En cuanto a la cuestión de la primogenitura, a pesar de la respetable opinión del Barón Pastor[36], que es la de Gregorovius, Oliver, Höfler, el Marqués de Laurencín y la generalidad de los historiadores, que tienen por mayor a Juan, creemos, con el Sr. Sanchís, que lo fué César. Además del epitafio de Vannozza y del orden en que el Rey Católico los nombra al hacer a ellos extensivo el título de Egregio concedido a Pedro Luis de Borja, hay en abono de esta opinión, no sólo la de Burchard[37], que es terminante, sino varias pruebas documentales, como el instrumento de tutela a favor de Pedro Luis, hecho en 29 de Enero de 1483, en que se llama a Juan infante, el testamento otorgado por Pedro Luis el 14 de Agosto de 1488, en que al nombrar a Juan su heredero le sujeta a curadoría hasta que llegue a los veinte, y, en fin, la dispensa ex defectu ætatis, dada el 28 del propio mes y año por el Papa Inocencio VIII al segundo Duque de Gandía para las capitulaciones matrimoniales con D.ª María Enríquez, por no haber cumplido los catorce años, contando entonces sólo doce, según el Breve de dispensa, por lo que debió nacer en 1476. Por último, la antes citada Bula del 19 de Septiembre de 1493, que declara a César hijo legítimo, dice que Juan fué procreado después, cuando Vannozza era ya viuda.
Heredó D. Juan de su hermano Pedro Luis el Ducado de Gandía, y por su enlace con D.ª María Enríquez emparentó con el Rey Católico. Del de Nápoles obtuvo, al casarse Jofre, el Principado de Tricarico, y luego el de Teano y el Ducado de Sessa, que su viuda vendió en 1506 al Rey Católico y éste hizo de él merced al Gran Capitán. Era Gandía el predilecto de su padre, el ojo de Su Santidad, según decía Canale. Dedicáronlo a la carrera de las armas para que fuera estirpe de un linaje que había de ser, tal como Alejandro lo soñaba, uno de los más ilustres en Italia y España. César y Jofre se vieron, sin vocación, destinados a la Iglesia. Al de Gandía lo retrató Pinturicchio en el fresco de la Disputa de Santa Catalina, siendo el gallardo mozo, jinete en un caballo blanco y tocado con un turbante, porque gustaba mucho de vestir a la turca en competencia con el Príncipe Djem, que también figura en el fresco[38]. En punto a costumbres, pecaba de enamorado y mujeriego, como el padre, y tenía además la pasión del juego y la afición al vino, sin que estos vicios se vieran compensados por virtudes o calidades que los hicieran disculpables; siendo justificada la opinión de los españoles que, según Bernáldez[39], le tenían por un muy mal hombre, soberbio, muy enlodado de grandeza e de mal pensamiento, muy cruel y muy fuera de razón. Ansiaba el Papa tener a su lado a aquel hijo predilecto, a quien suponía grandes dotes militares, y para apresurar su regreso de España nombróle Capitán general de la Iglesia, aun reconociendo su poca edad e inexperiencia, pero dando como razón del nombramiento el haberlo pedido el Rey D. Alfonso y los principales condotieros, el Señor de Pesaro (su yerno), el de Piombino, D. Próspero Colonna y otros Señores y Barones que no querían estar a las órdenes de un Capitán que no fuera de la sangre del Papa. Puesto al frente de las tropas pontificias destinadas a castigar a los Orsini, quedó en la batalla de Soriano derrotado su ejército y demostrada su incapacidad, viéndose obligado Alejandro a hacer las paces con aquellos poderosos Barones romanos, émulos de los Colonnas. Y para rescatar a Ostia, que había quedado en poder de los franceses, apeló el Papa a la amistad de Gonzalo de Córdoba, que con mil infantes y seiscientos caballos se apoderó en ocho días de la plaza. Hizo su entrada en Roma el Gran Capitán acompañado del Duque de Gandía, y allí se vió la diferencia entre un verdadero General, hombre de Estado, y un Príncipe de teatro, cubierto de oro y alhajas.
