Repitiendo lo mandado para otras regiones de América una Real cédula del 6 de Septiembre de dicho año de 1521, dada en Burgos, y dirigida al Gobernador de la isla Fernandina, prohibe que haya en ella letrados y procuradores.
Con la misma fecha se dirigió á Pedrarias Dávila una Real cédula, dándole noticia, así como á las demás Autoridades residentes en las Indias, de haberse apaciguado las Comunidades levantadas en Castilla, siendo de notar las siguientes expresiones que en dicho documento se contienen: «y ansy es que en veynte e tres de abril deste año dia del señor Sant Jorge se dió la batalla de nuestro egercito al delos traydores y tiranos que enestos dichos Reynos se havian alçado contra el servicio de la católica Reyna mi señora e mio, engañando y persuadiendo para ello las dichas cibdades e villas, y plugo á nuestro señor que los que yvan en nuestro servicio vencieron la batalla y prendieron los principales y se hizo justicia dellos, y han sydo castigados, y cada dia se haze justicia de los que en ello se hallan principales culpados porque engañaron á las comunidades y á los pueblos donde bivyan.»
Este juicio, que podemos llamar oficial tan breve y sintético de las Comunidades, no se aparta mucho de la justicia; pues cada día demuestran los documentos que se van publicando cuál fué el verdadero carácter de aquellos sucesos, que si bien tuvieron por origen la justa indignación de los castellanos contra los Gobernadores flamencos; tomaron bien pronto un carácter anárquico, que de haber triunfado, hubiera producido, no sólo grandes trastornos, sino la total ruina, y quizá la pérdida del reino, favoreciendo la invasión francesa, que también se contuvo por aquellos días, de cuyo suceso se da parte á las Autoridades que representaban á España en las Indias, en la Real cédula de que vamos dando noticia, en los siguientes términos:
«Asy mismo, el postrimero dia del mes de Junio siguiente, nuestras gentes y egercito cerca de la cibdad de panplona dieron batalla al egercito del Rey de francia, el cual avia entrado poderosamente y vsurpado el nuestro Reyno de navarra, y tanbien fue vencido y desbaratado en batalla y su capitan general preso y otros capitanes y cavalleros, muy principales muertos y presos, y todos los demás que no pudieron huyr muertos, donde les fueron tomados diez tiros de artyllería gruesos muy buenos y otros seis tiros de campo, otras muchas cosas de despojo, por lo qual, en Reconocimiento de tanta missiricordia como nuestro señor con nos ha vsado, le hemos dado y damos ynfinitas gracias porello.»
Esta Real cédula está suscrita por el Cardenal de Tortosa, que lo era el maestro del Emperador, Adriano, que ocupó después por algún tiempo la silla de San Pedro, y que quedó encargado del gobierno de los Estados de Castilla durante la ausencia de D. Carlos, que había ido á Alemania á coronarse Emperador, después de haber sido elegido para tan alta dignidad.
No por esta ausencia quedaron abandonados los asuntos de Indias, mas es de notar que no se encuentran en nuestros archivos disposiciones relativas á ellas hasta el 14 de Julio del siguiente año de 1522, de cuya fecha son las Ordenanzas dadas en Vitoria sobre la carga y armazón de los navíos que van á las Indias, y que fueron dirigidas para su observancia y cumplimiento á los Oficiales de la Casa de Contratación de las Indias.
Por la primera de sus disposiciones se ordenó que los navíos que navegan á las Indias, vayan bien proveídos y á buen recaudo para defenderse y hacer el viaje, disponiendo que ninguno de ellos sea menor de 80 toneles.
Por la segunda, que los que sean de porte de 100 toneles, sean obligados á llevar 15 marineros, y que uno de ellos sea lombardero, y ocho grumetes y tres pajes; y que los dichos marineros lleven corazas ó petos y armaduras.
Por la tercera, que dichos navíos estén obligados á llevar cuatro tiros gruesos de hierro con sus servidores doblados y 16 pasavolantes, ocho por banda, y ocho espingardas con su correspondiente dotación de municiones.
Por la disposición cuarta se ordena que las naves, después de registradas en la Casa de Contratación, no aumenten su carga al salir del río Guadalquivir en la barra de Sanlúcar.