Y mientras Miramón se interiorizaba de la casa, Salazar subió en un coche que aguardaba á la puerta; y andando calles largo tiempo sin rumbo, el cochero quiso al fin saber á dónde conducía al que se había subido precipitadamente y se encontró con que ya nadie iba adentro. Salazar, corriendo el vehículo, se había apeado, no pudiendo el policía Lagarde dar con él. Y fué á incorporarse en Tlalpam al coronel Ramón Reguera (padre). La ciudadana doña Luciana Baz quedó con las otras personas desempeñando la comisión aquella. La inquietaba el paradero de Salazar: si tendría mal fin; los retrógrados eran capaces de todo, aun de cazarlo en poblado. Admiraba su valor y su persona. Solía decir á la señora Tecla Preciado, al volver las espaldas Salazar:—«Tecla, qué cuerpo el de Carlos!» Para ella no existía otro mejor formado en el mundo: todo bien hecho, en admirables proporciones; era gordo, pero no obeso, ni eran flojas las carnes; bien parado; limpia de arrugas la frente; rizado el cabello; la barba le cubría toda la mandíbula inferior; un bigotito negro que tiraba á bozo; las cejas de alita de golondrina; la mirada medio bizca y, por sobre todo, su marcialidad; ¡qué porte á la cabeza de sus soldados! Radiaba su alegría y no le importaban las circunstancias para manifestarla. Mas cuando se le despertaba el enojo, desconocía al mundo entero, olvidaba el tuteamiento de sus íntimos y al hablarles decíales con otra voz: señor, señora. Tenía el rostro encendido y era capaz de sacarle astillas á una mesa de un puñetazo. Hecho del poder el partido liberal, tuvo el grado de teniente coronel del Batallón Moctezuma, que al mando del coronel Jesús Díaz de León guarnecía la capital de la República. Después, el Moctezuma pasó á ser uno solo unido al Batallón Rifleros de San Luis. En sus filas, con el grado de teniente coronel, el 20 de Diciembre de 1861, concurrió á la batalla que tuvo lugar entre Pachuca y el Mineral del Monte. Allí se hizo acreedor á la condecoración especial que decretó el Supremo Gobierno. Al poco tiempo marchaba con el mismo cuerpo y los de Zapadores y Reforma, que formaban la descubierta del Ejército, á la Soledad, Estado de Veracruz, para resistir á las fuerzas de las tres potencias extranjeras que empezaban á invadir el territorio nacional.
Verificados los tratados de la Soledad, partió con el Batallón Rifleros de San Luis al Monte de la Cruces para combatir á Buitrón y los otros reaccionarios que acababan de asesinar á Ocampo, Degollado y Leandro Valle. Al fin de esta campaña que terminó con buen éxito, se dirigió á Puebla y peleó heróicamente contra los franceses el 5 de Mayo de 1862; mereció y obtuvo por tan brillante hecho de armas el ascenso á coronel y jefe del cuerpo mencionado. Después tomó participio directo en la defensa de Puebla, que tenían sitiada los soldados de Napoleón III; por desgracia cayó en poder de los invasores, pero logró fugarse de la cárcel y se incorporó, pasados algunos días, al Gobierno legítimo que permanecía en México.
Cuando Juárez, como Presidente de la República, fué á San Luis Potosí, le acompañó, siendo Jefe militar de la zona que comprendía Río Verde, Valle de Valles, San Ciro y otros puntos de la Sierra, que había precisión de tener en extremo vigilados. Aprovechó todos los elementos que pudo encontrar, reorganizó su cuerpo, lo instruyó, equipó y le dió el ejemplo de acatar la Ordenanza. A varios jefes comisionó para que emprendieran formal campaña contra las guerrillas de traidores que merodeaban por pequeñas poblaciones y haciendas cometiendo robos y asesinatos. Más tarde, por acuerdo del Supremo Gobierno, pasó con el Batallón Rifleros de San Luis, á las órdenes del general José López Uraga, al Estado de Michoacán. En Morelia, defendida por el general Leonardo Márquez, al dar el asalto el 18 de Diciembre de 1862, la fortuna le fué adversa, pero no perdió el valor, ni con una herida que le atravesó el pecho, ni ante los peligros de muerte sin cuento que le rodearon durante la batalla, al grado de matar uno tras otro sus caballos las balas enemigas. La retirada de sus tropas, la hizo él en camilla hasta Santa Clara del Cobre, donde, sin embargo de sus graves heridas, no cesó de seguir reorganizando las fuerzas que debían continuar combatiendo al ejército invasor. Rasgos semejantes de valor tuvo en otros días. El año 1859, estando el general Aureliano Rivera en Tlalpam, quince ó veinte de sus oficiales, Salazar á la cabeza de éllos como comandante de batallón, hicieron formal promesa de llegar á las garitas de Chapultepec, donde estaba el enemigo, y de hacerle fuego á quemarropa con pistola. Llegaron á Tacubaya, y en la cantina de la señora Mariquita Becerril, un tal Palomo y un tal Reguera, oficiales ambos que se guardaban profundo encono, hicieron en alta voz alarde de temeridad tomando la vanguardia. Cerca de las trincheras cayó herido Palomo, y Salazar, que hacía de corneta, al ver el inminente peligro que corrían, tocó retirada; y una astilla que sacó de un árbol una bala le quitó de los labios y la mano la corneta; entonces volvió en medio del fuego graneado á recocer á Palomo, le montó en su caballo y puso á salvo. En estos trances, la amistad más que el deber le obligaban. Así en los Reyes, cuando fortuitamente, sin saberlo él, del pronto, el general Porfirio Balderrain mató al mayor Guerrero, de su Estado Mayor, loco de ira é indignación se trasladó al lugar del suceso, y asiendo de la cintura al homicida, le azotó contra la pared y quiso matarle á taconazos. Tal manera de ser no quiere decir que Salazar fuese de mala índole; muy por el contrario, buenos sentimientos le animaban y lo mostró siempre con palabras y hechos. ¡Qué soldado de la Reforma y la Intervención y el Imperio no recuerda el haber visto llorar á Pueblita en las peroraciones, de Salazar! No de su gran cabeza, sino de su corazón le salía, todo lo que hablaba.
