Al día siguiente de estos sucesos, se proclamaba la independencia del istmo en la ciudad de Panamá y se constituía un gobierno independiente. El día 13 de noviembre, esto es, diez días después de proclamada la independencia, ésta era reconocida por el Gobierno de Washington y el día 18 se firmaba entre la más antigua y la más nueva de las Repúblicas del Continente, el Tratado en que se estipulaba todo lo concerniente a la construcción del canal.
Las disposiciones más importantes de este tratado, que fué suscrito en Washington, por John Hay a nombre de los Estados Unidos y por Felipe Bunau Barilla a nombre de la República de Panamá, son las siguientes: Los Estados Unidos se comprometen a garantizar la independencia de Panamá; ésta en cambio concede a aquéllos, a perpetuidad, el uso, ocupación y control de una zona de diez millas de ancho, por la que se habría de extender el canal, así como el monopolio del mismo y como compensación, el Gobierno de los Estados Unidos pagaría al de Panamá $10,000.000 al ser ratificada la convención y nueve años después comenzaría a abonarle la cantidad de $250.000 durante cada anualidad, mientras estuviere en vigor el tratado.
A raíz de estos sucesos, el Presidente Roosevelt dirigió dos Mensajes al Congreso: el primero en 7 de diciembre de 1903 y el segundo el día 4 del mes siguiente, explicando su intervención en todos estos asuntos y sobre todo, los móviles que lo llevaron a reconocer la nueva República, tratando de desvanecer el cargo que se le hizo, dentro y fuera de los Estados Unidos, de haber sido el verdadero instigador de la revolución que dió al traste con la soberanía de Colombia en el istmo. La extensión de dichos documentos nos priva de insertarlos en su integridad. Nos limitaremos a hacer un extracto de sus puntos e ideas culminantes.
Comenzó diciendo, que a pesar de que el Tratado negociado en Washington en 22 de enero de 1903, entre el gobierno de los Estados Unidos y el de Colombia, estaba concebido en los términos más favorables para esta última nación, su Congreso, adoptando una conducta inexplicable, había pospuesto su aprobación indefinidamente, sin que existieran esperanzas de que en el futuro modificara tal conducta, ni de que el Poder Ejecutivo, que por lo que se vió tenía medios para recabar de los congresistas dicha ratificación, llevara trazas de abandonar la actitud pasiva en que por su parte decidió colocarse; que mientras esa era la situación de los poderes públicos en Colombia con referencia al tratado, el pueblo de Panamá, por su parte, seguía el asunto con el mayor interés, pues pensaba, con razón, que se habrían de derivar grandes y positivas ventajas, en su provecho, de la construcción del canal; y sin que fuese de extrañar por eso, que cuando dicho pueblo, que nunca había estado muy de agrado con la soberanía de Colombia, de la que realizó varios esfuerzos, en diversas épocas, por separarse, se dió cuenta del fracaso del tratado, proclamó su independencia en un movimiento espontáneo y unánime.
Refirióse después al desembarque de las fuerzas de infantería de marina de los Estados Unidos, al mando del Comandante Hubbard, que ocuparon la ciudad de Colón, consignando a tal respecto, que después que se proclamó la República en la Capital, situada en el interior, arribó al referido puerto de Colón un crucero colombiano con 400 soldados; que él, pensando en que la acción de esta fuerza podría interrumpir el tránsito del ferrocarril del istmo, dió órdenes para que se impidiera su desembarque; que esta orden llegó cuando dicha fuerza estaba en tierra, pero que como ésta pretendiera después trasladarse a la Capital, el comandante Hubbard se lo impidió prohibiéndole el uso del ferrocarril, en atención a lo antes dicho, a que se habría de interrumpir el tráfico.
Desmentía luego el Presidente la especie de que su Gobierno hubiera tenido la más ligera intervención en los preparativos de la revolución; aseverando, además, que la infantería de marina se había mantenido en un terreno absolutamente neutral, limitándose a proteger las vidas y haciendas de los ciudadanos norteamericanos y a impedir cualquier acción que hubiera podido producir el efecto de interrumpir el tráfico por el ferrocarril y que de no ser por la serena actitud del Comandante Hubbard y de sus soldados, hubieran ocurrido espantosas escenas de sangre.
Dijo también Roosevelt, que según la interpretación que desde antiguo le habían dado al tratado del año 1846, varios ilustres estadistas, entre otros el Secretario Cass en 1858 y en 1865 el Secretario Seward y el Procurador General Speed, con motivo de otros sucesos ocurridos en el istmo, la posición de las dos partes contratantes estaba perfectamente definida, en el sentido de que Colombia sólo podía pedirle a los Estados Unidos que respetara su soberanía en dicho territorio, pero no podía obligarlos a que la ayudasen a mantenerla; mientras que éstos, por su parte, tenían derecho a realizar todo acto o gestión tendiente a mantener el tránsito libre y sin entorpecimientos.
La República de Colombia, añade, no se dió cuenta de su posición. Después que derivó innumerables ventajas del Tratado del año 1846, que no fué convenido con otro propósito que no fuera el de facilitar la construcción del canal, no debió a última hora restarle su concurso a esta obra. No tenía derecho a mantener cerrada una vía cuya apertura tenía una tan alta significación para todo el mundo civilizado y especialmente para los intereses vitales de los Estados Unidos. Si Colombia, agrega después, era absolutamente incapaz de mantener el orden en Panamá, como lo demostró el hecho de haber ocurrido cincuenta y tres alteraciones de la paz, entre alzamientos, motines, revoluciones, etc. durante los cincuenta y siete años que transcurrieron a partir del año 1846, en que se suscribió el Tratado; y habiéndose colocado dicha República en actitud reveladora de que no habría de sancionar el nuevo Tratado, hubiera procedido el Gobierno con locura y debilidad, si hubiese actuado en forma distinta de la que adoptó frente a la revolución panameña del día 3 de noviembre.
En el último de los mencionados Mensajes, se refutaba el cargo hecho a la administración consistente en la premura con que había sido reconocida la nueva República, en los siguientes párrafos, con los cuales terminamos esta alusión a dichos documentos.
El hecho de que otras naciones nos imitaran, reconociendo, tan pronto como nosotros lo hicimos, al nuevo Estado de Panamá, demuestra que en este caso éramos los mandatarios de la humanidad civilizada. Nuestra acción, reconociendo la nueva República, fué imitada por Francia, Alemania, Dinamarca, Rusia, Suecia y Noruega, Nicaragua, Perú, China, Cuba, Gran Bretaña, Italia, Costa Rica, Japón y Austria Hungría.