Siempre pronto el vecindario de Aviñón á unirse con el más fuerte, obedeció al rey de Francia, aclamando al Papa de Pisa Alejandro V, y pasados algunos meses á su heredero Juan XXIII. En vano trajeron los sitiadores la gran bombarda de Aix, que era célebre por sus dimensiones, y otras bombardas de las ciudades de Provenza y del mismo condado Venaissino. El fuerte palacio de los Papas se mostró inexpugnable, como en el primer sitio sostenido por Benedicto. Es más: su intrépida guarnición hacía salidas nocturnas, sorprendiendo en su lecho á importantes personajes enemigos, hasta en el interior de la ciudad de Villeneuve, situada en tierra francesa, llevándoselos prisioneros.
Benedicto, desde Barcelona, estaba en relación con los defensores de su palacio valiéndose de mensajeros secretos. Algunos de ellos, clérigos ó legistas del reino de Aragón, fueron sorprendidos por los sitiadores y decapitados.
Juan XXIII proclamó una cruzada contra los defensores del palacio de Aviñón, prometiendo indulgencias á todos los que tomasen las armas ó diesen dinero para la conquista de dicha fortaleza.
Descorazonados después de tantos meses sin recibir socorro, diezmados por el hambre y las enfermedades, los españoles hablaron de rendirse. El populacho de Aviñón quería sacrificarlos á todos «como animales en el matadero»; pero los capitanes franceses directores del asedio, reconociendo que éste podía resultar interminable, negociaron una capitulación condicional. Rodrigo de Luna se comprometió á abandonar la fortaleza si en el término de cincuenta días no recibía auxilio. Mientras tanto, los sitiadores debían entregarle diariamente cinco corderos, ocho barriles de vino viejo de una arroba cada uno, y además pescado y huevos en días que fuesen de vigilia. Transcurrió el plazo, sin que el último Papa de Aviñón pudiese socorrer á sus parciales, y el Rector del condado salió del palacio con todos los honores de guerra, al frente de su tenaz guarnición española.
Con esto finalizó la verdadera historia del palacio de los Papas de Aviñón. Tal era el odio y el miedo que los llamados «catalanes» inspiraron á los aviñoneses en sus dos defensas, que atribuyeron á Rodrigo de Luna un incendio ocurrido en dicho edificio dos años después de haberlo abandonado, cuando no quedaba en toda la ciudad un solo partidario de Benedicto XIII.
Otro infortunio aún mayor cayó sobre el anciano Pontífice, que había establecido su corte en Barcelona. La peste causaba grandes estragos en la mencionada ciudad, pero él no quiso huir ante su amenaza, como lo había hecho en Marsella y Génova. Hubiérase dicho que la desafiaba, cansado de luchar y de vivir.
La epidemia respetó á este viejo pequeño y enjuto, que parecía sostenerse por un esfuerzo de su poderosa voluntad, mientras se iba ensañando en los personajes de su corte y acababa por matar á su más poderoso sostén, el rey don Martín.
Cabizbajo y lloroso lo acompañó el Papa hasta la tumba. Don Martín moría sin sucesión. Su hijo único había perecido poco antes en Sicilia. Seis pretendientes hacían valer sus derechos á la corona, pero de ellos sólo dos representaban fuerzas importantes: el conde de Urgel, catalán, y el infante de Castilla don Fernando, llamado de Antequera por haber vencido en dicha ciudad á un ejército del rey moro de Granada.
Defendían los catalanes la candidatura del conde de Urgel, hombre de buen corazón pero de carácter violento, influenciado por las ambiciones de su madre. Los aragoneses y una parte del pueblo valenciano simpatizaban con don Fernando de Antequera, político sagaz y heroico guerrero, que en aquel momento era regente del reino de Castilla y no había querido ceder á las sugestiones de muchos que le aconsejaban usurpase el trono de su pequeño sobrino.
Los tres antiguos reinos que formaban la corona de Aragón parecían dispuestos á una guerra civil. Se peleaban al encontrarse los partidarios de uno y otro candidato. El arzobispo de Zaragoza era asesinado en un camino.