Sin que se hubiera llegado á formular como axioma de la ciencia del Derecho político-administrativo, sabían los hombres de Estado que tenían á su cargo el gobierno de las Indias que la estadística era la base y fundamento de la administración; por eso ya en 1528 el emperador Carlos V expidió una provisión «acerca de la orden que se debia tener en la descripcion de las Indias», la cual se reprodujo para comunicarla á García de Lerma, gobernador de la provincia de Santa Marta, en la fecha y lugar que tienen las anteriores disposiciones, que, como se ve, fué fecunda en ellas por los motivos y con la ocasión que en el capítulo anterior hemos expuesto. Tuvo siempre grandísima importancia este asunto de la descripción de los países nuevamente conquistados, y á él dió gran importancia el famoso Ovando, presidente que fué del Consejo de Indias en tiempo de Felipe II y uno de los hombres de Estado más insignes de aquella época.
Para que se cumplieran las disposiciones relativas á la libertad y buen tratamiento de los indios, ya en tiempo del cardenal Cisneros, y durante su regencia, se confirió á Las Casas el cargo de Procurador de los indios, que, cuando se fué extendiendo nuestra dominación en las islas y Tierra Firme del mar Océano, llegó á ser una institución permanente, para cuya representación y ejercicio se elegía con el nombre de protector á un eclesiástico eminente, y de ordinario al obispo de la diócesis, para que con su autoridad defendiese á los naturales de ella de los desmanes y agravios de encomenderos y conquistadores. Con este motivo eran frecuentes y llegaban á ser muy agrias las cuestiones entre la autoridad civil y la eclesiástica, como sucedió en Méjico entre el Presidente de la primera Audiencia, Nuño de Guzmán, y el primer Obispo, cuando sólo era electo, Fr. Juan de Zumárraga. Aunque no tan graves y escandalosas, ocurrieron también en la isla Fernandina (Cuba), donde era protector de los indios el Obispo electo de la diócesis y Abad de Jamaica, el reverendo padre fray Miguel Ramírez. Para poner remedio y evitarlas se expidió Real provisión en Ocaña el 10 de Mayo de 1531, sobre el modo de usar este oficio, autorizando al que lo ejerciera á enviar delegados á todos los pueblos para hacer informaciones aun contra los corregidores y alguaciles, pero vedándoles que conociesen en las causas criminales por delitos entre los mismos indios.
Para librarse de los calores del estío, la Corte se trasladó de Ocaña á Avila, y en 10 de Agosto de este año de 1531 se dió en esta ciudad una cédula en que se manda á la Audiencia de Santo Domingo que provea que cuando los escribanos reales que hubiesen residido en aquella tierra saliesen de ella, dejen los registros de las escrituras en personas de confianza; medida acertadísima, pues es más que conveniente necesaria la formación y conservación de protocolos de los instrumentos públicos para todas las vicisitudes de la vida civil de las familias y de los individuos.
Bajo el aspecto político, es mucho más importante que la anterior otra cédula que, ya vuelta la Corte á Ocaña, se expidió en esta villa el 10 de Diciembre de este mismo año de 1531, pues en ella se manda á la Audiencia de Nueva España que de dos en dos años envíe relación al Consejo de Indias de las personas beneméritas que hubiera en aquella tierra para ser proveídas en oficio, demostrando así el deseo de acierto en la elección de los que habían de ejercer cargos públicos en las Indias, siendo de notar estas palabras: «Lo qual haced sin respecto ni aficion alguna, pues veis cuanto esto importa al servicio de Dios y nuestro y á la gratificacion de los pobladores de esas provincias.»
El 15 de Diciembre de este año estaba la Corte en Medina del Campo, y en este lugar y fecha se dió una Real cédula en que se manda que los prelados y clérigos no paguen derechos de almojarifazgo, exención de tributos que con mayor motivo que en la Península gozaron de ordinario las personas eclesiásticas en las Indias. Mas para evitar fraudes se encarga á los oficiales de la Casa de la Contratación de Sevilla que no pusieran en los registros ó manifiestos más que las mercancías necesarias para el servicio de sus personas eclesiásticas y mantenimiento de sus casas.
El 19 del mismo mes y año, y en el mismo lugar, se expidió Real cédula que manda que, sin embargo del capítulo de las Ordenanzas que prohibe que envíe la Audiencia jueces pesquisidores, «los pueda proveer quando le paresciese, porque (dice la Emperatriz) soy informada que para la execucion de nuestra justicia conviene y es necesario que se provean de las tales personas y comisiones». La razón de esto consistía en la vasta extensión del territorio á que llegaba la jurisdicción de la Audiencia, y esta autorización era sólo aplicable «á los casos y cosas que acaesciesen á más de cinco leguas de la capital donde el tribunal residia».
La prohibición de que pasaran á las Indias sin expresa licencia esclavos blancos berberiscos, objeto de la cédula de 19 de Diciembre, se funda en que, según las disposiciones de que hemos hecho mención, sólo se habían de tolerar en las Indias esclavos negros; sin embargo, otra cédula de 13 de Enero del año siguiente de 1532, dada, como las anteriores, en Medina, manda que no se hierren indios aunque sean esclavos, lo cual indica que los había ó podía haberlos á pesar de lo mandado, y confirma esta inducción el texto del documento en que dice que «persona ni personas algunas de cualquier estado, preeminencia ó dignidad que sean, no sean osados de herrar los dichos indios por esclavos, aunque verdaderamente lo sean».
Si bien puramente reglamentaria, es acertada la disposición contenida en la cédula de la misma fecha que manda que en las cosas que convinieren y hubiesen de firmar presidente y oidores y oficiales reales firmen todos en un renglón, para evitar cuestiones de etiqueta y precedencia, tan enojosas siempre; pero, además, es de notar que este precepto indica igualdad entre los togados y los funcionarios que carecían de este carácter, á pesar de la preponderancia que ya empezaban á tener aquéllos en todos los ramos de administración y gobierno.
Es del mayor interés para la historia de la administración y gobierno de Nueva España la extensa respuesta de S. M. la Emperatriz á la carta de la Audiencia de Méjico, fecha 14 de Agosto de 1531, y que fué escrita en Medina del Campo el 20 de Marzo del siguiente año de 1532. Aun no había llegado á su nuevo destino D. Sebastián Ramírez de Fuenleal, cuando los oidores de la nueva Audiencia escribieron su carta; y si bien no sabemos que se haya publicado su texto, infiérese claramente su contenido de las respuestas que se dan en los sesenta capítulos de que consta este documento, que empieza en estos notables términos:
«Presidente y oydores de la nuestra abdencia y chancilleria real de la nueva españa que reside en la cibdad de Temistitlan: vi vuestra letra de XIV de Agosto del año pasado de quiniento e treinta e uno en que larga y muy particularmente hazeis relacion del estado y cosas de esas partes, que me ha parecido muy bien la orden que en escrebirlo teneys, y assi tengo yo confianza que la terneys en lo efectuar especialmente despues de la llegada del Presidente, que, como aveis visto, por servir al emperador, mi señor, y á mi, quiso tomar trabajo de yr á nos servir en essa, y en esta os mandare responder particularmente á todo lo de vuestra carta que requiera respuesta.»