Seuraavana vuonna 1610 täältä kuitenkin lähdettiin matkaan. Mutta kun rajan yli tultiin, pakeni kaikki kansa asuinpaikoiltaan, niin että ruokavaroista syntyi kova puute ja töin tuskin päästiin "Tshopan" (Suopas-salmen?) kylään, josta oli pakko palata takaisin. Vastaanotto ei siis ollut erittäin ystävällistä, ja kiitos käynnistä oli vielä kummempi, sillä kohta sen jälkeen Karjalan puolelta tehtiin hävitysretki meidän puolelle rajaa — samaan aikaan kuin Suomen armeija pelastajana marssi Moskovan porteista sisään!
Tähän karjalaisten käytökseen oli varmaan luostari suuressa määrin syypää, sillä se hallitsi yksinvaltaisesti näillä seuduin ja olisi epäilemättä, jos olisi tahtonut, voinut pakottaa alamaisensa noudattamaan toisenlaista käytöstapaa.
Täytyy myöntää, että meidänpuolelaisilla oli syytä harmiin; ja harmia lienee lisännyt se ajatus, että luostarissa ehkä oli aavistettu, mikä Ruotsin oikea tarkoitus oli. Se nimittäin ei ollut mikään vähempi kuin saada koko Karjala Vienanmereen asti Ruotsin valtaan. Kun kahtena edellisenä vuonna ei hyvällä ollut voitu toimittaa mitään Karjalan suhteen, päätettiin nyt vihapäissä tehdä varsinaiset vainoretket rajan taa; mutta sitä ennen sentään vieläkin kerran yritettiin sovinnolla jotakin saada aikaan. Kajaanin ja Oulun käskynhaltijan Erik Haren (Jäniksen?) kautta tuli näet arvatenkin v. 1611 luostariin kuningas Kaarlelta kirje, joka tosin on joutunut hukkaan, mutta jonka voipi, siihen annetusta vastauksesta päättäen, arvata sisältäneen kysymyksen, hyväksyisikö luostari tsaariksi Kaarlen pojista jommankumman. Kysymyksenä siihen aikaan näet oli, että joko Kustaa Aadolf tai Kaarle Filip valittaisiin Venäjän tsaariksi, ja seuraavana vuonna vaali tapahtuikin Novgorodissa ja Moskovassa. Antonijn vastaus oli tällä kertaa lyhyt ja selvä: "Täällä Solovetsin luostarissa sekä Suman linnassa ja koko Vienanmeren maakunnassa on kaikilla tämä ajatus: me emme tahdo ketään vierasuskoista Tsaariksi ja Suuriruhtinaaksi Moskovan valtakuntaan, vaan kotimaisen, oikeauskoisen pajarin." Kirje on kirjoitettu Suman linnassa 12 p. maalisk. 1611.
Kaksi vuotta pidettyään meidänpuolelaisia epätietoisina todellisista mielipiteistään ja kaikenlaisilla tekosyillä estettyään heitä maahan tulemasta, luostari-isät nyt heittivät naamarin kasvoiltansa. Tämä kävi nyt paremmin laatuun siksi, että Venäjän ja Ruotsin välit olivat rikkuneet; venäläisten oli nimittäin ollut pakko tsaarikseen valita Ruotsin vihollisen, Puolan kuninkaan poika, eivätkä he enää olleet taipuvaiset Ruotsille antamaan Käkisalmen lääniä, joka yhä vielä oli heidän vallassansa, niin että Ruotsi valmistausi sitä väkivallalla ottamaan. Mutta toiselta puolen luostari varmaan tiesi, että sen alusmaihin valmistettiin sotaretkeä täältä, tiesi kenties myöskin, että Käkisalmi, jota suomalaiset kuusi kuukautta olivat piirittäneet, jo oli kukistunut (2 p. maalisk.), ja isien vastaus oli siis rohkea ja uskalias. Kauan ei heidän tarvinnut meidänpuolisten tuloa odottaakaan. Jo kevättalvesta täältä lähti Kuollaan retkikunta, joka ei näytä olleen mikään paljas ryöstöjoukko, vaan säännöllinen sotavoima, päättäen siitä, että sillä kerrotaan olleen piirityskoneitakin ja hevosväkeä muassaan. Rynnäkkö ei kuitenkaan onnistunut, kuollalaiset puolustivat urhoollisesti kaupunkiansa, ja retkikunnan täytyi tyhjin toimin palata — muonavaroista arvatenkin pian tuli puute. Kesällä, samaan aikaan kuin de la Gardie valloitti suuren Novgorodin, he sitten lähtivät uudelle retkelle itse luostaria vastaan. Tällä matkalla he nyt lähenivät luostaria 3 penikulman päähän, kulkien pienillä veneillä Kusovoin saariin, jotka ovat Kemistä alkavan, kolmatta penikulmaa laajan