Ruotsissa ollessaan Topelius tietysti oli liittynyt maanmiehiinsä, ja näiden kesken oli Marstrandissa perustettu pursiklubi, jonka jäsenten ulkonaisena yhdistimenä oli sinivalkoinen lippu. Seuraavana vuonna runoilija julkaisi Helsingfors Tidningarissa runonsa Suomen lippu, joka sai virikettä Marstrandinmuistoista, ja vaikka runo ei tahtonut »sekaantua politiikkaan ja väripolemiikkiin», lausui se kuitenkin tekijänsä mielipiteen lippukysymyksessä. Siihen aikaan keskusteltiin näet kiihkeästi omasta lipusta maallemme ja Topelius oli sitä mieltä, että sininen ja valkoinen olivat Suomen värit. Hän laulaa runossaan m.m.:
Lyö tuulta, liehu riemuiten sa, liina Suomen toiveiden. Ja nouse kunniahan! Sylistä riennä sataman värisnä aavan ulapan sen aaltoin pauhinahan! Sun liehuissas niin Suomestas maat merten taa ne viestin saa. Lyö tuulta, liehu riemuiten sa, liina sinivalkoinen!
Ajat olivat levottomat ja varottiin sodan puhkeamista Venäjän ja Ranskan välillä. Snellmankin lausui mielipiteensä lippukysymyksessä ja piti sen esilleottamista silloisissa oloissa vaarallisena. Hän näyttää kumminkin katselleen asiata liian synkältä kannalta. Seurauksena oli vain että kansallistunto sai lisävirikettä ja sangen yleisesti ruvettiin käyttämään sinivalkoista lippua. Sanoimme aikoja sodanuhan vuoksi levottomiksi, mutta 1860-luvun alkupuoli antoi, niinkuin jo aikaisemmin kerrotusta ilmenee, maallemme runsaasti ilonaiheitakin. Itsevaltainen, sananvapautta ja valtiopäiviä vastustava kreivi Berg, joka oli riitaantunut ministerivaltiosihteeri Armfeltin kanssa, sai omasta pyynnöstään virkaeron, uusi valtiovarainpäällikkö järjesti Suomen ja Venäjän kauppasuhteet ja pani alkuun rahakannan uudistamisen, minkä hänen seuraajansa J.V. Snellman saattoi loppuun. Käydessään 1863 vuoden kesänä Suomessa Alexanteri II suostui Snellmanin ehdottamaan kotimaisten kieltemme käyttämistä koskevaan asetukseen. Se sisälsi, että suomi 20 vuoden kuluessa, ruotsin edelleen pysyessä virallisena kielenä, olisi katsottava tasa-arvoiseksi ruotsin kanssa kaikessa, mikä koski maan suomalaista väestöä. Samana kesänä kutsuttiin Suomen valtiosäädyt kokoontumaan seuraavana syksynä valtiopäiville, ja keisari itse saapui niiden avajaisiin pitäen kauniin puheen, jossa hän m.m. lausui kunnioittavansa »niitä perustuslaillis-yksinvaltaisia periaatteita, joita Suomen kansa kannattaa ja jotka ovat kasvaneet kiinni maan lakeihin ja laitoksiin». Näillä valtiopäivillä säädyt m.m. myönsivät varoja kansakoulujen perustamiseen ja rautatieverkon laajentamiseen — Hämeenlinnan ja Helsingin välinen rataosa oli jo valmis. »Kotitarpeen poltto» maassa lakkautettiin, hyväksyttiin kuntain itsehallintoa koskeva laki ja saatiin aikaan painovapauslaki, joka kumminkin pysyi voimassa vain pari vuotta.