Después de la honrosa retirada de Morelia, sin darle las espaldas al enemigo, sano ya de su herida, se dirigió á Uruapan y luego á Santa Clara, cuya plaza tomó á viva fuerza á los traidores.
En la Villa de los Reyes, Michoacán, rechazó á los franceses y traidores que le asaltaron, y los puso en precipitada fuga.
En los primeros días de Abril de 1865, fueron reducidos á prisión, por orden del general Ramón Méndez, las familias de Salazar (era ya general), Arteaga, Pueblita y el coronel Jesús Ocampo. Estuvieron incomunicadas bajo la custodia de los franceses, hasta que unos comerciantes, dolidos del martirio á que las habían sujetado durante dos meses y un día, se constituyeron sus fiadores, y lograron por este medio se las dejase por cárcel la ciudad de Morelia. El único objeto de tal conducta inquisitorial era el hacer que los jefes de las dichas familias se sometieran sin peros al llamado Imperio; mas nada pudo lograr Méndez, porque en aumento el desinterés y la abnegación de aquellos meritísimos ciudadanos, trabajaron con inquebrantables esfuerzos en difundir el amor á la patria entre las tropas mexicanas, las cuales sabían todo el mal que les venía con un gobierno que no fuese propio ni de forma representativa popular.
Arteaga y Salazar aparecían en discordia ante los republicanos que los acompañaban, haciendo la campaña contra el Imperio en Michoacán; el origen de élla era el distinto punto de vista desde el cual apreciaban los sucesos políticos de las zonas que dominaban.
Pronto se borró esa discordia, sin dejar huella de su paso por esos dos grandes corazones henchidos de patriotismo. El 16 de Septiembre de 1865 vibraban acordes como si dieran vida á un mismo cuerpo, sintiendo y pensando idénticamente. Esa fecha la celebraron en Tacámbaro de Codallos, especie de arsenal de la República en aquella triste época. El coronel Justo Mendoza, secretario del Cuartel General del Ejército Republicano del Centro, pronunció un soberbio discurso y lo escucharon el general en jefe Arteaga, el Cuartel Maestre Salazar, el Estado Mayor, los jefes y oficiales y un resto vagabundo y simpático de fieles empleados de diversos ramos de la administración pública. Fué aquella una fiesta oficial que reanimó á los espíritus que hacían vivir la República por Michoacán. De allí salieron las fuerzas en vías de organización. Los traidores y los republicanos tenían prisioneros; los primeros gestionaban con empeño canjes; lo cual no había podido efectuarse por las ventajas que querían. Los jefes de uno y otro partido se carteaban, partiendo la solicitud de los traidores y jefes extranjeros. El coronel Van der Smissen menudeaba su correspondencia con Salazar; exigía más de un soldado suyo por un mexicano, y Salazar le contestaba que en ninguna parte y en ningún tiempo podía ser más un extranjero que un mexicano. «Acepto el canje—dicen que escribía al coronel Van der Smissen—pero cabeza por cabeza, porque no puede ser un extranjero más que cualquier mexicano.»
El general en jefe José María Arteaga pasó revista á las tropas en las llanuras de la Magdalena, el 4 de Octubre. Llegaban á tres mil quinientos hombres, sin contar los destacamentos de Zitácuaro, Huetamo y Tacámbaro. Había tres divisiones.
A la una de la tarde del 9, Arteaga, con las brigadas Díaz, Villagómez y Villada, cuyo Cuartel Maestre era Salazar, partió á Tacámbaro, porque hubo noticias de que Méndez llegaba con mil quinientos hombres. Ya el general Vicente Riva Palacio había salido hacia Morelia con mil hombres, y otras dos secciones por otros rumbos. En el camino, el coronel Trinidad Villagómez tiroteaba á la vanguardia del enemigo. La retaguardia la cubría el teniente coronel Julián Solano con cien hombres. El mal camino y la tormenta, la noche del 10, no fueron obstáculo para que llegasen á Tacámbaro. Iban á tomar el rancho, el 12, cuando corrió la voz de que se acercaba el enemigo y levantaron violentamente el campo y prosiguieron su marcha; pero hacia Santa Ana Amatlán, donde llegaron el 13. Arteaga ordenó descanso, confiado en que Solano, con treinta exploradores, estaba en observación de Méndez frente á Tancítaro, y que Pedro Tapia, con otros treinta, vigilaba sobre la colina de la entrada del pueblo la cuesta que tiene como siete leguas de camino y la cual debía necesariamente pasar el enemigo. Durante la travesía, Arteaga había estado recibiendo partes de Solano en que noticiaba que Méndez no se movía de Tacámbaro. En esta seguridad, la infantería puso en pabellón sus armas y los treinta hombres de caballería desensillaron y fueron al río á dar agua á la caballada.