Como se ve, fueron en un principio y durante mucho tiempo objeto especial de la atención de los Reyes y de los particulares que iban á Indias las minas de metales preciosos: á las disposiciones que sobre esta materia se habían ya dado, añadió el Rey Católico una muy importante, que consistió en la cédula expedida en Burgos el 30 de Marzo de 1508 nombrando el famoso Lope Conchillos, que después de Gricio tuvo á su cargo por mucho tiempo los asuntos de Indias, por toda su vida escribano mayor de todas las minas que en las islas y tierra firme del mar Océano estaban descubiertas ó se descubrieren, y mandando que ninguna ni algunas personas puedan en ellas cavar sin tener cédulas firmadas por él ó por sus lugartenientes, llevando por ellas los derechos del Arancel formado por Obando, encargándole que por medio de sus tenientes tomase razón de todo el oro que se cogiese en dichas minas, y aplicando al fisco todo el que no se sometiese á esta contabilidad, por cuyo trabajo le señaló, además de sus derechos, cincuenta mil maravedís al año. Por esta disposición se afirmó de nuevo la propiedad de las minas en favor de la Corona de Castilla, aunque más tarde hubieron de modificarse estos preceptos para facilitar la explotación de las grandes riquezas que se descubrieron en el Perú y en Méjico[36].
También se ocupa muy especialmente de esta materia de minas la Real cédula dirigida á Obando desde Burgos en 30 de Abril de 1508[37]: habían venido como procuradores de la Española y para gestionar los negocios comunes de ella el bachiller Antón Serrano y Diego de Nicuesa, y esta cédula tiene por objeto proveer á las peticiones de dichos procuradores: empieza, como siempre, ocupándose de las cosas relativas á la religión y dice que ha mandado á los oficiales de la Contratación de Sevilla que envíen oficiales canteros para construir las iglesias, y que el tesorero de la Española pague sus salarios á los ministros de ellas; dice asimismo que ha enviado á Roma por las bulas para los Obispos que le trajeron ya otra vez y no como era necesario, aludiendo á la primera bula de creación de las iglesias de la Española de que ya hemos dado noticia. Habían pedido los procuradores que se concediese á los hospitales los derechos llamados de la escobilla y relaves de las fundiciones; pero no se los otorgó por tenerlos concedidos á la mujer é hijos de Gaspar Gricio, ya difunto, en premio de los servicios que le había prestado como secretario que había tenido á su cargo los negocios de Indias; en cambio concede á dichos hospitales doscientos pesos, y dice que encarga á sus embajadores en Roma que otorgue el Papa á dichos hospitales tales y tantas indulgencias como tiene el de Cartagena, que le producen abundantes limosnas. Accede el Rey á que los vecinos de la Española tengan barcos para contratar con los diferentes pueblos de la isla, pero aplaza el permiso para que puedan hacer el comercio marítimo con los de otras regiones hasta recibir informes del Gobernador sobre la materia. No concedió el Rey la petición de los procuradores de que los naturales de Castilla y Aragón pudieran cargar mercancías en cualquier puerto de la Península para las Indias, y sólo permitió que se pudiesen registrar aquéllas en Sevilla ó en Cádiz, régimen que, á pesar de sus inconvenientes, duró mucho tiempo, sin duda para que fuese eficaz la vigilancia que era menester para el mantenimiento del sistema de comercio que desde un principio se estableció entre las Indias y la Metrópoli; en cambio concedió que se pudiesen llevar á Sevilla, sin pago de derechos, mercaderías de cualquiera otra parte. Tambien autorizó que se pudiesen llevar á la Española indios de otras naciones, pero mandando expresamente que no usaran de ellos como siervos, sino que les ocupasen en sus labores, les pagasen sus soldadas y les diesen las cosas necesarias, como lo hacían á los otros indios libres de la isla, y también que pudieran recobrar, de donde quiera que se hallasen, los indios que se habían hecho esclavos en las pasadas guerras. Ambas disposiciones fueron origen de grandes abusos y contribuyeron poderosamente á la extinción de los naturales de todas aquellas islas. Negóse el Rey á conceder las salinas que le habían pedido los procuradores como bienes propios de los pueblos para sus obras públicas, por lo que esto perjudicaba á las rentas de la Corona; tampoco accedió al nombramiento de jueces de apelación y suplicación, aunque no mucho después se establecieron, como se verá luego. Otorgó que se llevasen vacas, ovejas y cabras, que tanto se propagaron en aquellas, y tejas y ladrillos para la construcción de casas. No quiso renunciar el Rey á la facultad de dar indios de repartimiento á los que no fuesen vecinos de la isla como los procuradores pedían, aunque ofreció usar de esta facultad con justo respeto al bien de la isla; pero les concedió insistir en la prohibición de que pasasen á ella descendientes de judíos, moros, quemados y reconciliados. También concedió que los vecinos de la isla pudiesen montear los puercos que se habían propagado por los bosques de la isla, aunque pudiendo guardar algún pedazo de terreno para pasatiempo del Gobernador. Opúsose á la pretensión de los procuradores de que no se diesen indios á los prelados y clérigos, porque no habían de ser de menos calidad que los otros vecinos, sino de más. Prometió señalar las armas y divisas de la isla y de las villas de ella, como en efecto lo hizo á poco; pero no accedió á que se hiciese mención de ellas en el ditado de los Reinos, aunque más adelante se hizo en el referido ditado de las islas y tierra firme del mar Océano.
Según lo manifestado por los procuradores, el peso castellano valía en la Española 450 maravedís, dato importante para fijar el valor que tuvieron los metales preciosos en el Nuevo Mundo; el Rey se negó á que se subiera aquel precio, porque podría cesar el comercio, que se movía por la ganancia del oro; tampoco concedió el Rey que se perpetuase la merced de coger el oro pagando solo el quinto de él, pero mandó que, como le pedían, se arrendasen los diezmos y primicias; también mandó, á petición de los mismos procuradores, que se apremiase á los oficiales de manos para que usaran y ejercieran sus oficios, privándoles de los indios si no lo hiciesen; dió permiso para que construyesen muelles en los puertos de la isla, pero no consintió que se llevase á ella el brasil de otras partes, é insistió en que no se pudiese llevar, como querían los procuradores, á la isla, ni que se estableciesen en ellas fábrica para labrar oro y hacer joyas. Concedió á los procuradores que los alcaldes y regidores de cada pueblo eligiesen varias personas para que entre ellas designase el Gobernador los que habían de ejercer los alguacilazgos y escribanías, para que los pobladores tuvieran libertades y gozasen de ellas, según expresión del Rey. Respecto de las minas, que es la última materia de que se trata en esta Real cédula, libró el Rey una provisión especial, según la cual se concedía á los que las descubriesen, por tiempo de un año, la explotación de los mineros, con tal de que lo manifestasen, y si no lo hacían perderían su derecho, que se concedía á cualquier otro que hiciese dicha manifestación. Aquí puede verse el germen de los registros y denuncios de minas que existían en la legislación vigente antes de 1868. La cédula de que se trata dirigida á Obando se comunicó á los procuradores de la isla Española, y aunque está publicada, según hemos dicho, no lo está la provisión en la cual se conceden además por el Rey, para los gastos causados por la construcción y entretenimiento de los caminos, diez maravedís por cada peso del quinto del oro correspondiente al Rey, computando el valor de cada peso en 400 maravedís[38].
Con fecha 8 de Junio de este mismo año, en Burgos, se dió á Miguel de Pasamonte, tesorero general de las islas y tierra firme, una amplia instrucción[39] relativa al ejercicio de su cargo, que, como se verá, no se limitaba á la administración de la Hacienda que entonces se llamaba Real, en la isla Española, sino que se extendía su jurisdicción á las tierras nuevamente descubiertas ó que en adelante se descubrieran, por lo cual fué muy importante el cargo conferido á Pasamonte, persona muy allegada al Rey y de quien éste se valió para que velase con eficacia por sus intereses.