Niinkuin aikaisemmin kerroimme, tapahtui Topeliuksen yksityisessä elämässä näihin aikoihin se edullinen muutos, että hänet nimitettiin hakemattansa vakinaiseen Suomen, Venäjän ja Pohjoismaiden historian professorinvirkaan. Luonteenomaisella tunnollisuudellaan ja tarmollaan miehuutensa parhaissa voimissa oleva runoilija antautuu uuden toimensa tehtäviin, joskaan hänellä ei ollut varsinaisen tiedemiehen kaikkia edellytyksiä. Topeliuksen historialliset tiedot olivat yhteydessä laajan maantuntemuksen kanssa, ja aikaisimman yliopistollisen opettajatoimensa hän alkoikin luennoimalla Suomen maantiedettä. Kuulijakunta oli aluksi vähälukuinen, johon oli syynä se, että Topelius, niinkuin olemme kertoneet, oli joutunut sangen yleiseen epäsuosioon 1854 vuoden sodan johdosta lausumiensa mielipiteiden vuoksi. Mutta tulipa kerran »koko» käännös, ja jää murtui. Eräs mestarillinen kuvaus Pohjanmaan luonnosta ja kansasta miellytti niin suuresti kuulijoita, että niitä seuraaville luennoille tulvi joukoittain, ja vähitellen oppisali alkoi käydä liian ahtaaksi lukuisalle kuulijakunnalle, johon myöskin kuului naisia. Eräs Topeliuksen entinen oppilas, professori E.G. Palmén, on huomauttanut, että Topelius ei pannut pääpainoa vuosilukuihin, päivämääriin, ehkei aina tärkeihin tosiasioihinkaan, mutta hän näytti kuulijoilleen ja lukijoilleen suurten aatteiden syntyä ja kasvua sekä kuvasi heille ihanteiden vaivalloista taistelua, jolla oli suurempi merkitys kuin jos hän olisi pyhittänyt koko elämänsä erityiskysymysten selvittämiselle. — — Tuntuu kenties monen ammattitutkijan ylpeydelle nöyryyttävältä, että hänen sitaateilla ja oppineilla muistutuksilla täytetyt tieteelliset teoksensa, vaikka edustavat vuosikausien uutteraa työtä, eivät anna niin täydellistä ja mieltä ylentävää kuvaa jostakin ajasta kuin Välskärin kertomukset, Ljungarsin taru, Suomen herttuatar, Kuninkaan hansikas, mutta niin se sittenkin on. Nuorten innostuksen juhlahetkiksi muodostuivat etenkin ne tilaisuudet, joissa Topelius suurin piirtein kuvaili kokonaista aikakautta tai niitä aatteita, jotka olivat jonkun historiallisen kehityskauden tai sen vaikuttavien henkilöiden johtotähtenä. »Tutkijaksi ei kyllä Topeliuksen luentojen kautta opastunut, mutta muistoja elinajakseen sai tarkka kuulija sekä vanhuuteen asti leimuavaa innostusta, isänmaanrakkautta, kun rakastettu opettaja, historioitsija ja runoilija yhtaikaa, loi kuvan muinaisuuden vaihtelevista tapauksista».
Epäilemättä piili Topeliuksen suuruus historioitsijana ainakin osaksi siinä, että hän »tunsi ihmiskunnan suuren sydämen sykinnän eri aikakausina» ja että hän saattoi oppilaansakin sitä tuntemaan. Kuvaava piirre hänen historiantutkimuksessaan on sekin, että hän hakee ihmistä sankareissansa ja koettaa tunkeutua heidän henkilöönsä päästäkseen perille heidän tekojensa vaikuttimesta. Tyhjentymätön on hänen myötätuntonsa kansan pohjakerroksia kohtaan, näitä syviä rivejä kohtaan, joiden sitkeä, kukistumaton voima kantaa raskaimmat taakat ja saattaa vihollisen runteleman maan jälleen kukoistamaan mitä hirvittävintenkin hävitysten jälkeen. Ja ylevän aatteen palvelijat ne historiassakin ovat hänen sankarinsa; ne, jotka kykenevät voittamaan oman itsensä, alistumaan yleisen menestyksen hyväksi, ne ja vain ne voivat edistää kansan ja ihmiskunnan onnea.
