Querétaro era todo un cuartel militar. Vencedores y vencidos ocupaban la plaza. Unos como guardianes y otros como prisioneros.
El Presidente de la República, desde San Luis Potosí, que era la residencia del Gobierno, dió orden el 21 de Mayo, por conducto del Ministerio de la Guerra, al general Escobedo, de abrir un proceso al archiduque de Austria y á los generales D. Miguel Miramón y D. Tomás Mejía. Seis días se tomó el Ministerio para dictar una resolución, que quiso fuera hija de una profunda meditación, para que no estuviese sujeta á los vaivenes de lo impensado.
El príncipe Maximiliano quiso que el Sr. D. Mariano Riva Palacio y nosotros fuésemos sus defensores, y así lo manifestó en el siguiente telegrama:
«Remitido de San Juan del Río, Mayo 25 de 1867.—Recibido en Guadalupe Hidalgo á las 9 y 12 minutos del día.
«El emperador Maximiliano al barón de Magnus, Ministro de Prusia en México.—Tenga vd. la bondad de venir á verme cuanto antes, con los abogados D. Mariano Riva Palacio y D. Rafael Martínez de la Torre, ú otro que vd. juzgue bueno para defender mi causa; pero deseo que sea inmediatamente, pues no hay tiempo que perder. No olviden vdes. los documentos necesarios.—Maximiliano.»
Para cumplir este encargo marchamos á Querétaro acompañados del ilustre abogado D. Eulalio María Ortega, que por su ciencia y carácter independiente era á propósito para encargarse de seguir el proceso mientras íbamos á San Luis á pedir la vida de nuestro defendido. El indulto era la única esperanza.
En Querétaro había sido encargado también de la defensa un ilustre abogado, el Sr. D. Jesús María Vázquez. La noticia de la prisión del archiduque fué un rayo inesperado en esta ciudad, muy conmovida también á la presencia y con los sufrimientos de un sitio. La inquietud de aquellos días de angustia, sólo se calmaba con la confianza que inspiraba el general Díaz y demás jefes superiores que mandaban el ejército sitiador. El cuartel general era Tacubaya, por donde salimos el 1.º de Junio los defensores, acompañados en nuestro viaje á Querétaro del barón Magnus, ministro de Prusia, y del Sr. Hoorick, encargado de negocios de Bélgica.
La severa ley publicada en 25 de Enero de 1862 por el ministro Doblado, no permitía tener confianza en la absolución del consejo de guerra á que se debía sugetar el archiduque. Someterse á esa ley y morir, era consecuencia natural. Caer bajo la aplicación del decreto citado, era perder hasta la más remota esperanza de otra pena que no fuese la capital.
El único arbitrio era pedir el indulto; y cuanto se hizo para lograrlo, lo hemos publicado en el año de 1867, en el Memorandum de los defensores.
«Tomad los decretos del período de mi gobierno, decía el Archiduque en las instrucciones verbales que nos dió; leedlos, y su lectura será mi defensa. Mi intención ha sido recta, y el mejor intérprete de mis actos todos, es el conjunto de mis diversas órdenes para no derramar la sangre mexicana. La ley de 3 de Octubre fué creada para otros fines que no se pudieron realizar. La consolidación de una paz que parecía casi obtenida, era el objeto de esa ley que, aterradora en su texto, llevaba en lo reservado instrucciones que detenían sus efectos. Dispuesto á sacrificarme por la libertad é independencia de México, no habrá en el examen de mi vida un solo acto que comprometa mi nombre. Decidle al Presidente Juárez que me otorgue una entrevista que creo provechosa para la paz de la República y para su porvenir.» Tales fueron las palabras que como despedida dió el archiduque el 6 de Junio, al salir para San Luis Potosí.