La corte de Francia declaró entonces culpables de alta traición á Luna y á todos los que propalasen sus excomuniones, y la asamblea del clero francés saludó con aplausos la separación de la obediencia de Benedicto. Su Bula excomulgatoria la acribillaron á puñaladas. Muchos de sus partidarios en Francia fueron encarcelados ó asesinados. Algunos canónigos de Nuestra Señora de París afectos al viejo Pontífice tuvieron que huir. El ilustre Pedro de Ailly se vió acusado por su amistad con Benedicto, y á duras penas pudo salvarse de la cárcel.
Alemania, Hungría y Bohemia, por influencia del rey de Francia, volvieron á la neutralidad. Los cardenales de Benedicto lo abandonaron, como los del otro Sacro Colegio habían abandonado al Papa de Roma, acordando convocar ambos grupos un concilio.
Todo se conjuraba contra Luna. En unas semanas había cambiado su situación. Hasta le fué imposible continuar en Génova, pues el mariscal Boucicaut, gran amigo suyo hasta entonces, recibió órdenes de París para apoderarse de él y guardarlo en una prisión. Afortunadamente el Papa del mar contaba con las seis galeras de su pequeña flota, y éstas levaron anclas una madrugada, llevándose á Benedicto XIII con su corte, que sólo se componía ya de cuatro cardenales: uno italiano, otro español y dos franceses.
El viaje de retorno fué cruel. La hostilidad de Italia y de Francia salió á su encuentro al tocar en los puertos. No pudo desembarcar en Porto Fino, porque la población intentó atacarle. En Noli tuvo que alojarse fuera de la ciudad, en un convento de frailes menores, mientras sus marineros ponían á secar sus ropas, mojadas por la tormenta. Descansó con más reposo en Villefranche, por hallarse en tierras del conde de Saboya. De las islas de Lerin y del puerto de San Rafael se vió repelido; tampoco pudo refugiarse en su amada abadía de San Víctor, por considerar Marsella lugar poco seguro. El temporal venía siguiendo sus naves y al fin tuvo que buscar como un náufrago las costas del Rosellón, desembarcando en Port Vendres, cerca de Perpiñán. Aquí estaba en tierra fiel, por pertenecer Perpiñán al rey de Aragón.
Así acabó su viaje hacia la Ciudad Eterna, que había empezado de un modo triunfal. Ya no podía infundir miedo al Papa de Roma, que meses antes temía verle entrar repentinamente en su palacio. Ahora los dos se encontraban en la misma situación. Los cardenales de uno y otro bando iban á reunirse en Pisa para deponerlos, creyendo conseguir de tal modo la unidad definitiva de la Iglesia.
—Benedicto protestó de la convocatoria en Pisa de este concilio, completamente ilegal desde el punto de vista canónico. La Iglesia se hallaba constituída monárquicamente, el Papa era un rey, y sin su iniciativa resultaba imposible la convocatoria de concilios. Los cardenales obraban de un modo revolucionario contra las tradiciones eclesiásticas. Su reunión iba á ser semejante á una asamblea constituyente de los tiempos actuales después de un destronamiento. Además, la lógica de Benedicto resultaba incontestable. De los dos Pontífices, uno forzosamente debía ser el legítimo; ¿con qué derecho deponían á ambos, atropellando al que fuese verdadero representante de Dios?...
Luna, que había batallado con tres Papas, emprendió su combate animosamente contra la reunión de Pisa, á la que llamaba «conciliábulo», y como si aún tuviese bajo su mando las siete naciones de la obediencia de Aviñón, ordenó que se reuniese en Perpiñán un verdadero concilio para hacer frente al de los revoltosos.
A este concilio asistieron más de trescientos personajes eclesiásticos, arzobispos, obispos, abades, jefes de órdenes militares y religiosas; pero le faltaba la universalidad. Su gran mayoría se compuso de castellanos, aragoneses y navarros. La Francia sólo estaba representada por los Estados de Foix y de Armagnac. Hubo algunos loreneses, provenzales, saboyanos y los representantes de cuatro universidades.
Benedicto, que ya era octogenario, habló varias horas seguidas, asombrando á sus oyentes. Su elocuencia y su energía parecían crecer según iban en aumento sus años y las dificultades.
Después de Luna, el hombre más notable del concilio fué Maestro Vicente, predicador internacional, admirado por las multitudes, oído con respeto en las asambleas religiosas y políticas.