Pyhä Sosima kuoli 18 p. huhtik. 1478 ja haudattiin arkkuun, jonka hän oli itse valmistanut. Ihmeitä alkoi hänenkin haudallaan tapahtua.
Muutamia vuosia hänen jälkeensä kuoli kolmas luostarin alkuperustajista, German. Hän oli kotoisin Totman kaupungista. Ei osannut lukea, mutta oli ahkera työmies. Häntä pidetään yhtä suuressa arvossa kuin Sauvattia ja Sosimaa.
Hauska olisi tietää, mihin kansaan nämä kolme miestä oikeastaan kuuluivat. Jos syntymäpaikka yksinään riittäisi määräämään kansallisuuden, täytyisi ainakin Sosimaa sanoa suomalaiseksi, koska Toivoja on Karjalassa, ja tavallansa myöskin Sauvattia, jos hän oli Valgetjärveltä kotoisin, sillä siellä vielä tänäkin päivänä asuu suomensukuista kansaa. Nimi Sosima muuten on merkillisesti Suosiman kaltainen ja sopisi hyvin olemaan vanha suomalainen nimi. Germanin nimi ei taas ollenkaan kuulu venäläiseltä — vaikk'ei kyllä suomalaiseltakaan. Hän oleskeli aikaisemmin Vienanmeren rannikolla, joka silloin vielä lienee ollut aivan suomalainen.
Sivumennen tässä muutama sana luostarisaarista. Niitä on neljä isompaa ja useampia pienempiä. Pääsaari "Solovki" on kolmatta penikulmaa pitkä ja kahta leveä, toinen saari "Anseer", ensimmäisestä koilliseen, puolta pienempi, kolmas, "Muksalma", vieläkin pienempi, Anseerista etelään päin, ja neljäs, "Sajatshij", on pääsaaren etelänokan länsipuolella. Saaret ovat hyvin kauniita, mäkisiä ja järvisiä, kasvaen lehti- ja havumetsiä sekä runsaasti heinää. Pahin haitta on niiden etäisyys mantereesta, 5-6 penik., joka vaikuttaa, että yhteys mannermaan kanssa on puolisen vuotta katkaistuna. Että suomalaiset ovat saarille ensiksi nimet antaneet, näyttää epäilemättömältä, vaikka ainoastaan Sajatshia kuulin Jänissaareksi mainittavan. Anseer selitetään muodostetuksi Hanhisaaresta, ja Muksalman saari on mielestäni jotenkin selvästi Mutkasalmen saari. Mitä pääsaareen tulee, nimitetään sitä meillä kirjoissa tavallisesti Solokan saareksi, vaikk'en sitä kuullut enemmän kuin muuksikaan (paitsi luostarisaareksi) sanottavan. Millä perustuksella tämä nimi (Solokka) sille on annettu, en tiedä taikka en muista, ja voipihan se kyllä olla oikea. Sopivampi kuitenkin olisi "Solukkasaari" ja siitä lyhennettynä Solukka, koska saari on täynnä lahdenperukoita ja salmen solukoita. Solukoista muistuttaa myöskin nimi Mutkasalmi.
Ensi ajat Sosiman kuoleman jälkeen eivät tarjoa mitään erittäin mainittavaa. Kun tsaari Iivana III, v. 1478 kukistettuaan Novgorodin tasavallan, oli laskenut valtansa alle sen alusmaat Vienanmerenkin rannalla, vahvisti hän kaikki luostarille annetut lahjoitukset, etupäässä saaret, joihin ruhtinaallisen vihansa uhalla kielsi kaikkia rantalaisia tulemasta. Luostarin apotit seurasivat tiheästi toisiansa; puolen vuosisadan kuluessa oli kaksikymmentä miestä luostarin päällikköinä. Aleksein esimiehyyden aikana saapui luostariin tuntematon vieras, joka jumalisuudellaan ja ahkeruudellaan kohta alkoi vetää kaikkien silmät puoleensa ja viimein niin viehätti veljeksiä, että hänet kymmenen vuoden perästä valittiin apotiksi; se oli pyhä Filip, aatelisnimeltään Feodor Kolitshev, joka hovielämään kyllästyneenä rupesi munkiksi. Hän on Solovetsin luostarin uudestaperustaja. Hänen hallituskautensa kesti 18 vuotta (1548-66), ja melkein kaikki ne rakennukset, jotka nykyään luostarissa herättävät ihmetystämme, ovat sinä aikana joko rakennetut tai ainakin perustetut. V. 1538 oli näet ukkosen tuli polttanut suurimman osan luostaria, ja Filipin tullessa esimieheksi ei uutisrakennuksiin vielä ollut jaksettu ryhtyä. Hän kävi niihin innolla käsiksi. Maarian taivaaseenastumisen ja Kristuksen kirkastuksen puukirkkojen sijaan hän, niinkuin jo edellä on mainittu, rakensi nykyiset komeat kivikirkot, jotka lisäksi varusti kaikilla tarpeellisilla kaluilla: maljoilla, suitsutuskupeilla, pyhillä kuvilla, puvuilla y.m. Munkkeja varten hän rakensi kaksi- ja kolmikerroksisia kivihuoneuksia luostarin sisälle, — sen ulkopuolelle pyhiinvaeltajia ja työmiehiä sekä sairaita varten laajan hospitaalin. Muksalman saarelle hän perusti karjatalon ja Jänissaarelle erakko-asumuksen eli skiitan. Hän rakensi maanteitä pääsaaren halki ja yhdisti saaren monilukuisista järvistä 52 toisiinsa kanavilla, saadakseen vettä luostarin syrjään asetetulle myllylleen. Lopuksi hän järjesti niiden laajain alusmaitten hallinnon, jotka tsaari Iivana Julma luostarille lahjoitti sen tulipalossa saamien vammain parantamiseksi. Kaikissa muissa paitsi hengenrangaistusasioissa nämä alusmaat kuuluivat luostarin alle, josta saivat virkamiehensä ja jolle maksoivat veronsa. — Munkkihallitus ei näy olleen helpointa laatua, sillä tuossa kirjassa "Solovetskij paaterik" mainitaan kehumalla, kuinka Filip esim. määräsi, milloin mitkin työt oli tehtävä, tai millä siemenillä pellot oli kylvettävä; niin ikään ilmoitetaan, että juoppous ja nopanheitto kiellettiin jalkapuurangaistuksen ja alusmaista karkoituksen uhalla.
Filip sai katkeran palkan elämänsä töistä: marttyyrikruunun. Niin kauan kuin hän asui Solovetsissa, oli Moskovan tsaari Iivana, jonka lapsuudenystävä Filip oli, monin tavoin osoittanut mielisuosiotansa häntä ja luostaria kohtaan. Hän oli luostarille lahjoittanut alusmaita, hän kohotti sen määrän suoloja, jonka luostari ilman veroa sai myödä, 6,000:sta puudasta 10,000:een (20,000 leiviskään) ja salli luostarin sillä summalla ostaa tarpeitansa ilman tullia; kirkkojen rakentamiseen hän puhtaassa rahassa antoi tuhansia ruplia. Viimein, kun ylin hengellinen virka Venäjällä, metropoliitan virka Moskovassa, tuli avoimeksi v. 1566, hän kutsui siihen Filipin Solovetsistä. Mutta tämän jälkeen kohta tapahtui jyrkkä käänne ystävyydessä. Iivana oli mielivaltainen ja julma, aina valmis himojensa yllytyksiä noudattamaan; piispa Filip, joka nuoruudesta asti oli ruumistaan kurittanut, oli taas elämässään hyvin tarkka ja mielenlaadultaan vakava. Että Iivanan hurja elämä häntä loukkasi, oli luonnollista, ja kun Filip Venäjän hengellisen vallan edustajana tavallaan oli Iivanan vertainen sekä luostarinpäällikkönä oli tottunut käskemiseen ja ehdottomaan tottelevaisuuteen käskynalaisten puolelta, oli yhtä luonnollista, että hän rupesi Iivanaa ensin siivommin, sitten yhä kovemmin nuhtelemaan hänen elämästään. Loppupäätös oli, että Iivana pani hänet viralta ja sulki hänet vankeuteen — jossa muun muassa kerran piti häntä nälistyneen karhun kanssa samassa huoneessa! — sekä viimein surmautti hänet Tverissä 23 p. jouluk. 1569. Hänet haudattiin Tveriin, mutta v. 1591 ruumis siirrettiin Solovetsiin ja sieltä v. 1652 tsaari Aleksei Mihailovitshin ja patriarkka Nikonin toimesta Moskovan Taivaaseenastumiskirkkoon.
