El 10 y el 11 de Abril de 1859 fué derrotado por Márquez en Tacubaya. Allí olvidó en el campo una casaca y una banda que fueron puestas á la vista de la plebe en la Plaza de la Constitución, de esta Capital, para que las cubriera de lodo.
En el parte oficial, dirigido de Chapultepec, al general Antonio Corona, Márquez decía: «Las valientes tropas que me enorgullezco de mandar han obtenido esta victoria, disputando el terreno palmo á palmo, y en la lucha no sólo derrotaron al enemigo, sino que le tomaron por la fuerza toda su artillería, parque, carros, armamento y demás pertrechos de guerra, contándose entre su pérdida la casaca y la banda de general de división que tiene la desvergüenza de usar el infame Degollado, sin haber servido á la nobel carrera de las armas.»[8]
Don Santos Degollado fué á parar en Michoacán, para reorganizar fuerzas y seguir batiéndose por la causa constitucional. Ante jefes y soldados aparecía inmaculado; á pesar de esto, Vidaurri tuvo la ocurrencia de ponerle fuera de la ley, el 19 de Septiembre, por pugna con Zuazúa y los gobernadores de Aguascalientes y Zacatecas, la cual limitaba las ambiciones del gobernador de Nuevo León.
Nada le hacía dar un paso atrás, nada le desalentaba, nada hizo desviar en un ápice su constancia. Derrotadas sus tropas en la Estancia de las Vacas, el 13 de Noviembre de 59, volvió á la carga más constante á San Luis, en seguida á Lagos, después al Bajío.
El 12 de Noviembre, víspera de la batalla en la Estancia de las Vacas, tuvo una conferencia con Miramón bajo un mezquite, entre la Calera y la hacienda del Rayo.
No pudieron llegar á ningún acuerdo.
Al despedirse, Miramón dijo á Degollado:
—Mañana le derroto á usted como tres y dos son cinco.
A lo que respondió don Santos:
—Mi deber no es vencer, sino combatir por principios que al fin tienen que triunfar porque son los de una revolución grandiosa que en el orden moral está verificándose en todo el país.