En 27 de Mayo se dictó una Real cédula en que se mandó que al hacer las valuaciones de las mercancías importadas en Indias para cobrar sobre ellas el derecho de almojarifazgo se reuniesen los oficiales, y cuando hubiese diversidad de pareceres entre ellos lo hiciesen constar en el libro de sus acuerdos. Esta disposición, dirigida á los oficiales de la isla de Cuba, se extendió luego á todos los de las Indias.
Por otra del 31 de Mayo del mismo año, dirigida al Virrey Mendoza, se mandó que la moneda que se llevara de Castilla corriera con el mismo valor que en la Península; disposición fundada en que, por la rareza que antes del establecimiento de la Casa de Moneda de Méjico tenía la que circulaba, se había aumentado su valor en el comercio con la aprobación de la metrópoli, pues corrían los reales á razón de 44 maravedís. Como se ve, aun entonces, y á pesar de las ideas corrientes, la moneda sufrió, como las demás mercancías, la ley económica de la oferta y la demanda. En 7 de Agosto de este año 1535 se expidió Real cédula por la que se ordena que los negros no traigan armas pública ni secretamente.
Merece especial mención la sobrecarta que en la misma fecha se expidió para que residiera en Cádiz un oficial de la Contratación de Sevilla, á fin de recibir los navíos que trajeren oro, plata y piedras preciosas. El fundamento de ella consiste en las quejas de los navieros, que decían que les era perjudicial subir río arriba hasta Sevilla, que son 20 leguas, y otras tantas de vuelta, y que pasaban gran peligro en la barra de Sanlúcar al entrar y al salir, en lo que tardaban un mes, tiempo «en el qual podian navegar su viage si de allí (Cádiz) se despachassen, y que demas de este daño y otro muy peor, que como el trato de las Indias va en tanto crecimiento han engrandecido las naos, porque diz que solia que la nao que mas porte tenia no llegava á cien toneles, y agora ninguna baxa de doscientos, porque hallan que les tiene de costa una pequeña poco menos que una grande, y estas no pueden subir el rio arriba porque no ay tanta hondura de agua que los sufra é antes que lleguen á Sevilla con ocho leguas descargan de las naos la mitad de las ropas para poder llegar al muelle de essa ciudad, lo qual no se haria en Cadiz por ser, como diz, que es el mas principal puerto que tenemos en estos nuestros Reynos.»
En 14 del mismo mes y año se expidió cédula que contenía ciertas ordenanzas hechas para el ejercicio de la jurisdicción de los jueces y oficiales de la Casa de Contratación de Sevilla. Constan de siete capítulos, y por el primero se manda que puedan ejecutar dichos jueces las sentencias que dieren en los pleitos entre los maestres de las naos, los marineros y los pasajeros, si no excediesen de la cantidad de 10.000 maravedís; por el segundo se dispone que se haga constar en el libro de acuerdos el voto contrario, si lo hubiere, en materia de hacienda; por el tercero se manda que asistan los dos letrados de la Contratación para vistas y sentencias de los pleitos, uno cada día; por el cuarto se ordena que los despachos y sentencias se presenten á la firma de los jueces por los escribanos, y no por las partes; por el quinto que se pronuncien las sentencias y resoluciones en secreto, y no en presencia de las partes; en el sexto se consigna que los oficiales tengan en su poder, y no en el de sus criados, las llaves del arca de caudales, y por el séptimo se dispone que se incorporen estos capítulos en las Ordenanzas vigentes.
Con la misma fecha se dió Real cédula, dirigida á los mismos oficiales de la Casa de la Contratación de Sevilla, en la que se aclaran varios capítulos de las Ordenanzas referentes á la navegación, suspendiéndose la disposición en virtud de la que «todos los navíos que no fuesen nuevos sean varados en tierra é puestos sobre picadero», y encargando de nuevo que los oficiales hagan las diligencias que puedan para evitar los daños «que las naos pueden tener, antes que comiencen su viaje». También se encarga que las ropas que, por exceso de carga, se sacasen de los navíos se anotasen en el Registro, para que no se les exigiesen los derechos correspondientes en Indias. Dispónese en el párrafo tercero de estas modificaciones que pueda servir de escribano un marinero de confianza y que tenga habilidad para ello. El cuarto y quinto párrafos de esta Real cédula son meramente técnicos, pues se refieren al desagüe de las bombas y al amarre de las jarcias. Se prohibe por el sexto que los visitadores lleven escribanos, y por el séptimo se manda que el exceso de carga se devuelva á sus dueños y no se deposite en los almacenes de la Contratación; y el octavo párrafo consigna que se prefiera lo perteneciente á los pasajeros, cuando éstos ajusten su pasaje desde Sevilla, y lo de los mercaderes, cuando los pasajeros partan de Sanlúcar, en el caso de que se alijen las naos por exceso de carga.
