Hizo efectiva la libertad de conciencia. Un grupo de jóvenes, entre ellos Miguel Cruz Aedo, Urbano Gómez, Jesús González, Miguel Contreras Medellín y José María Vigil predicaban en la plaza de Escobedo las ideas liberales. La Revolución, que tenía por lema: «Ser ó no ser: he aquí la cuestión», era el órgano del partido puro. No les importaba gritar á la luz del día: ¡Muera el Papa! ¡Muera el Clero! Un 16 de Septiembre tanto fué lo que se dijo en la tribuna, presidiendo la celebración de la fiesta nacional el señor Degollado, que el obispo don Pedro Espinosa puso el grito en el cielo. Lanzó una carta pastoral furibunda el reverendo y La Revolución la burló. Hubo cambio de manifiestos entre los dos, Espinosa y Degollado, en que el uno pedía coacción del pensar y el otro la negaba dignamente en nombre de la ley. Por esto le llamaban purete al señor Degollado.
Y sin embargo de esta tirantez de relaciones entre el Gobernador y el Obispo, cuando unos jóvenes, sin permiso de la autoridad política, ni de la eclesiástica, repicaron en la Iglesia Catedral de Guadalajara, por la reapertura del Instituto, don Santos reprendió á los jóvenes y mandó una satisfacción al señor Espinosa, «manifestándole la ninguna culpa que tenía en el acontecimiento.»
Su administración no tuvo más defecto que ser demasiado liberal, hasta para los conservadores. Se llegó á decir, á consecuencia de todo esto, que don Santos favorecía al partido contrario y lo inclinaba á la desobediencia del gobierno federal. Por esos días, en Diciembre, se pronunció un grupito de descontentos en Tepic. Reducidos al orden, fueron desterrados Eustaquio Barron, cónsul de Inglaterra, y Guillermo Forbes, cónsul de los Estados Unidos. Protestaron de la enérgica medida, fundada en el contrabando que hacían; pero ningún efecto surtió la protesta, porque el consejo aprobó, conforme al derecho de gentes y leyes del país, la resolución oficial.
El 10 de Febrero de 1856 expidió un decreto, según el cual no reconocería autoridad originada de movimientos reaccionarios y ofrecía el territorio para trasladar los supremos poderes; invitaba á los Estados para una coalición bajo bases de «unión, libertad, integridad del territorio nacional, inviolabilidad del principio democrático popular, independencia entre sí para el gobierno interior y cambio recíproco de auxilios y recursos.» A pesar de tanto bien que hacía, dejó el puesto y vino á México para ocupar su lugar en el Congreso Constituyente. Había como cuarenta jóvenes diputados que querían hacer entrar las más avanzadas ideas liberales en la Constitución. Con ellos votó siempre Degollado.
Llegó vez en que de un voto pendía la existencia de la Constitución de 57. Muchos deseaban la del año 24 con algunas reformas. Después de tres días de sesión permanente, vencieron los puros y sin gozar de un solo centavo de dietas. Sin embargo, en ese mismo año de 57, llegó á tener algunos miles de pesos el señor Degollado. Un billetero de la Lotería de San Carlos se acercó, en la calle, á los señores Benito y Fermín Gómez Farías, rogándoles con insistencia que le compraran un número.
—Mira, ese no sirve. Tráenos un trece mil cualquiera—dijo don Benito al billetero.
Echó á correr y trajo un trece mil. Costó el entero diez pesos, que pagó don Benito. Luego que llegaron á la casa, una casita de la calle de Victoria del señor Cumplido, donde habitaban, Fermín tomó la pluma y escribió en el billete: «Billete de Benito Gómez Farías, Fermín Gómez Farías, Nemesio Santos Degollado y Joaquín Degollado.»
El billete fué colocado y olvidado tras un espejo de la sala. Un día, á la hora de comer, se presenta el billetero muy alegre.
—¡Vengo á decirles que se sacaron la lotería!
—¿Qué lotería?—preguntó Fermín.