Más importantes que estas medidas son las que se contienen en la respuesta á un memorial del Gobernador de la Española, dada en Granada á 20 de Septiembre del referido año[12]; en ella se autorizaba al Gobernador para que pueda recibir de los indios cosas de comer, que los arrendadores de diezmos puedan entre sí comprar y vender, que el contador no lleve derechos, sino sólo sus salarios, y otras de carácter esencialmente económico y administrativo.
Con el propósito de facilitar el comercio con las Indias, y principalmente para que acudiesen los negociantes á llevar á ellas las mercancías de Castilla, de que se sentía con frecuencia gran necesidad, se dió en 26 de Septiembre del mismo año[13] Real cédula para que de lo que se cargare y descargase para las Indias no se llevaran derechos algunos; en 27 y 28 de Septiembre de este mismo año se dieron por los Reyes las instrucciones sobre lo que se había de ejecutar con Cristóbal Colón en las cosas de Hacienda, y la Real cédula para que el Gobernador de la Española hiciere restituir á Colón y á sus hermanos todo lo que se les hubiere tomado[14].
En este mismo año, y mediante las negociaciones entabladas en Roma, expidió el papa Alejandro VI, en 16 de Noviembre, la bula en que concede á los Reyes de España perpetuamente los diezmos de Indias, en atención á los gastos de la conquista temporal y espiritual y después para la conservación y aumento de la fe, con la obligación de dotar las iglesias que en aquellas regiones se erigiesen. Esta disposición pontificia dió su carácter especial al patronato de los Reyes de España en la Iglesia de las Indias, porque, á diferencia de lo que ocurría en la metrópoli, el culto y sus ministros no se sostenían con el patrimonio y rentas especiales de la Iglesia, sino con las asignaciones que los Reyes en representación del Estado señalaban para estos objetos; precedente que tal vez se tuvo en cuenta al resolverse por medio de los concordatos, después de la desamortización eclesiástica y de la abolición de los diezmos en varias naciones, la dotación del culto y del clero. De todas maneras, la situación relativa de la Iglesia y del Estado en los dominios españoles de América fué desde su origen de tal índole, que la influencia y el poder de la autoridad civil en las materias religiosas eran mayores que en ninguna otra nación católica, aunque la armonía que reinó entre ambas potestades fué tan grande que no ocasionó sino raros conflictos, habiendo sido la Iglesia, principalmente representada por las órdenes monásticas, el instrumento más eficaz para establecer la dominación pacífica de España en aquel vasto continente.
En este mismo año, y para la ejecución de la bula de que acabamos de hablar, se formuló el arancel por donde se habían de pagar los diezmos y primicias en la Española y en las demás islas y tierra firme del mar Océano. De este modo los diezmos y primicias fueron en adelante en las Indias un recurso permanente del Tesoro, ó como entonces se decía, una de las rentas de la Corona. Para aumentarlas dieron los Reyes en Écija, el 2 de Diciembre de 1501, una Real cédula para que los indios pagasen la mitad del oro que sacasen ó tuviesen al día siguiente, pero ya en Granada, se expidió otra Real cédula para que ninguna persona pudiese llevar á vender guanines ni otros metales á las Indias ni á otra partes[15]; disposición cuyo objeto tendía á regularizar la explotación de la riqueza minera en los nuevos estados.
Para evitar que los colonos que se enviaban á la Española y á las demás tierras que se iban descubriendo careciesen de los medios necesarios para su instalación y permanencia en ella, y también para suprimir el comercio fraudulento, se expidió la Real cédula de 12 de Diciembre, dirigida al Gobernador de la Española para que no permitiese que los que iban á las Indias vendiesen lo que llevaban.
El Comendador de Lares no emprendió su viaje hasta ya entrado el año de 1502, y tardó algún tiempo en enviar desde la Española á sus Altezas cartas informándoles de los primeros actos de su gobierno y proponiéndoles lo que estimaba más conveniente para el buen régimen y prosperidad de aquellas regiones; pero, como eran ya muy extensas y considerables las islas y tierra firme que se habían descubierto, principalmente en el viaje de Rodrigo de Bastidas, que había arribado al llamado Golfo de las Perlas y que había enviado muestras de ellas; para regularizar y fomentar el comercio con las nuevas regiones, determinaron los Reyes crear en Sevilla una casa para la contratación de las Indias, y en 10 de Enero de 1503 formaron la primeras ordenanzas para su régimen, que comprendían veinte capítulos. Desde la misma ciudad y en 20 de Enero dieron SS. AA. una extensa instrucción para el establecimiento de esta casa en las Atarazanas, de donde se trasladó después al Alcázar; allí permaneció muchos años, habiéndose conservado hasta nuestros días el edificio que desgraciadamente ha desaparecido, sin considerar que era un monumento de carácter histórico que recordaba las glorias más grandes de España.