Ne alusmaat, joiden isännäksi luostari Iivanan anteliaisuuden kautta oli tullut ja jotka Vienanmeren länsipuolella käsittivät suurimman osan, jollei koko Karjalaa, tekivät luostarista maallisen (poliittisen) mahdin; ja nyt alkaa luostarin historiassa ajanjakso, joka hyvin likeisesti koskee meitä. Tähän aikaan olivat näet Oulujärven seudut ja Oulujoen latvahaarat alkaneet meikäläisten puolelta kansoittua, ja kun maan asutus Karjalassakin lienee jo noussut Kemijoen latvoille asti, tultiin Maanselällä yhteen. Yhtyminen olisi kernaammin saanut olla ystävällinen, koska saman kansan jäsenet siellä kohtasivat toisensa, mutta että niin ei käynyt, siihen oli monta syytä vaikuttamassa. Ensinnäkin valtiolliset: Venäjä nim. väitti, että Pähkinäsaaren rauhassa v. 1323 määrätty raja pohjoisessa kulki Savosta Pyhäjoen suulle, ja vaati sen nojalla koko Oulun läänin omaksensa, jota vaatimusta Ruotsi taas vastusti; tässä siis jo hyvä riidan aihe. Toisena syynä vihollisuuteen olivat uskonnolliset seikat. Olemme nähneet, kuinka Solovetsin luostari menestyi, ja voimme arvata, että se ahkerasti koki levittää uskoansa, mutta Ruotsin puolella alkoi taas jo varmaan se uskonpuhdistus, jonka Kustaa Vaasa oli pannut toimeen, vähitellen juurtua kansankin mieleen; valtiolliseen erimielisyyteen yhtyi siis uskonnollinenkin, joka, niinkuin tiedetään, voipi ihmisten mielet kiihdyttää yhtä suureen vimmaan, jollei suurempaankin, kuin edellinen. Lopuksi käsitys samasta kansallisuudesta epäilemättä oli hyvin hämärä jo siihen aikaan, sillä karjalaiset olivat silloin jo pari sataa vuotta kuuluneet Venäjän alle ja meidänpuolelaiset vielä kauemmin Ruotsin; ja että seuraus kaikista näistä asianhaaroista oli kylmäkiskoisuus ja vihamielisyys, joka tilaisuuden sattuessa leimahti ilmi sotaan, täytyy myöntää luonnolliseksi, niin katkerasti valitettavaa kuin toiselta puolen onkin, että veli veljeään ryhtyy sokeudessansa toisten hyväksi raatelemaan.
Solovetsin luostaria uhkasi vaara ulkonaisen vihollisen puolelta ensi kerran v. 1570, jolloin muutamia ruotsalaisia laivoja ilmestyi Vienanmerelle; vaara kuitenkin meni ohitse vahingotta. Mutta sen johdosta toimitettiin luostarin puolustukseksi Moskovasta sotapäällikkö muutamain tarkk'ampujain ja tykkiniekkain kera ynnä neljä tykkiä, 400 kivääriä ja muita aseita sekä satamäärä puutaa ruutia, jota varastoa kohta sen jälkeen vielä lisättiin; sen ohessa päällikkö valtuutettiin alusmaista nostamaan sata sotamiestä, ja luostarin ympäri rakennettiin puinen linnoitus. Varusväki oli kesäkaudet luostarissa, mutta siirtyi talveksi Sumaan tai Kemiin mannermaalle. Ensimmäinen laajempi retki tapahtui Suomen puolelta v. 1579, jolloin luostarikronikan mukaan suuri määrä "Kajaanin nemtsejä" hyökkäsi Kemin volostiin oli piirikuntaan, hävitti paikkakuntia ja hajoitti maakunnan avuksi rientäneen vojevodi Oserovin sotajoukon, jolloin Oserov itse ja suurin osa hänen miehiänsä kaatui. Seuraavana vuonna 1580 kajaaninpuoliset, 3,000 miestä luvultaan (?), uudistivat retken, mutta vähemmällä menestyksellä: turhaan yritettyään valloittaa Kemin saarta he kolmipäiväisen tappelun perästä, jossa kaksi heidän päämiestään kaatui, saivat lähteä pakoon. Nyt seurasi lyhyt aikakausi, jolloin ei ainakaan laajempia retkiä tehty; sitä käytettiin Venäjän puolella niiden