Acabaron los musulmanes por hacerse dueños de todo el Egipto, y una vez más fué engañado el pobre fellah. El primer caudillo árabe concedió toda clase de libertades y derechos á los indígenas. Jamás se habían visto los coptos tan respetados y considerados. Al iniciarse la dominación musulmana aumentaron los recursos del país como una consecuencia de tal libertad; pero á los transigentes caudillos de la invasión sucedieron ávidos gobernadores enviados por el califa de Bagdad, y volvió á ser Egipto un pueblo explotado y esclavizado, como en tiempos de los peores faraones.
Una gran parte de la población nilótica se hizo mahometana, buscando de este modo mejorar su suerte. Los fellahs cultivadores de la tierra abandonaron en masa el cristianismo, y actualmente siguen fieles al Islam. Los cristianos de las poblaciones, menos sumisos que el fellah, se mantuvieron leales á su religión, siendo sus descendientes los coptos de ahora. Éstos monopolizan el comercio y las pequeñas industrias en las ciudades, habiendo llegado á poseer algunos de ellos considerables fortunas.
La historia musulmana de Egipto resulta monótona y poco interesante. Fué al principio un simple reflejo de las variaciones sufridas por el Imperio de los califas de Bagdad. Luego, al declararse independientes los egipcios, su vida política consistió en guerras civiles para obtener ciertos caudillos árabes la dignidad de sultán ó soldán.
El año 969 de nuestra era, un califa dió á su gobernador en Egipto la orden de fundar una capital junto al Nilo, cerca del sitio donde éste se abre en ramas, formando la gran copa del delta. La nueva ciudad tomó el nombre de El-Kahirah, «la Victoriosa», que los europeos convirtieron en El Cairo. Dicho título se lo dieron para celebrar un triunfo del mencionado califa sobre un rival suyo, habiéndose desarrollado la batalla junto á la aldea de Fosta, población del tiempo de los faraones, á la que daban los autores griegos el nombre de Babilonia. A causa de esto, los escritores de la Edad Media confundieron los dos nombres, llamando muchas veces Babilonia al Cairo.
Primero fué capital de Egipto y finalmente de todo el Imperio árabe de los fatimitas, realizando el califa El-Mansur y sus sucesores grandes obras para su embellecimiento. En pocos años tuvo 300.000 habitantes, cifra que no sobrepasó nunca, ni aun en la época actual, si únicamente se aprecia su vecindario indígena.
Después de la caída de los fatimitas, el personaje más importante del Egipto musulmán fué el califa Salah-ed-Din, el Saladino de las Cruzadas, y sus jinetes llamados serradjin son los sarracenos, nombre que se dió luego por extensión á todos los musulmanes.
Saladino ordenó la construcción de palacios y murallas que aún existen, aunque considerablemente modificados, y algunos sucesores de él levantaron numerosas mezquitas aprovechando los materiales de las obras antiguas. La dominación musulmana completó la destrucción de las ciudades egipcias inmediatas al Cairo, Memfis fué borrada por entero, trasladando los musulmanes á su nueva capital portadas, columnas, sillares y hasta la cimentación de los templos antiguos. Todavía, durante el período progresivo de Mohamed-Alí, en 1820, fueron arrasados varios monumentos faraónicos y arcos de triunfo de la época romana, empleándose su piedra para hacer cal destinada á las explotaciones azucareras del dictador mahometano.
Además, los berberiscos, grandes husmeadores de tumbas, encontraron las entradas secretas de pirámides é hipogeos al ir en busca de tesoros enterrados, y como para conseguir tales descubrimientos necesitaban realizar muchas exploraciones preliminares, rompieron en ellas enlosados y muros, sin aprecio para sus inscripciones. Los albañiles árabes trituraron igualmente las piedras escritas, mezclando sus pedazos con barro del río para hacer argamasa.
Antes de esta destrucción mahometana había ocurrido otra, la de los primeros cristianos, monjes del desierto, que veían en las estatuas egipcias representaciones del demonio y eran seguidos en sus delirios por muchedumbres fanáticas. Se salvaron los monumentos de granito, asperón y pórfido por la dificultad que tales materiales oponen á sus destructores. También las arenas del desierto salvaron muchas construcciones antiguas.
Hay que decir en justicia que otras obras del período faraónico han llegado hasta nosotros gracias al cristianismo, aunque tal no fuese su voluntad. Los sacerdotes del nuevo culto aprovecharon los templos egipcios que se mantenían con techumbre para convertirlos en iglesias, y cubrieron de cal los bajos relieves é inscripciones por creerlos obras diabólicas. Este blanqueamiento ha servido para que los egiptólogos encuentren ahora mejor conservados los textos milenarios de la historia egipcia... Pero ¡qué de estatuas, papiros y otros documentos de fácil destrucción fueron anulados para siempre por el fanatismo de los primeros cristianos y por el fanatismo musulmán!