Como lo indicaba su nombre, la Casa de la Contratación de Indias fué en su principio, y según sus primeras ordenanzas, un establecimiento esencialmente comercial, y su objeto consistía en reunir en sus vastos almacenes las mercancías de todo género que habían de enviarse á las Indias, y recibir en ellos las que de allí venían, entendiendo los oficiales que estaban á su frente en la compra y venta de ellas y en los medios de transportarlas. Estos oficiales fueron al principio un tesorero, un contador y un factor, no sólo encargados de tan complicadas y extensas operaciones, sino de llevar la cuenta y razón de ellas con exquisitas formalidades que minuciosamente se establecían en estas ordenanzas. El carácter y atribuciones de la Casa de la Contratación de Indias se modificaron profundamente, en especial por el espíritu que predominó, á partir del reinado del emperador Carlos V, en el cual llegaron á alcanzar tan grande influencia los jurisconsultos. Ya «por Cedula de 6 de Julio de 1511 se dió facultad á Hernando de Ibarra, juez de la Audiencia de Grados de Sevilla, para que asistiese en dicha junta, y fué el primer Asesor letrado que tuvo; y el 15 del mismo mes y año se nombró otro. En 16 de Julio de 1546 se concedió título de Fiscal al Licenciado Geronimo Becerra, y parece fué el primero que hubo en ella. En 22 de Julio de 1588 se expidieron los títulos de jueces letrados de la Casa á los referidos asesores»[16].
En este mismo año de 1503, además de las referidas disposiciones, se dictaron otras varias relativas al establecimiento de la Casa de Contratación, y entre ellas la Real cédula dada en Alcalá de Henares el 5 de Junio, mandando á los oficiales de la Contratación de Sevilla que dicha Casa se estableciera en el Alcázar viejo; disponiendo cómo se había de hacer la contratación de la Mar Pequeña (África) y lo relativo á las personas que habían solicitado ir al Golfo de las Perlas. En 30 del mismo mes se mandó por otra Real cédula que todo lo que se trajese de Indias, Canarias ó Berbería, así oro como plata ú otras mercaderías, lo entregasen al Tesorero de la Casa de la Contratación[17], disposición tomada en cumplimiento de las ordenanzas. En la misma fecha y con el mismo objeto se mandó por otra Real cédula que toda persona en cuyo poder estuviesen cualesquiera cosas que se hubieran traído de las Indias, acudiesen con ellas á los oficiales de la Contratación[18]. También en Alcalá de Henares, el 4 de Junio de este mismo año, se expidieron dos Reales cédulas que forman verdaderos reglamentos en que se desarrollan los preceptos contenidos en las ordenanzas: por la una se establece el orden que habían de tener los oficiales de la Casa de la Contratación de Sevilla para entender en los negocios de Indias; y por la otra, repitiendo que había de haber en ella un factor, un tesorero y un escribano, se dispone que las mercaderías que el tesorero reciba, sea ante el factor y el escribano y de la manera que por las ordenanzas estaba mandado, y que los patrones de las naos traigan certificaciones de las cosas que transportaban. Ya en Madrid el 26 de Julio, y también en cumplimiento de lo que disponían las ordenanzas, se expidió Real cédula á los oficiales de la Casa de Contratación para que se labrase todo el oro que viniera de las Indias ú otras partes, con el objeto de destinar la moneda así acuñada al pago de los libramientos que sobre aquellas cajas se expidiesen para los gastos de las cosas de las Indias y aun para otras atenciones.
No dejaremos de llamar la atención á este propósito acerca del aumento que desde esta época empezaron á tener los metales preciosos, y por consecuencia la circulación monetaria; por tanto, aumentó entonces la depreciación de dichos metales, con todas las consecuencias económicas que de esto se originaron. Para concluir las noticias más curiosas sobre el establecimiento de la Casa de Contratación de Indias, diremos que los primeros oficiales de ella fueron el doctor Sancho de Matienzo, canónigo de la santa iglesia de Sevilla; Francisco Pinelo, jurado y fiel ejecutor de dicha ciudad, y Jimeno de Briviesca.