paksujen kivimuurien rakentamiseen luostarin suojaksi, jotka vieläkin sitä ympäröivät, sekä Suman kauppalan varustamiseen puisella linnoituksella. Ensinmainittuun laajaan työhön ryhdyttiin v. 1584, mutta ennenkuin se saatiin valmiiksi, tapahtui taas hävitysretki Suomen puolelta sen retken kostamiseksi, joka vuotta ennen oli Karjalasta Kajaaniin tehty. Iiläisen Juho Vesaisen johdolla meidänpuolelaisia 700 miestä v. 1589 (tai 1590) kulki alas Koutajokea Kantalahden tienoille, ryösti ja poltti Koudan, Kantalahden, Umban, Kieretin ja muita kyliä, tuli sitten Kemin piirikuntaan niin ikään hävittämään ja palasi ylös Kemijokea kotiin. Nyt lähetettiin luostariin 600 miestä apuväkeä, jotka syksyllä 1590 siirtyivät Suijuun ja sitten talvella 1590-91 muiden joukkojen kanssa tekivät retken Oulujokea alas Pohjanlahden rannalle, jossa hävittivät rantamaan Siikajoelta Kelloon asti. Venäläisten lähteiden mukaan tämä retkikunta käsitti 1,300 miestä. Vesainen ei silloin ollut kotiseuduilla; hän oli joukkoineen lähtenyt Jäämerelle, jossa perinpohjin hävitti venäläisten rakentaman Petshingin luostarin ja teki rynnäkön Kuollaakin vastaan, joka ei kuitenkaan onnistunut. Seuraavina vuosina tehtiin Suomen puolelta ainakin kaksi retkeä rajan taa: toinen Kuollaa vastaan, taaskin turhaan, toinen, suurempi, Baggen johtamana Vienanmerelle, jossa kuitenkin Suman edustalla viimein kärsittiin tappio. Yrjö Koskisen historian mukaan tapahtui viimeinen ryöstöretki näillä ajoin Venäjän puolelta kevättalvella 1592, jolloin ruhtinas Volkonskij 4,000 tataarilaisen ratsumiehen kera muutti Oulun tienoot suitseviksi raunioiksi. Tästä retkestä ei Castrénin otteessa mainita mitään; kenties se on pidettävä samana kuin äskenmainittu talvella 1590-91 tehty, josta Koskinen taas ei mainitse mitään. Sen sijaan Castrénin otteen mukaan suomalaiset syyskuussa 1592 Maurits Laurinin ja eversti Hannun komennossa vielä tekivät retken Vienanmerelle, jossa hävittivät koko maan aina Sumaan asti, ja venäläiset seuraavana talvena kostivat tämän retkellä Kajaanin seuduille. Kenties tämä Laurinin retki on sama kuin Koskisen mainitsema Baggen, ja tuo retki Kajaanin seuduille sama kuin Volkonskijn, niin että ainoastaan vuosiluvut olisivat yhteen sovitettavat.
Luostarin merkitys näissä tapahtumissa ei suinkaan ollut vähäinen. Se tarjosi jo pelkän asemansa kautta keskellä merta sotavoimalle luotettavan turvapaikan; rikkauksillaan, joita sille yhä karttui, se vielä lisäksi pystyi elättämään satamäärin sotamiehiä, ja ennen kaikkea se tarkasti valvoi ja piti silmällä tämänpuolisia oloja sekä antoi niistä joutuisan tiedon hallitukselle Moskovaan. Edellämainitut retket Venäjän puolelta olivat kuitenkin arvattavasti yksistään hallituksen toimittamia, jota siihen aikaan johtivat nerokkaat miehet: ensin Iivana Julma (vuoteen 1584) ja sitten Boris Godunov (vuoteen 1605), eikä luostarin puolelta siis vaadittu mitään itsetointa — paljas kuuliaisuus ja alttius riitti. Mutta seuraavan vuosisadan alussa, kun Venäjän vanha hallitsijasuku oli kuollut ja sisäiset puolueet sekä ulkomaiset viholliset uhkasivat kerrassaan kappaleiksi hajoittaa koko valtakunnan, tuli aika, jolloin luostari-isien ei sopinut toisen neuvoa tai käskyä noudattaa, vaan itse täytyi tehdä päätöksensä; ja tämän koetteen he kestivät kunnialla.