Se luottamus ja rakkaus, jota nuoriso oli ruvennut niin runsain määrin osoittamaan innokkaalle opettajalleen, kasvoi kasvamistaan ja ilmeni siinäkin, että nuoret usein pyysivät häntä tulkitsemaan niitä tunteita, jotka sen povessa liikkuivat. Eikä sen miehen puoleen, joka oli sepittänyt ylevähenkisen ja innostuttavan Ylioppilaslaulun, turhaan käännyttykään. Niinpä Topelius Vaasan lukiolaisten pyynnöstä kirjoitti Vaasan marssin pitäen kohtuullisena, että »heillä oli oma laulunsa, jonka ympärille he voivat kokoontua ikäänkuin kotiseutunsa lipun ympärille, joka on kehoituksena heille kaikkeen jaloon ja hyvään». Lähettäessään sydämiä sytyttävän ja reipaspoljentoisen marssinsa Vaasan lukiolaisille Topelius oli pyytänyt heitä pitämään sitä omanaan ja laulamaan sitä sukupolvesta sukupolveen maan kunniaksi ja omaksi ilokseen. Tämä toivomus on jo toteutunut, sillä tätä marssia on innostunein mielin soitettu ja laulettu lukemattomissa iltamissa ja juhlissa kautta maan aina sen syntymäajoilta näihin päiviin asti. Yhtä kuvaava kuin on runoilijan vaatimattomuudelle hänen ilonsa siitä, että laulu oli, niinkuin hän itse lausuu, saanut mahtavat siivet Collanin raikkaasta, kauniista ja nuorekkaasta sävelestä, on taaskin se laulussa lausuttu valoisa ja vankka luottamus, että maan onni ja menestys riippuvat sen nuorisosta:
Et turvatta sa, Suomi, jää. On vankka pohjas ranta tää, ja muuris meidän olla suo, jot' eivät myrskyt maahan luo. Pois unteluus, ja hervakkuus! Niin onnehen maan pohjaisen vie kunto, työ sen poikien.
Verraten lyhyen ajan Topelius oli toiminut koulunopettajana. Mutta paitsi etevällä yliopistollisella opettajatoimellaan hän tämän jälkeenkin monella tavalla osoitti, että hän koulua ja kasvatusasioita harrasti. V. 1864 perustettuun Helsingin Kasvatusopilliseen yhdistykseen hän liittyi jo alusta ja kuului neljäntoista vuoden kuluessa sen aikakauskirjan toimitukseen. Hän antautui innolla kannattamaan niitä uudistuspyrintöjä, jotka puheenalaisella ja seuraavalla kymmenluvulla on havaittavissa koulun alalla. Hän on jyrkkä vastustuksen mies, mutta aavistaen, ettei hän yksin voisi murtaa ajassa vallitsevia ennakkoluuloja hän eräässä mainitussa aikakauskirjassa julkaisemassaan riitakirjoituksessa epätoivoisena valittaa, että oli lähtenyt kuljettamaan puulaivaa taisteluun monitooreja vastaan. Hänet tietysti ensi törmäyksessä ammuttaisiin upoksiin, hän oli vaipuva pohjaan eikä hän ollut kyennyt ampumaan edes vuotoakaan niihin pansaroituihin järjestelmiin, joita lukuisilla hevosvoimilla kuljetettiin eteenpäin ajan valtaväylässä. Vaatimattomana niinkuin ainakin Topelius ei katsonut tällä alalla olevansa asiantuntija, ja kuitenkin hänen lausuntonsa osoittavat, että hän oli perehtynyt sekä Rousseaun, Pestalozzin että Herbartin oppeihin. Hänen lausuntonsa saivat sitä suuremman kantavuuden, kun niissä tämän lisäksi niin kauniisti kuvastuivat hänen käsityksensä koulunopettajan toimesta korkeana elämäntehtävänä ja hänen lämmin rakkautensa lapsiin ja nuorisoon. Oppikoulumme pahin vika, joka siis kipeimmin kaipasi parannusta, oli Topeliuksen mielestä siinä, että keskiaikaista perintätapaa noudattaen yksipuolisesti pidettiin silmällä järjen kehittämistä ja tietojen kokoamista. Täten kasvatin siveelliset avut, hänen tahto- ja