saariston äärimmäisessä laidassa. Luostarikronikan mukaan he näissä saarissa viipyivät koko kesäkauden, voimatta kuitenkaan mitään luostaria vastaan, jota sen Ihmeidentekijäin rukoukset niinkuin edespäinkin varjelivat. Tuo sana "koko kesäkauden" lienee vain retoorinen puheenparsi, sillä vähemmässäkin ajassa olisi meikäläisten luullut käsittävän, että heidän oli mahdoton arvatenkin mitättömillä sotakoneillaan valloittaa luostaria, jota vankat muurit ympäröivät ja joka tietysti oli sekä sotaväellä että ampuma- ja muonavaroilla yltäkyllin varustettu. Lähin syy meikäläisten poislähtöön lienee ollut venäläisen armeijan tulo Sumaan, joka uhkasi katkaista heiltä paluutien; sekä luostarista että Kuollasta oli nimittäin lähetetty sana Moskovaan, kohta kun meidän puolelta lähdettiin Kuollaa vastaan. Venäläisiä johti vojevodi Liharjev ja golova Bjesednevo; he tulivat Sumaan 15 p. elok. ja toimitettuaan sieltä sovinnollisen kirjeen meidän puolelle, meikäläisille silmänlumeeksi, lähtivät sitten kohta Kusovoin saarella majailijoita vastaan. Näiltä he vaativat sodan lakkauttamista tapahtuneen välirauhan johdosta — valloitettuaan Novgorodin oli näet de la Gardie pakottanut pohjoisvenäläiset pyytämään tsaarikseen jotakuta ruotsalaista prinssiä, ja sota sielläpäin oli siis lakannut; mutta meikäläiset, joille luultavasti välirauha oli tuntematon, puolestaan vaativat luostarin esimieheltä Suman linnaa alueineen heille luovutettavaksi. Tämän vaatimuksen Antonij kokonaan hylkäsi, ja loppupäätös oli, että meikäläiset saivat palata tyhjin toimin täältäkin samoin kuin Kuollasta.
Seuraavana vuonna 1612 Antonij kuoli, ja hänen jälkeläisekseen tuli Prinarh. Hän oli rohkea ja toimelias mies niinkuin Antonijkin. Hänen aikanansa ruvettiin heti Suman ja Kemin linnoja uusilla linnoituksilla vahvistamaan, ja se sotavoima, jonka luostari omalla kustannuksellaan piti aseissa, nostettiin 1,040 mieheen. Laajempia retkiä ei kuitenkaan näillä mailla enää tehty — osaksi kenties juuri sen tähden, että Venäjän puolella oltiin hyvästi varustetut, osaksi sen tähden, että asiat Ruotsin puolella olivat muuttuneet, kun jäntevä Kaarle IX oli kuollut ja tanskalaiset julistaneet sodan Ruotsia vastaan. Niin mielet pohjan mailla vähitellen asettuivat, ja v. 1614 tehtiin Solovetsin luostarin ja Haren välillä rauha — kolme vuotta ennen rauhaa Ruotsin ja Venäjän välillä. Raja Oulun läänin ja Karjalan välillä jäi entiselleen.
Voitollisesti, niinkuin näemme, oli siis luostari osannut selvitä ajan myrskyistä ja päästä rauhan satamaan, ja oikeutetulla ylpeydellä venäläiset voivat viitata luostarin tämänaikuiseen historiaan. Se kysymys, josta täällä pohjan perillä kiisteltiin, ei nimittäin, niinkuin tarkemmin tutkiessa kohta huomaamme, ollut kysymys tämän taikka tuon valtaanpyrkijän kannattamisesta ja vapaasta marssista Karjalan läpi hänen avukseen, vaan ihan toinen: se oli kysymys Karjalan tulevaisuudesta, pitikö sen yhä edelleen jäädä Venäjän valtaan vaiko asevoimin yhdistyä muuhun Suomeen. Meidänpuolisten pyyteitä tässä suhteessa ilmaisee aivan selvästi eräs kirje, joka lähetettiin luostariin ja jossa vaaditaan Ruotsille annettujen lupausten täyttämistä; kopio kirjeestä säilytetään luostarissa. Siinä muun muassa sanotaan: "Teidän tsaarinne Vasilij ja ruhtinas Mihail lupasivat meille palveluksestamme Karjalan kaupungin [Käkisalmen], Kuollan ja Orjeshokin [Pähkinälinnan eli Lyssenin Laatokan rannalla], ja vaihtoivat sitten Orjeshokin Suman linnaan. Ja me menimme ja panimme päämme teidän edestänne alttiiksi. Älkäät siis luopuko lupauksistanne. Meidän armollinen kuninkaamme ei tahdo ruveta viholliseksenne, vaan tahtoo saada vanhan rajan Dubiin ja Solotsiin asti. