Extraño es que Gregorovius, después de insertar la carta en que el Marqués Juan de Gonzaga daba cuenta a su sobrino Federico del entierro de Lucrecia en el convento del Corpus Domini, en la misma sepultura en que yacía la madre del Duque, añada, a renglón seguido, que no se encuentran en Ferrara las tumbas de Lucrecia Borja y de los Este. ¿Cómo no las vió cuando visitó la ciudad con un guía tan excelente y erudito como Citadella? ¿Cómo no leyó el Compendio histórico de las iglesias de Ferrara, que el beneficiado de aquella catedral, D. Marco Antonio Guarini, escribió y publicó en 1621?[118]. De haberlo leído se hubiera enterado de que, además de los Estenses enterrados en Santa María de los Angeles y en el Corpus Domini, yace en la iglesia de Jesús, en un mausoleo que erigió Alfonso II, su segunda mujer, D.ª Bárbara de Austria, hija del Emperador Fernando I; en San Bernardino, Segismundo, hermano de Alfonso I; en San Benito, Alfonso, Marqués de Montecchio, hijo de Alfonso I y de Laura Dianti, con su segunda mujer, Violante Segni; en San Pedro Pablo, César Estense Trotti, hijo natural de Hércules II; en San Cristóbal, el Duque Borso y su hermano Alberto; en San Agustín, Laura Eustochia Dianti, tercera mujer de Alfonso I, con su nieto Alfonsino y su nuera Julia de la Rovère, hija del Duque de Urbino y primera mujer del Marqués de Montecchio, que en ella tuvo a César, Duque de Módena, al Cardenal Alejandro, a Leonor y a Alfonsino, y en Santa María del Consuelo, Marfisa de Este, hija natural de D. Francisco, Marqués de Massalombarda y nieta de Lucrecia Borja, último vástago de la Casa de Este que quedó en Ferrara cuando, a la muerte de Alfonso II, fué incorporada la ciudad a los Estados de la Iglesia.
Otro historiador de los Borjas, de fácil lectura, pero no siempre fidedigno, el francés Carlos Yriarte, fué a buscar los restos de Lucrecia en el templo de San Francisco, donde, según las crónicas más respetables, debían descansar en el oscuro subterráneo, negro panteón de los primeros Príncipes de la Casa de Este; pero no pudo encontrar ni siquiera una lápida sepulcral: todo había sufrido tal cambio y tal trastorno, que no se veía una escultura, ni un nombre, ni un escudo de armas, ni una fecha, ni un vestigio o símbolo que se pudiera descifrar o interpretar. ¿Cuál sería el oscuro subterráneo del templo de San Francisco que tomó Yriarte por negro panteón de los Este, donde yacían, según las crónicas más respetables, los restos de Lucrecia, y donde no halló trazas ni vestigios de que hubiera sido allí enterrado ningún cristiano?
Quince años sobrevivió a Lucrecia Borja el Duque Alfonso I, y si no quiso hacer la locura, según él decía, de contraer terceras nupcias, por lo que renunció a la mano que le ofrecieron varias Princesas, encontró consuelo a su larga viudez en una bellísima ferraresa, mujer del pueblo, que le hizo padre de dos hijos varones, Alfonso y Alfonsino, los cuales pretendieron haber sido legitimados por subsiguiente matrimonio contraído in articulo mortis en presencia de pocos testigos. La Santa Sede declaró inexistente el matrimonio, y los primeros que consideraron ilegítimo al D. Alfonso fueron los Estenses sus hermanos. Hércules II le excluyó como espúreo de la investidura de Ferrara que le concedió Pablo III en 1539, y en el árbol genealógico de la familia, publicado en 1555, figuraba con la cruz roja, señal de bastardía. Sus otros dos hermanos, el Cardenal Hipólito y el Marqués de Massalombarda, D. Francisco, cuando de él hablaban llamábanlo públicamente nuestro ilustrísimo bastardo. Con la Bula Prohibitio alienandi, que prohibía a los hijos ilegítimos la investidura de los feudos eclesiásticos, dió Pío V un golpe mortal a la Casa de Este, porque no reconociendo como legítimo al Marqués de Montecchio, D. Alfonso, no podrían heredar sus hijos y Ferrara vendría a poder de la Iglesia a la muerte de Alfonso II, que se sabía en Roma no tendría herederos directos.
