El Licenciado Villalobos, á la sazón fiscal, opuso en esta instancia á las argucias de la parte del Almirante, otras que le apartaban de la senda del derecho en que debió mantenerse. Quiso probar que las Indias no se descubrieron por industria de Cristóbal Colón, extranjero que carecía de opinión y de recursos, sino por la de otros marineros, principalmente Martín Alonso Pinzón, que facilitó el armamento de las carabelas y siguió la navegación cuando D. Cristóbal iba sin tino y se quería volver. Que los Reyes Católicos otorgaron á éste privilegios y mercedes, creyéndole descubridor porque así lo dijo él, aplicándose la gloria sin temor de contradicción, por haber fallecido su compañero, pero que á Pinzón correspondía la mitad de las honras y provechos, pues así lo habían convenido antes de emprender el viaje.
Los jueces no encontraron probadas las razones del fiscal, que incurrió, por tanto, en censura pública, tocando puntos impertinentes; pero las declaraciones, un tanto amañadas de algunos de los testigos de que se valió, confrontadas con las de los otros, son de utilidad á la Historia, revelando pormenores de los preparativos de la expedición, de las personas que en ella intervinieron, de los viajes de ida y vuelta, pormenores que, sin el proceso, no se conocieran.
Los jueces, dicho está, no tomaron en consideración tales probanzas, volviendo á dictar sentencia, que fué la cuarta, en Madrid, á 18 de Agosto de 1535, con reconocimiento en los sucesores de D. Cristóbal Colón del derecho á los oficios de Virrey y Gobernador, perpetuamente, en la isla Española y adyacentes, en las provincias de Paria y de Veragua, en Tierra Firme, con más la décima de las rentas reales.
De injusta y agraviada la calificaron los defensores de D. Luis Colón, tercer Almirante, persistentes en pedir la extensión del virreinato á todo el continente indiano en su repetida apelación; y como se advirtiera en el Consejo el propósito de no cejar en el empeño, hubo de pensarse en transacción que lo aquietara, ofreciendo á la parte del Almirante, por renuncia y traspaso á la Corona de todos los privilegios acordados á la casa de Colón, el territorio comprendido entre el Cabo Gracias á Dios y Puerto Bello, y los islotes adyacentes, con título de Duque.
Convinieron al fin los interesados en someter el asunto á juicio arbitral de dos personas, que fueron el Cardenal de Santa Susana, D. Fr. García de Loaysa, Obispo de Sigüenza, Presidente de Indias y Comisario general de la Santa Cruzada, y el Dr. Gaspar de Montoya, del Consejo de Castilla, los cuales firmaron compromiso, conservando á D. Luis Colón y sucesores el título de Almirante de las Indias, diez mil ducados de renta en ellas, la isla de Jamaica, con título de Duque ó Marqués, veinticinco leguas cuadradas en Veragua, con jurisdicción civil y criminal, y otras preeminencias y rentas para las hijas de D. Diego Colón.
Don Luis se había obligado previamente á apartarse de toda pretensión una vez dada la sentencia, que lo fué en Valladolid en 28 de Junio de 1536; se hizo, sin embargo, doliente, consiguiendo que se mejoraran las condiciones en su favor, por provisión del Consejo, confirmada por el Emperador en cédula de 8 de Septiembre. D.ª María de Toledo, alma del negocio, pudo cerrarlo obteniendo otra cédula el 6 de Noviembre para que le abonaran las cajas de Puerto Rico cuatro mil ducados de oro «por lo que había gastado y trabajado en la prosecución del pleito seguido en nombre de su hijo».
Á poco tiempo se suscitaron dudas y pleito nuevo por la cuantía de lo que D. Luis Colón había de llevar y le correspondía por el oficio de Almirante de las Indias, volviendo á la pretensión de considerar incluídas en la palabra las tierras descubiertas y por descubrir. El mismo Cardenal Loaysa y el Comendador mayor de León, D. Francisco de los Cobos, como árbitros, dirimieron la cuestión en segundo compromiso, suscrito en Madrid el 5 de Febrero de 1540, que aceptaron las partes, y tuvo ejecución.
Había heredado D. Luis, sin duda alguna, las aficiones litigiosas de su padre. En 1554 planteó segundo pleito por quebranto de la moneda en que se pagaban las rentas en la isla Española. Pretendía se le satisfacieran en oro quilatado, y se contentó con tres mil ducados de indemnización, haciendo escritura formal, por la que se declaraba satisfecho.
El año siguiente entabló el tercer pleito por el ducado de Veragua, alegando habérsele puesto dificultades para la población. Decíase engañado y perjudicado en la cesión de los derechos que hizo á S. M., redactando repetidas peticiones de compensación, sin fijeza ni fundamento. Ya protestaba de concluir las causas si S. M. le perdonaba la pena á que había sido sentenciado en el tribunal de Alcaldes de Corte, por delito de poligamia; ya iniciaba otras demandas por suplemento de rentas, cuyo capital iba vendiendo al Erario ó á particulares, importunando mucho, pero alcanzando siempre mercedes y adiciones, entre ellas la de concierto nuevo en 17 de Diciembre de 1563, pudiendo decirse que duraron los pleitos tanto como su vida. Los pleitos con el Estado, se entiende, los que después del fallecimiento en Orán del tercer Almirante, promovieron aquellos que se creían con derecho á la sucesión del título y rentas, dieron que hacer á los tribunales por siglos.
Es ajena á la publicación de la Real Academia de la Historia la segunda parte; con todo, no parecerá ocioso apuntar someramente que, extinguida con D. Luis Colón la línea directa masculina, alegaron derecho al mayorazgo: