Los diez años que aún vivieron, de 1509 a 1519, fueron para Lucrecia y Francisco muy poco venturosos. Esperaba la Duquesa poder visitar de nuevo Mantua, donde el Marqués le estaba preparando un suntuoso apartamento en el Palacio de San Sebastián; pero se lo impidieron los acontecimientos políticos, sus continuos partos y abortos y los duelos que hubieron de afligirla.
El 9 de Agosto de 1510 excomulgó Julio II al Duque Alfonso y lo desposeyó de todos sus feudos eclesiásticos. Vióse, pues, Ferrara empujada a la guerra en estrecha alianza con Francia, y en la jornada de Ravenna, el 11 de Abril de 1512, la artillería de Alfonso decidió la suerte de la batalla en favor de los franceses, pero la muerte de su caudillo Gastón de Foix hizo que la victoria resultase, al fin y al cabo, un triunfo para las armas pontificias. Con grandes agasajos fueron recibidos en Ferrara el famoso Bayard y los caballeros franceses que salvaron la ciudad de caer por sorpresa en manos de Julio II, y al escribir la biografía de Bayard su leal servidor, se expresó, respecto de Lucrecia, en estos términos: «Sobre todo, la buena Duquesa, que era una perla, acogió a los franceses con gran distinción, y todos los días los obsequiaba con maravillosas fiestas y banquetes, según se usaba en Italia. Me atrevo a decir que ni en su tiempo, ni aun mucho antes, no se ha visto una más gloriosa Princesa, porque era bella, buena, dulce y cortés con todos, y si bien su marido era Príncipe entendido y valiente, ella, con su cortesía, le prestó buenos y grandes servicios»[117]. Privado del apoyo francés, vióse obligado Alfonso a ir a Roma para recibir la absolución del Papa, y a punto estuvo de correr la misma suerte de César Borja, de la que le salvaron su precipitada fuga y la ayuda de los Colonna, que lo condujeron a Marino, de donde pudo regresar disfrazado a Ferrara. Al fin puso término a la guerra, en 1513, la muerte de Julio II, al que sucedió, con el nombre de León X, Juan de Médicis. Cuando llegó a Ferrara la noticia del fallecimiento del Papa Julio, visitó Lucrecia muchas iglesias para dar gracias a Dios, y rogó al nuevo Pontífice le renovara la indulgencia plenaria que le había concedido Alejandro VI para ella y veinticinco de sus familiares que ella designase.
A las angustias e incertidumbres de la guerra juntáronse, para Lucrecia, los quebrantos de la salud, debidos a las frecuentes y laboriosas gestaciones y alumbramientos, y los duelos con que el Señor quiso probarla en sus últimos años, arrebatándole a los seres más queridos. En 1509 dió a luz a su segundo hijo, el Cardenal Hipólito, y desde 1514 a 1519 tuvo a Alejandro, a Leonor, a Francisco y a Isabel. Sufrió en aquellos años pérdidas crueles: en 1512, la de su hijo primogénito Rodrigo, Duque de Bisceglia; en 1516, la del pequeñuelo Alejandro; en 1517, la de su hermano Jofre, Príncipe de Squillace; en 1518, la de su madre Vannozza, y en 1519, la precedió de pocos meses en la tumba el amicísimo Marqués de Mantua, Francisco Gonzaga. Murió éste el 29 de Marzo de 1519, y en la sentida carta de pésame que escribió Lucrecia a su cuñada, la Marquesa viuda, decíale que esta muerte le había causado tanta tristeza y dolor, que más necesitada estaba ella de consuelo que en estado de poder consolar a nadie, y sobre todo, a quien, por la gran pérdida sufrida, debía sentir mayor afán; mas como no tenía remedio y así lo había querido el Señor, había que conformarse con su voluntad.
La conducta irreprochable de Lucrecia en sus últimos diez años hicieron que le fuera más benévolo el juicio de Isabel de Este y de Isabel Gonzaga. La Duquesa de Urbino la visitó en Mayo de 1518, y la Marquesa de Mantua, disgustada del marido, que estaba entonces entregado al Secretario Spagnoli, menudeaba sus visitas a Ferrara para concertarse con sus hermanos respecto a la manera de resistir la influencia del favorito del Marqués.
Vida devota y ejemplar fué la de Lucrecia. Fundó conventos y hospitales, frecuentó iglesias y monasterios, leyó libros ascéticos y meditó sobre la misericordia de Dios y los milagros de sus Santos. Decíase en Ferrara, según escribió Juan Gonzaga a su sobrino el Marqués Federico, que hacía diez años que llevaba cilicio, y cerca de dos que se confesaba todos los días y comulgaba tres o cuatro veces al mes. Pero estas prácticas religiosas no la hicieron olvidar sus deberes de madre y de soberana. Dedicaba buena parte de su tiempo a la educación del heredero, que tuvo por maestro a Pedro Antonio Acciaiuoli, y a cuyas lecciones de latín asistía, y en 1518 presenció, en unión de varios gentiles-hombres y literatos, el examen del Príncipe, que había cumplido los diez años y se acreditó de prodigio por la facilidad con que traducía el latín y el griego. Llamáronla los ferrareses madre del pueblo, porque se afanó en remediar los males que eran natural consecuencia de la guerra, empeñando sus joyas y renunciando a las galas que había tanto estimado. E intentó también la ardua reforma de la moda femenina en punto a los escotes, introduciendo la gorguera para cubrir la parte del pecho y de la espalda que, en todo tiempo y en menor o mayor grado, han gustado de lucir desnuda cuantas damas presumen de hermosas, bien formadas y elegantes. Este solo intento bastaría para probar cuán apartada vivía ya Lucrecia de las mundanas pompas y vanidades, ella que tanto se había preocupado de vestidos y afeites y había disputado el cetro de la moda a su cuñada de Mantua.
