Jofre de Borja siguió la suerte del Rey de Nápoles; acompañóle a Sicilia y con él volvió a Nápoles, haciendo su entrada en Roma con D.ª Sancha, el 20 de Mayo del año 1496. El Papa los recibió en el Vaticano, en su trono, rodeado de once Cardenales, e hizo sentar a sus pies, en sendas almohadas, a Lucrecia a la derecha y a Sancha a la izquierda. Era entonces Pascua, y a las fiestas con que la Iglesia las celebra concurrieron las dos jóvenes princesas, que se sentaron, con escándalo de los romanos, en las sillas de coro, entre los Canónigos.
Tres meses después, el 10 de Agosto, hizo su entrada, no menos solemne, en Roma el Duque de Gandía, que dejó a la Duquesa en Valencia y trajo al Papa, según se dijo, como recuerdo de España, una bellísima valenciana; mas debió ser chisme propalado por los Embajadores venecianos y por el Moro, enemistado ya con Alejandro. Ardía éste en deseos de castigar a los Orsini, que por odio a los Colonna se habían puesto de parte de los franceses. Cuando tuvieron que capitular en Atella, a fines de Julio, los que al mando de Montpensier habían quedado en el reino de Nápoles para defenderlo, cayeron en poder del Rey Fernando II, Virginio Orsini y su hijo Juan Giordano, con lo que se vieron privados los Orsini del jefe de la familia y del más valiente de sus capitanes. Parecióle a Alejandro la ocasión propicia para acabar con aquellos poderosos Barones y apoderarse de sus bienes, y llamó al Duque de Gandía para ponerle al frente del ejército pontificio como Capitán general, a quien acompañaría el Duque de Urbino Guidobaldo. Pero la batalla de Soriano, en que quedaron los pontificios completamente derrotados, el Duque de Urbino prisionero y el de Gandía herido levemente en la cara, obligó al Papa a hacer las paces con los Orsini y acabó con las ilusiones que se había forjado sobre los talentos militares de su hijo predilecto, a quien más le hubiera valido morir como soldado en el campo de batalla.
La noche del 14 de Junio de 1497 tuvo lugar, en la viña de la Vannozza, junto a San Pedro ad vincula, un banquete a que asistieron sus dos hijos, Juan y César, y gran número de amigos, entre ellos el Cardenal Juan Borja el Joven. Era ya tarde cuando los dos hermanos y el Cardenal montaron sus mulas y se encaminaron con una pequeña escolta al Vaticano. Al llegar al Palacio Cesarini, que habitaba el Cardenal Ascanio Sforza, se despidió el Duque de Gandía de sus dos compañeros con el pretexto de una cita a que debía ir solo, y sin hacer caso a los Cardenales que trataron de persuadirle de que se hiciese escoltar por unos cuantos hombres de los que llevaban consigo, fuese con un solo lacayo y un enmascarado que había traído al banquete y que desde hacía un mes iba todos los días a visitarle[69]. En la plaza de los Hebreos despidió el Duque al lacayo con orden de que le aguardara allí una hora, y que si al cabo de ella no volvía, tornase a palacio, y tomando a las ancas al enmascarado, espoleó la mula y al trote desapareció en la oscuridad. Como no regresara el Duque a palacio a la mañana siguiente, sus familiares dieron parte al Papa, el cual atribuyó la ausencia a alguna aventura galante que le obligaba a aguardar las sombras de la noche para abandonar la casa hospitalaria en que se albergaba. Pero llegó la noche, y no habiendo Gandía parecido, inquietóse sobremanera Su Santidad y ordenó se le buscara por todas partes. Encontraron la mula que montaba y al lacayo gravemente herido, que no pudo dar explicación ninguna, y finalmente, el 16 de Junio, por un eslavo, mercader de leña, que tenía su almacén a orillas del Tíber, junto al hospital de su nación, y se hallaba de guardia en una barca, se supo que en la noche del martes 14, a las dos de la madrugada, desembocaron por la izquierda del hospital dos hombres, que después de haber mirado a su alrededor y visto que no había nadie, se marcharon. Vinieron a poco por el mismo sitio otros dos hombres, que cerciorados de la soledad, hicieron una señal y apareció entonces un caballero en un caballo blanco, que llevaba atravesado en la silla un hombre muerto, cuya cabeza y brazos pendían de un lado y las piernas del otro, sosteniéndolos a uno y otro lado los otros dos hombres, todos ellos enmascarados. Llegaron a la orilla del Tíber, al sitio en que se echan al río las inmundicias, y allí arrojaron el cadáver. A la pregunta del caballero de si se había ido bien a fondo, contestaron afirmativamente, y los cinco hombres, dos de los cuales montaban la guardia, desaparecieron por otra calle que daba al Hospital de Santiago. Y habiéndosele echado en cara al mercader eslavo que no hubiese dado aviso al Gobernador, respondió, y esto pinta la Roma de los Borjas, que había visto en su vida echar al río más de cien cadáveres sin que a nadie le importase nada.