Falleció Alfonso I, a los cincuenta y ocho años de edad, el 31 de Octubre de 1534 y le sucedió su hijo Hércules II, a cuya educación había dedicado especialísimos cuidados su madre. No conoció ésta a su nuera ni sospechó que pudiera serlo Renata de Francia, la hija de Luis XII y hermana de Claudia, la mujer de Francisco I, a quien sus cuñados estenses calificaban de monstruo, tanto por su fealdad como por sus aficiones heréticas, habiendo acogido en Ferrara a Calvino y a Clemente Marot y amparado a cuantos eran, por protestantes, perseguidos. Los franceses que con Renata vinieron a Ferrara no se resignaban a vivir en aquella ciudad malsana para los forasteros, excesivamente fría en invierno y de calor sofocante en el verano, que Clemente Marot llamaba un pantano lleno de mosquitos.
Renata, que era al llegar de Francia muy católica y aun supersticiosa, abandonó, influída por Calvino, las antiguas creencias y prácticas religiosas, y durante doce años dejó de oír misa y de confesar y comulgar, lo cual, en una Corte feudataria del Papa y en una familia representada siempre por uno de sus Príncipes en el Colegio Cardenalicio, había de ser motivo de asombro y de escándalo. Llegó éste a un punto que creyó Hércules que debía intervenir la Iglesia, y se instruyó contra Renata un proceso que dió por resultado la aparente conversión de la Duquesa, la cual siguió, sin embargo, su correspondencia con Calvino, y cuando regresó a Francia, a la muerte del Duque, su marido[119], abrazó sin recato la causa de la Reforma, y hubiera perecido en París, como hugonote, la noche de San Bartolomé, a no haber sido por su cercano parentesco con el Rey. Retiróse a su castillo de Montargis, donde murió, quince años después, en el más triste abandono. Estando una vez en Lyon Alfonso II, estalló allí la peste y su madre le convidó a su castillo, que se había conservado libre del contagio; pero él le contestó que prefería morir entre apestados que vivir entre herejes.
Fué el matrimonio poco afortunado aun políticamente, porque sometido Hércules a la influencia francesa, vióse obligado a tomar parte en la guerra que Pablo IV (Caraffa), aliado de Enrique II de Francia, promovió a los españoles, y a la que éstos pusieron victorioso término con la batalla de San Quintín, ganada por Manuel Filiberto de Saboya. Obligado el Papa a hacer las paces con Felipe II, a quien tanto odiaba, ajustáronlas en Cavi el Duque de Alba y el Cardenal Caraffa, quedando Hércules excluído del tratado, y como contaran con el apoyo de España el Duque de Toscana, Cosme de Médicis, y el de Parma, Octavio Farnesio, vióse el de Ferrara entre dos perros mordientes y aceptó la mediación que le ofreció Cosme I para la paz, que se hizo sobre la base del matrimonio de Alfonso, hijo y heredero de Hércules, con Lucrecia, la hija de Cosme y de Leonor de Toledo[120]. Suscitó este matrimonio gran oposición por parte de Francia, que ofreció a Alfonso la mano de la hermana del Rey, Margarita de Valois, con dote mayor que la de Renata; mas se frustró la negociación matrimonial y Margarita casó con el vencedor de San Quintín, Manuel Filiberto de Saboya. En Septiembre de 1541 se presentaron a Carlos V, en Luca, Hércules y Cosme, cabalgando el Duque de Ferrara a la derecha del Emperador y el de Toscana a la izquierda, y esto fué causa de una cuestión de precedencia, que duró treinta años, y se resolvió en favor de Cosme cuando obtuvo del Papa y del Emperador el título de Gran Duque de Toscana, que le dió la primacía sobre todos los demás Duques reinantes italianos.
Cuando reinaba en Ferrara el hijo de Lucrecia Borja, Hércules II, cuya esposa Renata de Francia albergaba a Calvino y sus secuaces y favorecía secretamente la Reforma, que había de profesar luego públicamente en Francia, llegó a Ferrara y se alojó en el palacio ducal un Borja procedente de España, que había sido magnate prócer con fama de valido en la Corte de Carlos V, y se encaminaba a Roma, no para vestir la púrpura cardenalicia, que quería otorgarle Pablo III, sino para servir como humildísimo y valeroso soldado en la Compañía de Jesús, que a la sazón reclutaba y capitaneaba San Ignacio de Loyola, y que había de dirigir más tarde como tercer Prepósito general el cuarto Duque de Gandía, San Francisco de Borja. Tenía el Padre Francisco, como se le llamaba entonces, cercano parentesco con el Duque de Ferrara. Su abuelo Don Juan, asesinado en Roma, era hijo de Alejandro VI y hermano de Lucrecia, y su padre, primo hermano de Hércules II, casó en primeras nupcias con D.ª Juana de Aragón[121], hija natural del Arzobispo de Zaragoza, D. Alonso, que lo era, a su vez, del Rey Católico D. Fernando; de suerte que descendía el Santo de un Papa y de un Rey, siquiera tuviese esta descendencia más de natural que de legítima. Habíase educado en la Corte de Carlos V, y llegó a adquirir tal valimiento con el César, que le hizo Marqués de Lombay, título que desde entonces llevó el primogénito del Duque de Gandía, y le casó con D.ª Leonor de Castro y de Meneses, noble dama portuguesa y amiga de la infancia de la Emperatriz D.ª Isabel. Murió la augusta señora en Toledo, y hubieron los Marqueses de Lombay de acompañar el cadáver, por orden del Emperador, hasta Granada, donde debía ser enterrado en la Capilla Real. Al destapar el ataúd, la horrible podredumbre del antes hermosísimo rostro produjo tal impresión en el Marqués, que exclamó: Nunca más, nunca más servir a señor que se me pueda morir; y resolvió no servir sino a Dios, renunciando a las mundanas grandezas y entrando en religión si perdiese a su esposa[122]. No pudo, sin embargo, realizar desde luego sus propósitos, porque el Emperador le confió el gobierno de Cataluña, que desempeñó con el mayor celo y acierto durante cinco años; pero ya por este tiempo, según nos dice el Cardenal Cienfuegos[123], el Virrey, con gusto de la Marquesa D.ª Leonor, mudó en comercios de ángel el amor y trato conyugal[124]. Y estando una vez en oración ante un crucifijo de bronce, hablóle éste con voz sensible, diciéndole: «Si tú quieres que deje a la Duquesa más tiempo en esta vida, yo lo dejo en tu mano; pero te aviso que a ti no te conviene.» Respondióle que no dejase cosa alguna a su arbitrio, ofreciéndole la vida de la Duquesa, la de sus hijos y la suya para que dispusiese de todo según fuese de su mayor agrado. La resignación del Duque tuvo por inmediato efecto los mortales accidentes que sobrevinieron a la Duquesa, y para los que no encontraban explicación ni remedio los médicos. Murió, pues, santamente, y pudo el viudo, dejando establecidos a sus hijos[125] y arreglados todos sus asuntos en Gandía, entrar en la Compañía de Jesús y luego en el cielo, como uno de los más grandes entre los Santos españoles, que allí abundan, y con fama muy otra de la que alcanzaron los Borjas en Italia.
El 3 de Octubre de 1559 murió Hércules II, y empezó a reinar su hijo Alfonso II, último de los Duques de Ferrara, cuyo primer acto fué poner en libertad a su tío abuelo el octogenario Julio, que había estado cincuenta y tres años y ocho meses preso en un calabozo del castillo, siendo el asombro de Ferrara cuando apareció en la calle vistiendo el mismo traje que llevaba el día en que su hermano, Alfonso I, conmutó en cárcel perpetua la pena de muerte a que le había condenado. En el transcurso de más de medio siglo había cambiado la moda, y el apuesto Julio de los bellos ojos, en mal hora alabados por Angela Borja, no había podido enterarse de sus variaciones y salió trajeado con galas de mozo, que aun en su tiempo hubieran parecido impropias de sus años.
