Sabido es que Rodrigo de Bastidas, en compañia del piloto Juan de la Cosa, llegó al nuevo continente y al paraje que llamaron golfo de Uraba: de vuelta de este viaje, solicitaron de la Reina Católica que los autorizase para volver, no sólo á continuar sus descubrimientos, sino á rescatar, ofreciendo á Su Alteza el cuarto de lo que obtuviesen sacando los gastos; pero, como según había manifestado el corregidor de Jerez, Diego Gómez de Cervantes, otras personas habían solicitado idéntico permiso ofreciendo el tercio, la Reina desde Alcalá de Henares envió orden á los oficiales de la Casa de Contratación de Sevilla para que tomasen el asiento que fuese más provechoso, indicando la conveniencia de que acompañasen á los expedicionarios navíos armados á costa de la Reina, y en los de los particulares, escribanos que llevaran la cuenta de lo que se rescataba. Esta disposición confirma que aparte del fin religioso, el principal propósito que se tenía en estos descubrimientos era de carácter esencialmente comercial[22].
El mismo día se dirigió también la Reina á los oficiales de la Casa de la Contratación para que enviasen dos naos en busca de la Capitana y de las carabelas en que se había embarcado Bobadilla, y que, como ya hemos dicho, perecieron miserablemente á poco de surgir de la Española[23].
En 20 de Septiembre del mismo año, desde Medina del Campo, se expidió una Real cédula dirigida al comendador Obando para que permitiese venir á los reinos de Castilla á los indios é indias que voluntariamente quisieran acompañar á los españoles en cuyas casas habían estado, modificando de este modo la prohibición absoluta que antes existía de traer indios á la península[24]. Entre otros animales, los perros que habían llevado los españoles á las Indias solían escaparse, y su descendencia recobraba sus instintos feroces, causando daños en los ganados, y en 27 de Noviembre de este año, desde Segovia, se expidió una Real cédula al Gobernador de la Española para que se pusiese en esto remedio[25]. Llama la atención esta disposición porque trae á la memoria el uso que ya por aquel tiempo solía hacerse de los mismos perros para perseguir á los indios, costumbre que con tan justa indignación condenó el P. Las Casas, y de la que tal vez traiga su origen el verbo aperrear que hoy familiarmente usamos.
La declaración de ser libres los indios dió motivo á las quejas de los castellanos avecindados en la Española, porque decían que aquéllos huían y se apartaban de la conversación y comunicación con los cristianos, por manera que aun queriéndoles pagar sus jornales no querían trabajar y andaban vagabundos, y, por lo tanto, tampoco los podían doctrinar ni atraer á nuestra santa fe católica; en vista de lo cual la Reina mandó, por su carta fecha en Medina del Campo á 20 de Diciembre de 1503[26], que fuesen compelidos y apremiados los dichos indios para que tratasen con los cristianos y trabajasen en sus edificios, en coger y sacar oro y otros metales, y en hacer granjerías y mantenimientos, pagándoles el jornal que fijara el Gobernador, y obligando á los caciques á que presentaran para estos fines determinado número de indios y que acudiera con ellos á las personas que nombrara; y aunque se añade en términos explícitos «lo cual fagan é cumplan como personas libres que son é non como siervos», esto dió origen á los grandes abusos de los famosos repartimientos y encomiendas, los cuales en realidad fueron una nueva forma de servidumbre.
A esta disposición atribuye Las Casas la despoblación de la isla Española, y dedica á su examen los capítulos del XI al XV del libro II de su Historia de las Indias; y si bien por el carácter apasionado y violento de este escritor no se le deba dar entero crédito, es imposible desconocer que los repartimientos de Indias dieron lugar á grandes crueldades, y hubiera bastado sólo el cambio de costumbres que con ellos se introdujo para explicar que la población se redujese en enormes proporciones, aunque no parezca verosímil que en los ocho años de gobierno del Comendador se redujese á la décima parte, como dice Las Casas. Con razón atribuye éste que no se pusiese remedio á aquel mal, en primer lugar, á la muerte de la Reina Católica, pues siempre dió esta soberana constantes pruebas del vivo interés que le inspiraban sus nuevos súbditos, y fué constante en ella el pensamiento y la voluntad de que los indios fueran verdaderamente libres.
Todavía en vida de la Reina, y en su nombre, aunque en unión con su marido, se expidió desde Medina del Campo en 8 de Enero de 1504[27] una orden á los oficiales de la Casa de Contratación de Sevilla, para que todo el despacho sobre las cosas de Indias lo enviasen al secretario Gaspar Gricio, que ya solía entender en estos asuntos y á quien dicen los Reyes que se los tenían especialmente encomendados: esta disposición es importante, porque tendía á unificar y á facilitar la resolución de negocios, que empezaban ya á ser de tan grande importancia.
Con la misma fecha y desde el mismo punto dirigieron los Reyes una Real cédula á los oficiales de la Casa de Contratación de Sevilla, autorizándoles para que diesen licencia á los que quisiesen ir á descubrir á las Indias, con las condiciones y partido que bien visto les fuere, á fin de evitar las dilaciones y gastos que ocasionaría obtener el permiso directamente de los Reyes. En 5 de Febrero del año siguiente dirigieron SS. AA. al Gobernador de la Española una Real cédula, dada á petición de los vecinos de ella, rebajando á la quinta parte la tercera que antes se daba á los Reyes del producto de la guerra que por mandado del Gobernador hacían á los Indios á su costa[28]. Las graves consecuencias de esta concesión aparecen desde luego, aunque la necesidad la explique, porque es claro que no habían de procurar la paz los que encontraban en la guerra el incentivo de la ganancia.
Con la misma fecha se rebajó en igual proporción por término de diez años lo que se pagaba á los Reyes del oro, plata y demás cosas que se sacaban de la Española.
Por esta época aumentó considerablemente la cantidad de oro que se sacaba de las Indias, que llegó á ser, según Las Casas, de 450 á 460.000 pesos castellanos[29]. Todo este oro, según ya hemos dicho, por virtud de disposición de los Reyes de que se ha dado noticia, se acuñaba en la Casa de Moneda de Sevilla, por lo cual no se podía labrar en ella el metal que presentaban los particulares: de esto se quejó el tesorero de dicha casa, Luis de Medina, á quien perjudicaba por dejar de cobrar el derecho de braceaje, y en su virtud el Rey y la Reina mandaron que sólo se labrase en Sevilla la tercera parte del oro que viniese de las Indias, y el resto en Toledo y Granada: esta disposición fué adoptada en Medina del Campo en 13 de Febrero de 1504[30]. En 15 del mismo mes y año, y también por cédula expedida por los Reyes en Medina del Campo, se amplió por término de diez años la licencia dada á los vecinos de la Española para poder llevar á ella, libre de derechos, toda clase de mercancías exceptuando sólo esclavos, caballos, guanines, y oro y plata labrada y amonedada[31].