Si son frecuentes aún en estos tiempos los conflictos de jurisdicción entre las autoridades que tienen á su cargo los diferentes ramos de la Administración pública, lo eran mucho más en lo antiguo, en que no estaban bien deslindadas las facultades de cada una; los Reyes Católicos procuraron crear una jurisdicción especial para todo lo correspondiente á Indias, con el propósito de proceder en tan importantes asuntos con la mayor rapidez y eficacia; á este fin establecieron la Casa de la Contratación de Sevilla con amplísimas facultades, como resulta de las ordenanzas y demás disposiciones de que hemos dado noticia, pero algunos jueces y otras personas se entrometían en cosas de dichas Indias, y para evitarlo, á nombre de la reina D.ª Juana expidió en Arcos de Burgos, á 13 de Julio de este mismo año de 1508, una cédula cometida al Asistente y demás autoridades de Sevilla, para que se dejase expedita la jurisdicción de los oficiales de la Casa de la Contratación de Sevilla, so pena de 10.000 maravedís para la Cámara á los que desobedeciesen este mandato, emplazándolos además para que compareciesen en la Corte en término de quince días[40].
En la misma fecha y desde la misma ciudad contestó el Rey á carta del comendador Obando, fecha en la Española á 17 de Mayo, en la cual aprueba generalmente lo hecho por el Gobernador, pero se queja de que sólo le ha enviado por los últimos bajeles 16.000 castellanos de oro, debiendo por su cuenta haber allí mucha mayor suma, y siéndole muy necesario para las atenciones del Estado; y después de otros particulares, le dice que ha dispuesto, para evitar las arribadas de los buques á puertos extranjeros, que no haga el viaje á Indias ningún piloto sin ser examinado por el Mayor, que residía en la Casa de Contratación de Sevilla, y para cuyo cargo fué nombrado el primero el famoso Amerigo Vespucci, en 8 de Agosto de este mismo año, como se verá luego, y que se establecería un visitador de las naves para que llevasen el aparejo necesario, así como que en cada flota vaya un capitán, hombre fiable, criado de la Casa Real, á quien todos obedezcan y, por último, declara que el Almirante no tiene derecho alguno, ni en las penas de Cámara, ni en los diezmos, pues aquéllas son preeminencia de la superioridad, y éstos pertenecían al Papa, que los dió al Rey, quien los cedió á las iglesias[41].
Los que hacían el comercio con las Indias y los procuradores que de ellas vinieron se quejaron al Rey de los malos tratamientos que en la ciudad de Sevilla se hacían en las cosas que para el proveimiento de las dichas Indias allí se cargaban, por lo cual se pensó sin duda en trasladar á otra parte la Casa de la Contratación; pero la ciudad, por medio de sus autoridades, pidió al Rey que no se llevase á cabo esta resolución, y éste escribió tres cartas: una dirigida al Asistente, Alcaldes y Alguacil mayor; otra á los oficiales de la Casa de la Contratación, y otra personal á D. Iñigo de Velasco, que era á la sazón Asistente, diciéndoles que había mandado sobreseer en este asunto por lo mucho que deseaba el engrandecimiento de Sevilla, encargándoles que platicaran entre sí y le propusieran lo conveniente para remediar aquellos daños y evitar las quejas que producían. Los inconvenientes de que aquí se habla desaparecieron pronto y se cumplieron ampliamente los deseos del Rey Católico, alcanzando la ciudad de Sevilla por el comercio con las Indias el mayor grado de prosperidad y grandeza.
Como ya hemos dicho, el Rey Católico reclamó del Pontífice el patronato de las iglesias de las Indias de que no hizo mención el Papa Julio II en la primera bula de erección de las iglesias de la isla Española, y como resultado de las negociaciones seguidas, el mismo Papa expidió otra bula dada en Roma en 28 de Julio de este mismo año de 1508, concediendo á los Reyes de España el patronato universal de las iglesias de las Indias y los derechos de nominación y presentación para todos los obispados y beneficios de ellas[42], de suerte que este patronato, que pertenece á la Corona de Castilla, por los legítimos títulos establecidos en el derecho canónico de que hemos hecho mención, fué reconocido y confirmado nuevamente por esta disposición pontificia, lo que dió caracteres especiales y notabilísimos al régimen de las iglesias de los nuevos Estados, en las que otros reyes han ejercido autoridad más extensa que en ninguna otra nación en que han vivido en armonía y concordia la potestad civil y la eclesiástica.