El 14 de Junio de 1519, tras una laboriosa gestación y con un no menos laborioso parto, dió a luz Lucrecia una niña que, por lo endeble, fué inmediatamente bautizada, teniéndola en la pila Eleonora de la Mirandola y poniéndosele por nombre el de Isabel María. Vivió la criatura poco tiempo, mas viva estaba el 17 de Noviembre de aquel año, pues en aquella fecha, habiendo sabido Alfonso que en la Corte de Francia se le tenía una tercera esposa, escribió a su hermana Isabel «que no quería casarse porque no estaba en edad de hacer semejante locura, tanto más cuanto que tenía cinco hijos que educar».
A consecuencia del parto le sobrevino a Lucrecia un poco de fiebre, de la que creyeron se vería pronto libre; pero lejos de mejorar, fué empeorando, y los médicos quisieron sangrarla y empezaron por cortarle el pelo, por habérsele subido la sangre a la cabeza; lo cual, escribía el secretario del Duque a la Marquesa de Mantua el 21 de Junio, «pone en peligro su vida y no durará ya mucho». Al día siguiente diéronla por muerta, y el mensajero enviado por los Gonzagas, Carlos Ghisio, que acababa de llegar, avisó la hora a que había expirado la Duquesa. Había tenido un paroxismo, y creyéndola muerta, los secretarios ducales extendieron los partes de defunción, con expresión del día y hora del fallecimiento, y los cerraron para enviarlos a las demás Cortes. Había perdido la palabra y la vista; pero se presentó luego una pequeña mejoría, y gracias a un caldo y otras cosas sustanciosas que le dieron descansó y los médicos dijeron que si no se repetía el paroxismo había esperanzas de salvarla. El 23 escribía Prosperi a la Marquesa de Mantua: «Con la gracia de Dios, la señora Duquesa ha estado algo mejor: ayer noche mejoró un poquito, y esta mañana se ha ganado algo, de suerte que ya no hay el temor de antes.» Pero el día 24, que era viernes, se agravó de tal modo Lucrecia, que no hubo lugar a dudas sobre el funesto desenlace que de hora en hora se aguardaba, creyendo los médicos que aún podría durar hasta la noche, y en efecto, pasó el día en los afanes de la muerte, perdido ya el conocimiento y la palabra, y a la una de la madrugada, en presencia de su marido y de sus hijos, entregó su alma al Señor, que la acogió en el seno de su divina misericordia.
Publicó Gregorovius la última carta que escribió Lucrecia desde su lecho de muerte al Papa León X el 22 de Junio, la cual dice así:
«Santísimo Padre y Beatísimo Señor mío: Con toda la posible reverencia de ánimo beso los pies de Vuestra Beatitud, y humildemente me recomiendo a su santa gracia. Después de haber sufrido mucho durante más de dos meses a consecuencia de un penoso embarazo, quiso Dios que diera a luz una niña al amanecer del día 14 de este mes, y esperaba que con el parto se aliviase mi mal. Pero ha sucedido lo contrario, y me veo obligada a rendirme a la naturaleza. Y es tan grande el don que nuestro clementísimo Creador me ha hecho, que tengo conciencia del fin de mi vida y siento que dentro de pocas horas, después de recibir todos los Santos Sacramentos de la Iglesia, saldré de este mundo. En este momento, como cristiana, aunque pecadora, me he acordado de suplicar a Vuestra Beatitud que por su benignidad se digne darme del tesoro espiritual algún sufragio, dispensando a mi alma su santa bendición, como se lo pido devotamente. Y a su santa gracia recomiendo a mi marido y a mis hijos, todos servidores de Vuestra Beatitud. En Ferrara, el 22 Junio 1519, en la hora 14.—De Vuestra Santidad humildísima sierva, Lucrecia de Este.»
Y Gregorovius se pregunta: «¿Es posible que escribiera esta carta en su lecho de muerte, con ánimo tan sereno y tan digno, una mujer sobre cuya conciencia pesaran las enormidades de que se acusó a la hija de Alejandro VI?» La respuesta es fácil. La carta es un mero documento cancilleresco, que no pudo escribir ni dictar Lucrecia, que el 22 de Junio estaba en la agonía, perdido a ratos el conocimiento y la palabra y sin darse cuenta de cuanto la rodeaba.