En 27 de Agosto de este año 1535 se despachó Real provisión, en que se insertan las diferentes disposiciones que se habían dado para que residiese de continuo en Cádiz un oficial de la Casa de la Contratación que cuidase del despacho de los navíos que partían á las Indias. La primera disposición en que esto se mandó fué expedida en Ocaña á 27 días del mes de Abril de 1531, según ya se ha dicho, y fué ratificada por el Emperador en la ciudad de Augusta en 22 de Noviembre de 1532. Habían ocurrido grandes dificultades para el cumplimiento de estas resoluciones, y para llevarlas á cabo se dispuso, en la provisión de que nos ocupamos, «proveer persona que a la continua resydiese en la dicha cibdad de cadiz, juntamente con las personas que por los dichos nuestros oficiales fueren nombrados, y con su poder como sus tenientes entendiesen en rescebir los navios que de las dichas yndias veniesen que quisieren descargar ó tomar puerto en la dicha cibdad e puerto de Cadiz, y en el despacho de los dichos navios y de las personas é mercaderias que en ello venyeren y no en determinar pleyto ny causa alguna entre partes, porque de esto han de conocer los dichos nuestros oficiales que resyden en Sevilla y no otros algunos».
Como se ve, se conservó la jurisdicción especial y propia de la Casa de la Contratación, entendiendo sólo en lo que pudiéramos llamar materia comercial los funcionarios que con arreglo á esta cédula residían en Cádiz.
Por este tiempo estuvo encargada la Emperatriz-Reina del gobierno de España durante la ausencia del Emperador, ocupado en la gloriosa jornada de Túnez, sin que por esto se abandonase un punto la atención preferente que se daba á los asuntos de Indias, y que se extendía á todos los ramos de la gobernación de aquellos países. Así es que en 15 de Octubre de este mismo año, y también en Madrid, se expidió una Real cédula en que se «manda que ninguno pueda usar oficio de médico, cirujano ni boticario si no fuere examinado en universidad aprobada»; disposición que tenía por objeto, como se ve, que no se ejerciera por gente empírica é incompetente las diversas especialidades del arte de curar. En 27 del mismo mes se autorizó, por una Real cédula dirigida al Virrey de Nueva España, para que pudiese repartir entre los conquistadores y pobladores antiguos tierras, según su calidad y servicios, encargando que se les pusiera la condición de que no pudieran venderlas á iglesias, ni monasterios, precaución que tenía por objeto evitar los efectos de la excesiva amortización eclesiástica. Muy notable es la Real cédula de la misma fecha, en que se encarga al Virrey que provea lo que más convenga á la buena gobernación de la ciudad de Méjico respecto á las quejas de su Cabildo por la intervención que tomaban los oidores en los asuntos que llama de república, es decir, en los municipales, «assi como hazer fuentes, y puentes y calzadas, alcantarillas, salidas de calles para las aguas, ladrillarlas, y poner tassas en los bastimentos y aderezar caminos y las otras cosas que á la dicha ciudad conviene proveerse»; limitación que, como se ve, distingue las funciones meramente administrativas de las judiciales, que por entonces estaban confundidas, dando lugar, lo mismo en Indias que en la Península, á frecuentes y numerosos conflictos entre las Audiencias y los Ayuntamientos.
En la misma fecha se mandó por otra cédula, á los oficiales de Sevilla, que no dejaran pasar á Indias á ningún religioso que no fuese observante. De la misma fecha es otra cédula en la que se ordena que ningún religioso tome sitio para hacer monasterio de su orden en aquellas regiones sin licencia de S. M. ó del Virrey en su nombre. Y, por último, en igual fecha se dirigió cédula á Pedro Ortiz Matienzo, oficial residente en Cádiz, para que pudiese dar licencia á los buques que quisiesen allí cargar para ir á las Indias.
Á 4 de Noviembre se despachó Real provisión, en que se manda que el oro de la provincia del Perú se funda en la ley que tuviere, sin mezclarle en las fundiciones otro metal ni mezcla, y que se marquen en la barra ó plancha los quilates que tuviera.