tunne-elämänsä, jäivät vaille sitä ravintoa, joka niiden luontaiselle kehitykselle oli välttämätön. Siten koulu vain puolinaisesti täytti tehtävänsä, jonka päämääränä kumminkin on koko ihmisen kasvattaminen. Myöntäen älyn kehittämisen suuren tärkeyden Topelius toi pontevasti esiin, että sen ohella oli kasvatettava lujia, rohkeita luonteita, jotka oikeudentunnon ja isänmaanrakkauden johtamina pystyivät kieltämään itsensä ja, jos vaadittiin, vieläpä mieskohtaisestikin puolustamaan maatansa vaaran hetkellä. Lähtien väitteestä, että kansa, joka ei kykene puolustamaan itseään, ei myöskään ansaitse elää, Topelius johtuu niin jyrkkään vaatimukseen kuin että aseharjoitukset oli otettava poikakoulujen aineisiin. Hän pelkää, eikä syyttä, että isänmaanrakkaus, uhrautuvaisuus ja muut tällaiset käsitteet jäävät oppilaille tyhjiksi ja sisällyksettömiksi, ellei heitä johdeta likeiseen kosketukseen elävän elämän, kansansa ja maansa kanssa. Nuoriso oli saatettava kansan- ja luonnonelämän yhteyteen jalkamatkojen sekä loma-aikoina toimeenpantujen vene- ja muiden retkien avulla. Nuorten tuli ottaa osaa maalaistöihin, kansanjuhliin j.n.e. Tyttökouluissa on entisten aineiden lisäksi opetettava lasten- ja sairashoitoa, muuten tytöt eivät saisi selvää käsitystä velvollisuuksistaan ihmiskuntaa kohtaan.
Topelius oli tahtonut lausua vain joitakuita koulutoiminnan johtavia aatteita. Niiden sovelluttamisen käytännössä hän jätti asiaaymmärtäville ammattimiehille. Vain muutamiin näistä aatteista olemme tässä voineet viitata, mutta nämäkin lyhyet viittaukset riittänevät osoittamaan, miten tosi-inhimillinen ja samalla isänmaallinen ja kansallinen runoilijan kouluihanne oli. Kuinka raitista ja tervettä olikaan se uusi, jolla Topelius tahtoi nuorruttaa ja parantaa kouluolojamme, kuinka oikeutettu se vaatimus, että ajatuksen ja todellisuuden maailma olivat saatavat likeisempään yhteyteen keskenään ja että oppilasta oli kasvatettava yhteiskuntaelämää varten. Tälläkin alalla hän lausui mielipiteitä, joista monet vasta meidän aikoinamme ovat toteutuneet, ja se seikka, ettei kaikkia hänen lausumiansa aatteita ole voitu toteuttaa, ei suinkaan todista, etteivät nekin silti saata olla täysin oikeutettuja.
Luonnollista on, että Topelius oli mieskohtaisessakin kosketuksessa koulunuorison kanssa. Hän oli kerran muutamia vuosia ennen kuolemaansa lausunut, että hänen suurelta osalta tuli kiittää koulujen nuorisoa siitä, jos hän vielä pitkän elämänsä iltahetkinä oli säilyttänyt jotakin nuoruutta. Eritoten Helsingin ruotsalainen tyttökoulu joutui runoilijan elämän viimeisinä vuosikymmeninä hänen mielenkiintoisen huomionsa ja erityisen harrastuksensa esineeksi. Hän toimi sen kouluneuvoston puheenjohtajana, puhui sen vuositutkinnoissa, kuunteli opetusta ja oli aina tervetulleena vieraana ja rakkaana ystävänä mukana koulun toimeenpanemissa juhlissa. Hän kannatti lämpimästi naisen oikeutta kaikenpuoliseen sivistykseen, täysin oivaltaen, että ainoastaan semmoisen sivistyksen saaneista naisista saattoi tulla kelvollisia kasvattajia ja äitejä. Hän oli monivuotisessa, läheisessä kosketuksessa tämän koulun opettajiston ja oppilaitten kanssa vaikuttaen aina hyvin harkituilla ja hyväntahtoisilla neuvoillaan valtavasti oppilaitoksen sisällisen elämän kehitykseen.