Cuentan los historiadores aragoneses Abarca y Zurita que le recibió el Papa sentado en su solio y rodeado de su familia, de los Cardenales y de la Corte, y que cuando se inclinó Gonzalo para besarle el pie se levantó Alejandro y le besó en la frente, manifestándole su gratitud por el servicio que le había hecho y dándole por su mano la rosa de oro con que solían los Papas premiar cada año a los beneméritos de la Santa Sede. Mas como al despedirse le diese el Papa algunas quejas de los Reyes Católicos, que él mejor que nadie conocía, respondióle el Gran Capitán con libertad y rudeza de soldado, llegando a decirle «que le valía más no poner la Iglesia en peligro con sus escándalos, profanando las cosas sagradas, teniendo con tanta publicidad cerca de sí y en tanto favor sus hijos, y que le requería reformase su persona, su casa y su Corte, que bien lo necesitaba la cristiandad». Enmudeció el Papa, asombrado de que supiese apretar tanto con palabras un soldado, y que así hablara al Pontífice, en punto de reformas, un hombre no aparecido del cielo.
Muy otro era César; no porque tuviera menos vicios que su hermano, sino porque estaba dotado de mucho mayor entendimiento y sagacidad. Animoso condotiero y astuto político, desleal y falso, según era entonces uso, león y raposo a la par, como debía ser, a juicio de Maquiavelo, el perfecto Príncipe, había heredado del padre la jocunda serenidad propia de la familia; pero era terrible en sus odios y venganzas, y su crueldad pareció, aun en aquellos tiempos, excesiva. Su desmedida ambición no conocía obstáculos ni escrúpulos, y fiel a su lema aut Cesar aut nihil, después de haber sido señor potísimo en Italia, murió en España oscuramente, no como Capitán, sino como soldado al servicio de una causa mezquina e ingloriosa. Claro es que no le llamaba Dios por el camino de la Iglesia, aunque lo recorrió en breve tiempo, sin pararse en barras. A los siete años era Protonotario Apostólico; diez años después, Obispo de Pamplona; al siguiente, Arzobispo de Valencia, y al otro, Cardenal. Para que pudiera ordenarse le dispensó Sixto IV el impedimento de honestidad por ser hijo de Cardenal y de mujer casada, y para hacerlo Cardenal lo declaró Alejandro VI hijo legítimo de la Vannozza y de su marido Domenico d’Arignano. Harto sabía César que en la carrera eclesiástica no podría llegar a la meta, o sea al papado, y como no bastara a su ambición la púrpura cardenalicia, aspirando a más altas grandezas mundanas y aun a coronas reales, colgó en cuanto pudo los rojos hábitos talares. No le estorbaron, sin embargo, para sus aventuras amorosas, que tempranamente empezaron con la Fiammetta y siguieron después con honestas meretrices y deshonestas damas, demostrando en ellas que al heredado apetito acompañaban las dotes necesarias para dejar satisfechas a cuantas invitaba a compartirlo. Entre las damas figuró durante algún tiempo su cuñada D.ª Sancha de Aragón, mujer de su hermano Jofre, y la leyenda, que ha hecho de estos Borjas unos monstruos de crueldad y de concupiscencia, no se ha detenido ante el incesto, acusando a Lucrecia de haberlo cometido con su padre y con su hermano.
César, que tenía puestos los ojos en la corona de Nápoles, aspiró a enlazarse con Carlota de Aragón; pero ni ésta ni el Rey Fadrique, su padre, prestáronse a la boda, y Luis XII, deseoso de ganárselo, hízolo Duque de Valencia, en Francia, y cuando fué a Chinon como portador del capelo para Amboise y de la dispensa para que pudiera el Rey casarse con Ana de Bretaña, ofrecióle la mano de la bellísima Carlota de Albret, hermana del Rey Juan de Navarra. El 12 de Mayo de 1499 celebróse en Chinon, con gran pompa, el matrimonio; que aquel mismo día y noche quedó ocho veces consumado, según lo participó César a su padre por medio de un correo despachado al efecto[40]. Escribió también Carlota a Su Santidad, muy contenta con el marido, que la había dejado satisfecha. Mas duró poco la luna de miel, pues a los cuatro meses partió el Duque Valentino para Italia, y su azarosa vida y temprana muerte le impidieron volver a reunirse con su esposa y conocer a su hija, fruto de su efímera temporada conyugal[41].
