Al navegar de Manila á Acapulco, resultaba tan enorme el cargamento de la «Nao», que gran parte de sus cañones quedaban desmontados y guardados en la bodega para dejar más amplio espacio en los entrepuentes. Su tripulación de soldados y artilleros era menos numerosa en esta travesía. Además, los piratas no podían sentirse tentados por el abordaje de un navío que sólo llevaba riquezas comerciales, fáciles de robar en cualquier puerto asiático, y muy voluminosas.
El famoso galeón excitaba la codicia de los ladrones del mar en su viaje de vuelta, de Acapulco á Manila. En esta travesía apenas llevaba cargamento; pero todos los cañones iban montados, la tripulación estaba completa, y además el gobierno aprovechaba el viaje para enviar soldados á la guarnición de Manila. La «Nao de Acapulco» llevaba entonces 600 combatientes y á veces más. Sus pasajeros eran contados mercaderes en relación con los comerciantes de Manila, que emprendían tan enorme viaje para hacer nuevos tratos con ellos.
La vida á bordo del galeón era la de un buque de guerra. Al llegar á los archipiélagos oceánicos había vigías en las islas de Guan y de Batan, que le avisaban por medio de llamaradas si el mar estaba libre ó si algún pirata inglés navegaba desde meses antes por estos pasos, en espera de la famosa «Nao». En tal caso, el capitán, que tenía título de general, anclaba en cualquier bahía segura del archipiélago filipino, echaba su cargamento á tierra, así como una parte de sus cañones y soldados, y en esta posición terrestre y defensiva aguardaba la noticia de que el camino estaba libre.
El cargamento de regreso, que apenas ocupaba una parte de la cala, era el más necesitado de defensa. Consistía en dos ó tres millones de duros que enviaban los comerciantes de América á los de Filipinas como precio de sus artículos: cajones llenos de piezas de plata, brillantes y recién acuñadas en las Casas de Moneda de Méjico. Hubo piratas que pasaron dos años vagando en el Pacífico con la esperanza de sorprender á la «Nao de Acapulco», y alguno de ellos lo consiguió, enriqueciéndose en pocas horas.
Hasta el siglo XVIII se mantuvo esta navegación. La «Nao» salía de Manila en el mes de Julio y llegaba á Acapulco en Diciembre ó Enero. Esta era la travesía más larga. Luego, en Marzo, emprendía la vuelta á Manila, llegando á mediados de Junio. Un año aproximadamente invertía en su viaje redondo de ida y vuelta.
Este comercio con Filipinas, á través de las posesiones españolas de América, enriqueció durante tres siglos los palacios de Méjico y Lima, dejando en ellos gran cantidad de sederías, obras de orfebrería y porcelanas.
Muchos capitanes españoles al regresar de Filipinas se quedaron en Méjico y el Perú, ó sea en mitad de su camino, como si les faltase fuerzas para abandonar del todo un mundo nuevo, volviendo á la sociedad reglamentada, ceremoniosa y rutinaria de la península natal. En la ciudad de Puebla (Méjico) vive la religiosa memoria de la llamada «China poblana», una princesita china que vino de Manila en la «Nao de Acapulco», y convertida al catolicismo acabó por morir en olor de santidad.
Con la afición característica de los mestizos á creer en brujerías, milagros y relatos mágicos, el populacho mejicano siempre que inventaba algo inverosímil escogía como lugar de acción la remota ciudad de Manila, de donde aportaban los galeones de Acapulco tantas cosas maravillosas, tejidas y labradas.
Allá por los últimos años del siglo XVII, los vecinos de la ciudad de Méjico, al ir á la catedral para oir misa en las primeras horas de la mañana, vieron á un soldado que se paseaba con el fusil al hombro por la plaza Mayor, como si estuviese de centinela. Por ser esto una novedad inexplicable, las autoridades hicieron llamar al soldado, y éste miró con asombro en torno de él, cual si despertase, no conociendo lo que le rodeaba. Luego dijo tranquilamente que era de la guarnición de Manila, y la noche anterior lo había colocado su sargento de centinela en la muralla de dicha ciudad, siéndole imposible comprender cómo se veía horas después en Méjico. La mitad de una noche había bastado á brujas y demonios para llevarle en volandas de un lado á otro del Pacífico, sobre la curva de una mitad de la tierra.
El populacho que deseaba ver al centinela de Manila, creyendo á ojos cerrados en tal viaje, no consiguió su objeto. La Inquisición se había incautado del impostor, y tal vez lo embarcó de veras á Filipinas en el primer envío de soldados, para que hiciese centinela otra vez en los muros de Manila y repitiese su asombroso vuelo.