Tuvo Hércules en Renata sólo dos hijos varones: el heredero Alfonso y el Cardenal Luis; y tres hembras: Ana, Lucrecia y Leonor. Era tradición en la familia de Este que el segundogénito fuera Cardenal. Habíanlo sido los dos Hipólitos, el hermano y el hijo de Alfonso I, y era preciso que Luis abrazase la carrera eclesiástica, aunque no tuviese a ella la menor afición. A los quince años fué Obispo de Ferrara y a los veintitrés Cardenal; mas se indispuso luego con el Papa por su carácter violento y altanero y por su vida mundana y escandalosa, de la que hacía público alarde para mostrar la repugnancia que la impuesta carrera le inspiraba. Cuando Alfonso, viéndose sin herederos y sin esperanza de tenerlos, propuso a su hermano el Cardenal que renunciara la púrpura y contrajese matrimonio, era ya tarde. Veinte años antes hubiera podido enlazarse con Juana de Borbón, viuda del Duque de Enghien; pero a ello se opusieron entonces su hermano el Duque y su tío el Cardenal Hipólito. Ahora estaba ordenado in sacris, y aunque tenía poco más de cuarenta años era un hombre acabado por la vida licenciosa que había llevado y por las enfermedades que había contraído.
De las hijas de Hércules y de la hugonote Renata, la mayor, Ana, fué mujer del Duque Francisco de Guisa y luego del Duque de Nemours, capitanes ambos de la Liga católica, y la menor, Leonor, siempre enfermiza y recluída, murió soltera de una enfermedad del corazón[126], y la leyenda forjó sus amores con Torcuato Tasso y atribuyó a esta pasión la locura del poeta y su larga detención en el Hospital de Santa Ana. Lucrecia era el ídolo de la Corte de Ferrara: rubia, alta, de majestuosa presencia, llena de gracia y de ingenio. Había tenido muchos pretendientes, entre ellos el de Guisa, marido de su hermana mayor, y la casaron, cuando tenía ya treinta y cinco años, con Francisco María de la Rovère, Príncipe heredero de Urbino, hijo del Duque Guidobaldo II, que había cumplido apenas veinte, y estaba además enamorado de una bella española de la Corte de Felipe II, con quien se hubiera desposado si no lo hubiese llamado su padre a Urbino para casarlo a toda prisa con Lucrecia. Cobró Francisco profunda aversión a su madura esposa, y apenas la vió en Ferrara, adonde vino diez días después de celebrada por poder la boda, volvióse a Urbino y dejó a Lucrecia aguardándole más de un año, al cabo del cual se decidió ella a ir a Urbino a reunirse con su marido. Tratóla éste con el más profundo e insoportable desprecio, y cuando tras cinco años de infructuosos ensayos conyugales, que sólo le valieron una contagiosa enfermedad, perdió la esperanza de dar al de Urbino el deseado heredero, se separó legalmente del Duque y regresó definitivamente a Ferrara, adonde, durante su temporada marital, venía con frecuencia, para consolarse de los desaires del marido con las caricias de un apuesto capitán de la guardia ducal, Ercolini Contrari, último vástago de una gran casa ferraresa, la más ilustre después de la reinante de los Este. Por su hermano, el Marqués de Montecchio, tuvo noticia de la amorosa intriga el Duque, y como le pareció intolerable que un gentilhombre de su Corte, por él favorecido con el Marquesado de Vignola, comprometiera públicamente a una Princesa de la sangre, mandóle llamar a palacio y allí lo estranguló el verdugo con un cordón de seda, atribuyéndose su muerte a un ataque apoplético. Traslucióse, sin embargo, la verdad, cobró Lucrecia odio mortal a Montecchio y buscó consuelo a su amorosa viudez en una estrecha relación, menos que honesta, con el Conde Luis Montecucoli de Módena. Con la llegada de Margarita Gonzaga, la tercera mujer de Alfonso II, acabó el reinado de Lucrecia en la Corte de Ferrara. Abstúvose de fiestas y máscaras, y empezó su vida devota con la lectura de libros piadosos, sermones de frailes y visitas a monjas. Extendió a toda su familia el odio que sentía contra Montecchio y sus hijos, y tomó bajo su protección a César Trotti, el bastardo de Hércules II, a quien quiso casar con Marfisa de Este.