Alusta vuotta 1593 tehtiin aselepo Venäjän ja Ruotsin välillä, jota kohta seurasi varsinainen rauha Täyssinässä 1595. Nyt elettiin sovussa toistakymmentä vuotta. Solovetsin apottina oli silloin Jaakov. Hänen aikanansa valmistuivat 1594 muurit luostarin ympärille kahdeksine torneineen. Koko tämä laaja 10-vuotinen työ tehtiin luostarin kustannuksella, ja lähimpänä päällysmiehenä oli munkki Trifon. Jaakov laski perustuksen Anseerin skiitalle siten, että kun 20 vuotta varemmin rakennettavaksi määrätty Nikolain kivikirkko alkoi valmistua, hän muutti sen sijalla ennen seisoneen puukirkon Hanhisäärelle; sanotun skiitan varsinainen perustaja on muuten munkki Eleasar. Jaakovia seurasi esimiehenä ensin Isidor (1598-1605) ja sitten Antonij (1605-12), liikanimeltä "miehuullinen" (dooblestnij). Hänen aikanansa sattui juuri tuo arveluttava tila Venäjän kansan elämässä, jolloin avonaiselle hallitusistuimelle ilmestyi jos jonkinlaisia pyrkijöitä, niin omamaisia kuin ulkolaisia, jotka virittivät sodan ja kapinan liekin kaikkialla palamaan. Aluksi Solovetsi oli tapauksista vähän syrjässä, mutta kohta sekin vedettiin pyörteeseen, kun helmikuulla 1609 hallitseva puolue Venäjällä teki. Ruotsin kuninkaan Kaarle IX:n kanssa liiton Viipurissa, jonka mukaan Kaarle lupasi tsaari Vasilij Shuiskijlle apuansa puolalaisten kannattamia kapinoitsijoita vastaan sillä ehdolla, että Käkisalmen eli Karjalan lääni jätettäisiin Ruotsille. Oulun ja Kajaanin sotapäällikkö Isak Behm (Böhm?) lähetti tämän johdosta jo keväällä v. 1609 kirjeen luostariin, jossa hän mainittuaan Viipurissa tehdystä sopimuksesta ilmoitti, että kuningas oli käskenyt hänen Karjalan kautta sotaväkineen tulla Venäjälle avuksi, ja sen johdosta kysyi, kenen puolta luostari piti: Vasilij Shuiskijn vaiko Vale-Dmitrijn ja kapinallisten, ja saisiko hän esteettömästi marssia luostarin alusmaitten läpi. Mitä Antonijn piti tähän hankalaan kysymykseen vastata? Pitikö hänen vastata myöntävästi — ja siten vapaaehtoisesti jättää maansa avoimeksi niille, jotka kymmenkunta vuotta sitten olivat tulella ja miekalla sitä hävittäneet ja jotka kenties jättäisivät marssinsa keski-Venäjälle sikseen, kun Karjalan olisivat haltuunsa saaneet? Vai kieltävästikö — ja siten synnyttää epäluuloa siinä ruotsalaisten pääjoukossa, joka Novgorodissa jo oli yhtynyt tsaarin sotavoimiin? Tuossa kirjassa luostarin "sankaritöistä" sanotaan epämääräisesti, että Antonij hylkäsi kaikki "vihollisten" esitykset; mutta Castrén sanoo, että kronikasta ei selvästi näy, tokko mitään vastausta kirjeeseen lähetettiin, ja vaitiolo näyttääkin olleen sopivinta luostarille. Sillä että se kannatti Vasilijn asiaa, voipi jotenkin varmasti päättää siitä, että luostarista lähetettiin tsaarille yli 3,000 ruplaa ja hänen sotapäällikölleen ja veljenpojalleen Mihail Shuiskijlle 5,000 ruplaa; mutta kummallista ja varomatonta olisi tietysti ollut samalla ilmoittaa, että se piti tsaarin hyviä ystäviä, ruotsalaisia, ei minään liittolaisina, vaan verivihollisina. Oli miten oli, ainakaan ei luostarista varmasti myöntävää vastausta saatu, ja kenties se vaikutti, että meikäläisten aiottu retki siltä vuodelta raukesi tyhjiin, — asia, joka luostari-isille arvattavasti oli hyvin mieleen.