Apeló de esta sentencia ante Juan XXIII, y provisto de un salvoconducto del emperador Segismundo, emprendió la marcha hacia Constanza, seguido de numerosos discípulos, con la pretensión de hablar públicamente en el concilio. No obstante las preocupaciones que le acarreaban la lucha con sus enemigos y el afán de sostener su autoridad, recibió Juan XXIII benévolamente al doctor bohemio, suspendiendo las censuras que pesaban sobre él, bajo la condición de que se abstuviese de predicaciones.
No era el momento oportuno para que un orador como Huss, acostumbrado á perorar todos los días en la cátedra ó al aire libre ante enormes muchedumbres, se mantuviese silencioso. Además, un hombre sincero que se imagina poseer la verdad, prefiere la muerte al mutismo.
Siguió Juan Huss predicando como antes en las plazas de Constanza, y las autoridades eclesiásticas lo aprehendieron, manteniéndolo en un calabozo á las órdenes del concilio. En su sesión quinta confió éste á una comisión de dos cardenales y varios doctores el examen de las doctrinas de Husss, siendo presidente de ella el célebre Pedro de Ailly, ahora cardenal de Cambray.
Cinco semanas se prolongó el duelo entre un hombre completamente solo y los ricos dignatarios de la Iglesia, empeñados en hacerle abjurar cuarenta y dos proposiciones extraídas de los libros de Wiclef que figuraban como suyas. El heroico predicador contestó siempre que estaba dispuesto á tal abjuración, con entera humildad, si le demostraban antes que sus doctrinas eran erróneas. Ailly y algunos otros jueces miraban con simpatía y lástima al obstinado Huss.
—Juan—decía Ailly—, entregaos simplemente y sin reserva alguna al concilio, que os tratará con humanidad é indulgencia.
Le dieron á entender que podía formular una abjuración, aunque fuese simulada; pero Huss repelió tal propuesta, diciendo: «La mentira amargaría mis últimos instantes.»
—El concilio—continuó Borja—, por lo mismo que se había constituído de un modo revolucionario, colocándose sobre el Pontífice que lo convocó y arrogándose una autoridad universal sobre la Iglesia, se mostraba severo é inquieto con los innovadores. Sentía el ansia dominadora de los gobiernos provisionales surgidos de una revolución, que temen en seguida á los exaltados y necesitan castigarlos, para consolidar de tal modo su prestigio ante los elementos conservadores.
Ailly y los demás jueces, después de tan largas controversias, se apartaron tristemente del acusado, presintiendo cuál iba á ser su fin. Como Segismundo le había concedido un salvoconducto, resultaba vergonzoso para él que este hombre venido á Constanza bajo su protección fuese ejecutado. Para evitarse tal vileza, hizo que varios señores checos visitasen á Maestro Juan en su prisión, pidiéndole que abjurase. Uno de ellos, para convencerle, dijo que no debía creerse él solo más sabio que todo el concilio; á lo que repuso el predicador: «Si el último de sus miembros me opone textos mejores que los míos, me retractaré inmediatamente.»
Al celebrarse, el 6 de Julio, la XV sesión del concilio, Juan Huss fué conducido entre soldados á la catedral de Constanza. Segismundo, que había suscrito un documento garantizando la seguridad de su persona, ocupaba un trono, rodeado de los dignatarios de su corte. La muchedumbre llenó el resto del templo. En mitad de éste había una tarima y sobre ella una mesa con los ornamentos sacerdotales preparados para la ceremonia de la degradación.
Hubo misa solemne, letanías cantadas, y un obispo predicó sobre la necesidad de aplastar la herejía en su germen, alabando al emperador Segismundo, destinado por Dios para extirpar á un mismo tiempo el cisma y la herejía. Y terminó su sermón diciendo que suprimir á un herético era obra de piedad.