicto y previsoramente decidió abandonar la posición que había mantenido durante medio siglo y dejarnos las manos libres en la adquisición y el control del canal, por cualquier punto que lo quisiéramos construir. La firma del Tratado Hay-Pauncefote, significó pues, el reconocimiento por parte de la Gran Bretaña, de que el interés que tenían los Estados Unidos en el Caribe era de carácter predominante. Hubiera sido imprudente querer desconocer ese hecho. Desde entonces nadie ha discutido la supremacía de los Estados Unidos en esta área.
Las negociaciones relativas a la derogación del referido tratado fueron confiadas, por parte del gobierno de los Estados Unidos, al Secretario de Estado John Hay y por parte de su Majestad Británica, a Lord Pauncefote, Embajador en Washington. Los primeros esfuerzos de estos diplomáticos culminaron en un proyecto de tratado que fué suscrito en 5 de febrero de 1900 y que rechazó el Senado de los Estados Unidos. Según este proyecto, que dicho alto cuerpo juzgó que no garantizaba suficientemente los intereses de la nación, el canal habría de ser natural y los Estados Unidos no podrían fortificarlo. El Gobierno de la Gran Bretaña no tuvo inconveniente en celebrar un nuevo tratado que satisficiera mejor las aspiraciones del de Washington; y puestos de acuerdo nuevamente los dos diplomáticos, en 18 de noviembre del año 1901, concertaron otra convención que esta vez aprobó el Senado. Según este convenio, que derogó el Tratado Clayton-Bulwer, el canal habría de ser construído bajo los auspicios de los Estados Unidos y aunque éstos tendrían el exclusivo derecho de proveer a su manejo y de fortificarlo, quedaría libre y abierto a los barcos mercantes y de guerra de todas las naciones.
Eliminado con la derogación del Tratado Clayton-Bulwer, el obstáculo que le impedía a los Estados Unidos realizar la apertura del canal, el Gobierno de Washington decidió acometer cuanto antes esta obra. Era necesario resolver, en primer lugar, cuál de las dos vías proyectadas se utilizaba, la de Nicaragua o la del istmo. La opinión pública era partidaria de la vía de Nicaragua, pero la comisión de Ingenieros, nombrada para estudiar el asunto, se decidió por la de Panamá y aceptado su dictamen por el Gobierno, se convino en comprarle a la antigua compañía francesa sus derechos, obras y materiales. Había que dar otro paso. Era necesario que el Gobierno de la República de Colombia, consintiera en esta venta, y que se aviniese a estipular en un nuevo tratado, los derechos que habrían de tener los Estados Unidos con respecto al canal, ya que se juzgaba que la convención concertada con Nueva Granada en 1846 y que estaba vigente, no brindaba suficiente garantía a los intereses de la República norteamericana.
Para establecer las nuevas relaciones, el Gobierno de los Estados Unidos designó al Secretario de Estado, John Hay, uno de los funcionarios que ha dejado huella más intensa de su paso por dicho cargo, y el de Colombia a Tomas Herran, Encargado de Negocios en Washington. Puestos ambos de acuerdo, redactaron un tratado que fué suscrito en 22 de enero de 1903. A tenor de este tratado, el Gobierno de Colombia autorizaba al de los Estados Unidos para comprar los derechos, obras y materiales de la compañía francesa e igualmente lo autorizaba para adquirir perpetuo control sobre una zona en el istmo de Océano a Océano, de diez millas de ancho, para el trazado del canal; no obstante lo cual, Colombia conservaría su soberanía sobre dicha zona y habría de recibir en compensación, $10,000.000.00 de contado y $250.000 anuales.
En 17 de marzo de 1903, fué aprobado dicho tratado por el Senado de los Estados Unidos; pero como no le cupiera la misma suerte en el de Colombia, el Gobierno de Washington decidió terminar sus relaciones diplomáticas con esta nación y a ese efecto dispuso la retirada del Ministro acreditado en Bogotá.
El fracaso del tratado produjo una profunda impresión de desagrado en el pueblo panameño, que tenía cifradas sus esperanzas en la prosperidad y bienestar que le habría de reportar el canal. No menos desastroso fué el efecto que produjo el propio hecho en la compañía francesa que inició la construcción de la obra. La concesión de ésta vencía en octubre de 1904 y el abandono por parte del gobierno de los Estados Unidos del proyecto de construir el canal por Panamá, significaba para dicha empresa, la pérdida completa del dinero invertido en las obras y materiales existentes y las cuales aquel Gobierno se había comprometido comprar. Deseosos sus agentes de evitar semejante desastre, dirigidos por el Ingeniero de la misma, el ciudadano francés Felipe Bunau Barilla, discurrieron como medio único de impedir aquella ruina, provocar una ruptura entre Colombia y la provincia del istmo. Contaban para ello con el malestar existente en la población de Panamá y con el sentimiento de hostilidad que siempre había latido en ésta contra Colombia y que se había traducido en un buen número de revoluciones y en la organización en dos ocasiones de un gobierno independiente.
A fines del mes de octubre del referido año 1903, el sentimiento público en Panamá contra Colombia era tan evidente, que el Gobierno de Bogotá juzgó necesario enviar refuerzos a aquella provincia. Enterado de ello Manuel Amador, que fungía de jefe de la conspiración, en 29 de octubre envió el siguiente cable a Bunau Barilla que se encontraba al frente de la junta revolucionaria que actuaba en New York: "Tenemos noticias de que dentro de cinco días han de llegar fuerzas de Colombia, las que desembarcarán por el lado del Atlántico. Vienen más de 200 hombres. Urgen barcos de guerra en Colón."
Al día siguiente de haber llegado este cable a su destino dice el profesor Jones, antes citado, el Comandante del crucero "Nashville", anclado en Kingston, Jamaica, recibía otro de su gobierno, concebido en estos términos: "Diríjase a Colón; telegrafíe en cifra la situación, después que se consulte con el Cónsul de los Estados Unidos." El comandante de dicho crucero cumplió tal encargo; se dirigió a Colón y dió cuenta a su gobierno de la situación y en 2 de noviembre recibió orden de evitar el desembarco de las fuerzas de Colombia, si esto podía ocasionar un conflicto con el gobierno revolucionario y que de todas maneras mantuviera libre el tránsito por el ferrocarril que atravesaba el istmo. Ese mismo día, cuando aún no había estallado la revolución, por más que era ya cosa inminente, llegan a Colón 500 soldados colombianos. El comandante del "Nashville" no puso inconveniente al desembarco de dichas fuerzas; pero les prohibió trasladarse por ferrocarril a la Ciudad de Panamá. Casi al mismo tiempo que llegaban las fuerzas colombianas, desembarcaba la marinería del referido crucero con objeto de mantener el orden, así como el libre tránsito por el ferrocarril.