Aquel mismo día los pescadores encargados de arrancarle al río su secreto, encontraron el cadáver del Duque no lejos de Santa María del Pueblo y cerca de un jardín perteneciente a Ascanio Sforza. Halláronle degollado y con nueve heridas en el cuerpo; pero nada le faltaba, ni del traje, ni de las joyas, ni del dinero que tenía en la bolsa. Era, pues, evidente que no había sido el robo el móvil del delito[70].
Grande fué el dolor de Alejandro por la muerte de aquel hijo que compartía con Lucrecia la predilección paterna. Encerróse en el castillo de Sant’Angelo y no quiso ver a nadie, ni en dos días probó alimento ni bebida, ni pudo conciliar el sueño, llorando amargamente y lamentándose a voces. En el Consistorio del 19 de Junio, a que asistieron todos los Cardenales presentes en Roma, excepto Ascanio Sforza, y los Embajadores de la liga, el español, el napolitano, el veneciano y el milanés, dió el Papa rienda suelta a su pena. «Amábamos, dijo, al Duque de Gandía sobre todas las cosas del mundo, y daríamos con gusto siete tiaras por volverlo a la vida. Dios, por nuestros pecados, ha querido mandarnos esta prueba, porque no merecía el Duque de Gandía muerte tan terrible y misteriosa. Ha corrido la voz de que el autor de ella es Juan Sforza. Estamos seguros de que no es verdad, y aún menos de que lo sea su hermano o el Duque de Urbino. Dios perdone a quien lo haya cometido. Estamos resueltos a atender de aquí en adelante a nuestra reforma y a la de la Iglesia. Confiaremos ésta a seis Cardenales y a dos auditores de la Rota. Los beneficios se conferirán únicamente a los que los merezcan. Queremos renunciar al nepotismo y empezar la reforma por nosotros mismos para pasar después a la de los demás miembros y llevar esta obra hasta el fin.» El Embajador español, Garcilaso, excusó la ausencia del Cardenal Ascanio Sforza, que rogaba a Su Santidad no diese crédito a la voz de que era el asesino, y se había puesto a la cabeza de los Orsini, y que si lo permitía el Pontífice, comparecería para justificarse personalmente, no habiendo asistido al Consistorio por temor a la furia y venganza de los españoles. «Dios nos libre—contestó el Papa—de tener tan terrible sospecha de un Cardenal que siempre tuve por hermano, y será, cuando comparezca, el bienvenido.» Pero a pesar de estas buenas palabras y de que no se sentía el Cardenal culpable, creyó más prudente, en vista de la hostilidad de los españoles, apartarse de Roma y pasó a Genazzano.
Nombróse inmediatamente la comisión para la reforma de la Iglesia, y los Cardenales que la compusieron tomaron muy a pechos su encargo y redactaron una Bula que ponía coto a todos los más conocidos abusos; pero a su aprobación y publicación se fueron dando largas y quedó, por fin, condenada a perpetuo olvido cuando se aplacaron, con el tiempo, el dolor y el arrepentimiento de Alejandro VI y de él se enseñorearon de nuevo y con más fuerza sus pasiones y carnales apetitos.
Quién fuera el asesino del Duque de Gandía no se sabe hasta hoy con absoluta certeza. Además del Cardenal Ascanio y del Señor de Pesaro, atribuyóse el crimen a los Orsini, y a esta opinión se inclina la autorizada del Barón de Pastor, en su Historia de los Papas, aunque sin datos bastantes que la afirmen. Rechaza, en cambio, la versión del fratricidio, universalmente admitida algunos años más tarde. La primera alusión a César la hallamos en un despacho del Enviado de Ferrara en Venecia, de 22 de Febrero de 1498, es decir, ocho meses después del crimen, y dos años más tarde, cuando por orden de César fué estrangulado el segundo marido de Lucrecia, Alfonso de Aragón; el Embajador veneciano Capello escribía desde Roma que «el asesino era el mismo que mató al Duque de Gandía y lo echó al Tíber». A raíz del crimen daba de él cuenta a su Gobierno el Embajador florentino Bracci, y le decía: «Quien ha dirigido la cosa tiene entendimiento y valor y es un gran maestro»[71]. Y Scalona escribía al Marqués de Mantua: «La cosa, si no ha sido hecha, ha sido mandada hacer o aconsejada por persona que tiene los dientes largos.»
Dientes largos teníanlos los Orsini; mas después de haber obtenido con la victoria de Soriano y el subsiguiente acuerdo cuanto apetecían, no parece que sólo por vengar anteriores agravios hubieran cometido el crimen. Y no es tampoco verosímil que si el Papa los tuvo por asesinos de su hijo los hubiese dejado en paz buen número de años, puesto que no comenzó hasta fines de 1502 la implacable persecución de aquellos poderosos Barones. Es más: en los primeros meses de 1498, pocos después del asesinato de Gandía, trató el Papa de casar a Lucrecia con un Orsini, y si el proyecto matrimonial no se llevó a cabo, debióse al deseo de Alejandro VI de enlazar a sus hijos con los de la Casa de Aragón para favorecer las ambiciosas miras de César, que soñaba con la corona de Nápoles.
De no ser los asesinos los Orsini, ¿quién sino César tenía los dientes largos y podía considerarse gran maestro, según lo acreditó más tarde con el engaño de Sinigaglia? Manteníase todavía el Cardenal de Valencia en la sombra, entregado al toreo de reses bravas, la caza y las mujeres, por lo que no recayeron en él las primeras sospechas; pero como las pesquisas de la policía para descubrir a los sicarios resultasen vanas y el delito quedase impune y envuelto en el más profundo misterio, se creyó que había un interés en echar tierra al asunto, siendo la impunidad preferible al escándalo. Y la voz pública designó entonces a César como autor del fratricidio. ¿Qué razón pudo tener para deshacerse tan criminalmente de su hermano? Dicen los que defienden su inocencia que no pudo ser el codicioso deseo de apoderarse de los bienes del Duque de Gandía, puesto que tenía éste un hijo que había de heredarle, ni tampoco porque fuera D. Juan obstáculo a sus ambiciones, después de haber demostrado en su campaña contra los Orsini su completa incapacidad. No eran ciertamente los bienes de Gandía los que el Cardenal codiciaba, sino el puesto del hijo predilecto, ojo derecho de Alejandro[72], que le disputaba la primacía con el Papa y los favores de Sancha y el cariño de Lucrecia, que los maldicientes suponían incestuoso. Prescindiendo de los celos del amante, bastábale la envidia de Caín para impulsarle al crimen, sin el cual no hubiera podido señorear la voluntad del padre y ser, mientras vivió Alejandro, el alma y el brazo del Pontífice.