No testó Lucrecia en su última enfermedad, pero tenía escrito de su mano un testamento y había rogado al Duque que lo tuviera por válido. No lo cumplió, sin embargo, el Duque, por haber sido beneficiados con demasiada largueza institutos religiosos y ciudadanos privados.

En la carta que escribió Alfonso a su sobrino Federico de Mantua participándole el fallecimiento de Lucrecia a la hora de ocurrido, decíale: «No puedo escribir esto sin lágrimas; tanto me pesa verme privado de una tan dulce y cara compañera, porque lo era para mí por sus buenas costumbres y por el tierno amor que entre nosotros existía.»

El 22 de Junio, cuando se creyó que había fallecido la Duquesa, corrió la voz de que se le estaba preparando la tumba en la iglesia de Santa María de los Angeles, donde estaban enterrados los Estenses, Nicolás III y sus hijos Lionelo, Hércules I y Segismundo; pero en la noche del sábado 25 tuvo lugar la traslación del cadáver a la iglesia interior del Corpus Domini, habiendo sido enterrado en la misma sepultura en que yacía el de su suegra D.ª Leonor de Aragón, gran protectora, como Lucrecia, de aquellas monjas clarisas. En el convento del Corpus Domini había pasado Lucrecia algunas temporadas para reponer su salud y aliviar sus penas, huyendo de la tristeza y pesadumbre del castillo, y debió habitar, porque conserva el nombre de Lucrecia Borgia, la casa de Juan Romei, frente a la del Cardenal Hipólito, que Hércules I confiscó y dió a las Clarisas, que la incorporaron luego a su convento.

El entierro de Lucrecia fué una imponente y sentida manifestación de duelo. Acompañáronla hasta su última morada su marido y sus hijos, la nobleza, el clero y el pueblo todo de Ferrara, para el que fué una verdadera pérdida la de la bienhechora Duquesa. Su sepultura está en el centro de la iglesia, al pie del altar, y en ella están enterrados, además de su suegra, su marido Alfonso I y sus hijos Alejandro e Isabel, según reza la siguiente inscripción:

D. O. M.
ALPHONSO DUCI FERRARIE, MUTINE REGII
MARCHIONIS ESTENSI
COMITI RODIGII
PRINC. CARPI
DOMINO COMACHI PROVINCIARUM FRIGNANI
ET CARFAGNANE IN ROMANDIOLA. ELEONORA
ARAGONE MATRI.
LUCRETIE BORGIE UXORI
ALEXANDRO & ISABELLE FILIIS.

También están enterrados en el Corpus Domini los hijos de Lucrecia, Hércules II y Leonor, que profesó en aquel convento, y sus nietos Alfonso II con su primera mujer, Lucrecia de Médicis, y Lucrecia, hija primogénita y natural de Hércules II, que fué, como su tía Leonor, clarisa, y murió en olor de santidad.