Como modelo de cartas de pésame merece citarse la que publica Gregorovius del veneciano Bembo, rendido entonces a los encantos de Lucrecia, el cual, hablando de Alejandro VI, le llama vuestro gran padre, que mayor no hubiera podido dároslo la misma fortuna. Mas no eran de esta opinión los ferrareses, que compartían la del Duque, si bien no la vocearon por respeto a la adolorada Lucrecia. No sucedió así en Mantua, donde fué grande y público el júbilo, porque la caída de los Borjas significaba la restauración de los Duques de Urbino, del Señor de Pesaro, de los Varano de Camerino, de los Gaetani de Sermoneta.
¿Cuál fué la suerte del hijo de Lucrecia, Rodrigo de Aragón, Duque de Bisceglia y de Sermoneta y del infante romano Juan de Borja, Duque de Camerino, que habían quedado en el Vaticano al cuidado del Papa, que les profesaba especialísimo cariño? A la muerte de Alejandro VI envió César a su madre, a su cuñada Sancha y a las mujeres de todas clases que tenía consigo, como asimismo a los dos pequeñuelos Rodrigo y Juan, a Cività Castellana, y de allí pasó con ellos a Nepi, hasta que, obtenido el permiso del Papa Pío III, regresó a Roma, y no considerándose seguro en el palacio de su hermano Jofre, se trasladó al castillo de Sant’Angelo. Tomó Sancha el camino de Nápoles con Próspero Colonna para recuperar sus bienes en aquel Reino, y quedaron probablemente en Roma los dos desposeídos Duquesitos, yendo luego a Nápoles cuando allí se refugiaron los Cardenales españoles Borja y Remolinos. El de Cosenza, Francisco Borja, escribió a Lucrecia proponiéndola enviar a Rodrigo a España y vender sus bienes muebles para subvenir con su importe y el de las rentas del mayorazgo de Bisceglia[100] al mantenimiento del Duque durante su menor edad, pudiendo él luego decidir, cuando fuera mayor y según las circunstancias, si le convenía volver a Italia o seguir viviendo en España. Mandó Lucrecia la carta a su suegro el Duque, quien le contestó, el 4 de Octubre del año 1503, que le parecía acertadísimo el consejo de Su Eminencia, a cuyo cordial afecto debía Rodrigo haber escapado con vida. No debió, sin embargo, seguirlo Lucrecia en cuanto al envío del niño a España, habiéndose de él encargado su tía la Duquesa de Milán, Isabel de Aragón, la viuda de Juan Galeazzo Sforza, que vivía con su corte en Bari desde 1499, en que le había cedido aquel Ducado Ludovico el Moro. En Loreto dábanse cita Isabel y Lucrecia, y pasaba ésta allí algunos días con su hijo, el cual murió, aún no cumplidos los trece años, en los primeros días de Septiembre de 1512.
Más larga vida tuvo, si no mayor ventura, su compañero de infancia y de infortunio, el misterioso infante romano, a quien Lucrecia tuvo consigo hasta su muerte, figurando en los documentos estenses como su hermano, e hijo, por ende, de Alejandro VI y no de César. Dióle como preceptor a Bartolomeo Grotto, y mostróse siempre con él maternalmente afectuosa y generosa. En 1518 acompañó en su viaje a Francia al Duque D. Alfonso, que lo presentó al Rey Francisco I. Nada se volvió a saber de él hasta el año de 1530, en que le encontramos en Roma alegando sus derechos al Ducado de Camerino, que no le fueron reconocidos por el tribunal de la Rota, y el 7 de Junio de 1532 le prohibió Clemente VII que molestara con sus pretensiones a Julia Varano, la hija del último de los Varano, Juan María, a quien Julio II reconoció como vasallo de la Iglesia y León X lo hizo Duque de Camerino y lo casó con su sobrina la bella Catalina Cibo. Es la última vez que el nombre de este Borja aparece en la Historia[101].
El ánimo de Lucrecia, afligido por la muerte del padre, vióse también atormentado por la suerte de su hermano César, prisionero en España, cuya liberación procuró interesando a cuantos creyó pudieran ayudarla. Acudió primero a Francisco Gonzaga, el amigo en quien había depositado todo su cariño y su confianza, rogándole intercediera cerca del Papa para que permitiera al Cardenal Pedro Isnalles ir a España con el fin de solicitar del Rey Católico la libertad del Valentino. El Cardenal de Salerno, Remolino, tuvo carta, fecha el 3 de Octubre, de Requesens, el mayordomo del Duque, enviado a España con cartas de varios Cardenales para el Rey D. Fernando, «el cual le había dicho que no había ordenado la prisión del Duque; que si estaba encerrado en un castillo era por muchas cosas que le imputaba Gonzalo, y que en cuanto se probase que eran falsas lo pondría en libertad, como pedían los Cardenales; que había, ante todo, que aguardar a que sanase la Reina». Igual respuesta dió a los Embajadores del Rey y de la Reina de Navarra. Y el 3 de Febrero de 1505 escribía Capilupi desde Ferrara a Isabel de Este, que el Duque Valentino había sido puesto en libertad y se hallaba en la Corte de España con un empleo de 10.000 ducados y esperanzas de ser destinado a la empresa de Italia.