Jofre, Príncipe de Squillace en el Reino de Nápoles, el menor de los hijos que tuvo Rodrigo de Borja en la Vannozza, y a quien, por Bula de 6 de Agosto de 1493, reconoció como hijo suyo y de mujer viuda[42], estaba destinado a seguir, como César, la carrera eclesiástica que empezó tempranamente, puesto que era ya canónigo de Valencia a los diez años; pero razones políticas movieron al Papa a cambiar de parecer y a casarlo con D.ª Sancha de Aragón, hija natural del Rey D. Alfonso II de Nápoles; habiéndose celebrado el matrimonio por poder, en Roma, el 16 de Agosto de 1493, y representando a la novia su tío Fadrique, Príncipe de Altamura, que recibió el anillo nupcial con risa de los asistentes y del Papa, que lo abrazó. El 11 de Mayo del año siguiente se casaron de presente en Nápoles, cuando Jofre sólo contaba trece años. Dos más tenía Sancha, que a los ocho se había desposado con Honorato de Gaetani, desposorios anulados por una Bula de 17 de Septiembre de 1493, casando Gaetani el 8 de Diciembre con Lucrecia, hija natural del Rey Fernando.
Era Sancha mujer de gran belleza, como su madre Trusia, hija de Ursula Caraffa, de Gaeta, y de Antonio Gazella, Señor de Campello, Secretario de Fernando y su Embajador en Milán y en Roma. La sangre real aragonesa que corría por sus venas, al mezclarse con la napolitana, resultó ferventísima e hízola por demás enamorada y pecadora, sin que para su salacidad hallase freno ni remedio el cuitado marido, que apenas varón la noche de la boda tuvo que habérselas con aquella hembra harto viripotente[43]. Jofre, que según decía su hermano César era hombre para poco, resignóse a la constante infidelidad de su mujer, y mientras ésta llamaba la atención de los romanos por su hermosura y sus amores, y pasaba de los brazos del Cardenal de Valencia a los del Duque de Gandía, causa, según se dijo, del fratricidio atribuido a César, buscaba el pacientísimo marido el venal consuelo que en su infortunio le ofrecían las menos honestas meretrices y andaba con otros españoles a caza de nocturnas aventuras, en una de las cuales tuvo un encuentro con los esbirros y quedó malherido, con gran disgusto de Su Santidad. A la muerte de Alejandro VI púsose al lado de César y le acompañó a Nepi, mientras D.ª Sancha, a quien, para mayor seguridad, dejó en el Castillo con los dos pequeñuelos Rodrigo y Juan, tomó el camino de Nápoles con Próspero Colonna para tratar de recuperar sus bienes en aquel reino. Reuniósele el marido cuando fué con César a Nápoles; pero no duró la unión más que una semana y tuvo que volverse el Príncipe con su hermano a casa del Cardenal Borja, cuyos esfuerzos, así como los del Gran Capitán y los de la Reina de Hungría y la Duquesa de Milán, resultaron vanos para reconciliar a los mal avenidos cónyuges. No es cierto que Jofre corriera la misma suerte que César y estuviera con él preso. Veíasele todos los días con el Gran Capitán, con quien cabalgaba y triunfaba, faltándole solamente para colmar su felicidad, según escribía Pandolfini, recobrar a su mujer, que no quería saber nada con él. Un año después[44], y en edad tempranísima, falleció sin sucesión D.ª Sancha, y pasó el viudo a segundas nupcias con doña María Milán de Aragón, de los Condes de Albaida por su padre, y Villahermosa por su madre, en quien tuvo descendientes, siendo la última D.ª Ana de Borja, que a principios del siglo XVII trajo a la Casa de Gandía el principado de Squillace por su matrimonio con D. Francisco de Borja. Dice Gregorovius que no se sabe el fin que tuvo Jofre; pero en una carta de 2 de Enero de 1517 daba Lucrecia al Marqués Francisco Gonzaga la noticia del fallecimiento de su querido hermano el Príncipe de Squillace, que le había sido comunicada por un correo enviado por don Francisco de Borja, hijo del difunto.