Mas la noticia no era cierta, y el cautiverio del Valentino prolongóse hasta el 25 de Octubre de 1506, en que logró huir del castillo de Medina, y después de haber permanecido un mes en tierras del Conde de Benavente, por tratos con algunos Señores castellanos que querían enviarle a Flandes como Embajador cerca del Emperador Maximiliano, para ofrecerle la Regencia de Castilla, llegó el 3 de Diciembre a Pamplona, residencia de su cuñado el Rey de Navarra, Juan d’Albret, y desde allí escribió el día 7 al Marqués de Mantua una carta, cuyo dador, su Secretario Federico, al que podía dar fe en cuanto le dijera, le contaría cómo se había librado de la prisión tras muchos trabajos. Claro es que el tal Federico no había sido enviado a Italia únicamente para anunciar a Francisco Gonzaga y a Lucrecia Borja la buena nueva de la liberación del Valentino. Es probable que acariciara éste la idea de recobrar su Ducado de Romaña, y quisiera saber, por persona de su confianza, con qué elementos podía contar para la empresa de su restauración.
Llegó Federico a Ferrara a últimos de Diciembre, según carta de recomendación que le dió Lucrecia para el Marqués de Mantua, Generalísimo del ejército pontificio, con que había conquistado Julio II a Perusa y Bolonia. Hallábase en esta última ciudad el Papa cuando en ella se presentó Federico, que fué preso por orden de Su Santidad. Luego que lo supo Lucrecia acudió a su cuñado e imploró su intervención para que fuera puesto en libertad el que ella llamaba Canciller de su hermano César. Esto era a mediados de Enero de 1507. El día 12 del siguiente Marzo caía muerto el Valentino en Viana al frente de las tropas del Rey de Navarra contra el Condestable, Conde de Lerín, y el 22 de Abril llegó a Ferrara un familiar de César, llamado Grasicha, portador de la tan triste nueva. Encargó el Cardenal Hipólito al P. Rafael que se la comunicara a la Duquesa, que estaba encinta, y cumplido su cometido por el fraile, díjole Lucrecia: «Cuanto más trato de conformarme con la voluntad de Dios, tanto más me visita con afanes. Doy gracias a su Divina Majestad y me conformo con lo que le place.» No se la vió derramar una lágrima: pero sus doncellas oyéronla en la soledad y silencio de la noche llamar con angustiadas y repetidas voces al adorado hermano.
Hizo la pena que por tercera vez se frustraran las esperanzas de maternidad de Lucrecia; pero, al fin, dió a luz un año después, el 4 de Abril de 1508, su primer hijo, que recibió en la pila el nombre de su abuelo paterno y fué apadrinado por el Papa León X, que envió a la Duquesa una valiosa joya[102], haciéndose representar en la ceremonia por Juvenale Latino.
Según Gregorovius, tuvo Lucrecia, además del primogénito Hércules II, que casó con Renata de Francia, otros cuatro hijos: Hipólito, que fué Cardenal como su tío y murió en Tívoli, en la Villa de Este, monumento que perpetúa su memoria[103]; Alejandro, que falleció en la infancia[104]; Leonora, que profesó en el convento de Clarisas del Corpus Domini[105], y Francisco, Marqués de Massalombarda[106]. En el árbol genealógico de la Casa de Este, que publica Fontana en su libro Renata de Francia, figuran dos Alejandros y un Alfonsino, sin que de éste y del otro Alejandro tengamos ninguna noticia. La hay, en cambio, de Isabel, la última hija de Lucrecia, que dice Gregorovius nació muerta. Bautizáronla inmediatamente por lo delicado de su constitución, y vivió por lo menos cinco meses, estando enterrada con su hermano Alejandro, en la misma sepultura que Lucrecia, según reza la lápida sepulcral, en el coro de la iglesia del Corpus Domini.
Ya hemos dicho que en los primeros días de Septiembre de 1512 falleció en Bari, apenas cumplidos los trece años, el joven Duque de Bisceglia, Alfonso de Aragón. La noticia de esta desgracia llenó de inefable tristeza a su madre, que se retiró al convento de San Bernardino, por ella fundado, donde no hallaban modo de consolarla. Más hondamente la postró la muerte del pequeñuelo Alejandro a los dos años, tras larga enfermedad, y refleja su pena la sentida carta que escribió a su cuñada de Mantua. Y no acabaron con éste los duelos que afligieron a Lucrecia, pues en 1517 murió su hermano Jofre, y en 1518 su madre Vannozza Cattanei, a la que se guardó en Ferrara poco luto. Habíale, pues, la muerte arrebatado a sus padres, a sus tres hermanos, a dos de sus hijos. Su amigo, el Marqués de Mantua, Francisco Gonzaga, pasó enfermo y alejado de ella los diez últimos años de su vida, que fueron también para Lucrecia otros tantos de pena y penitencia.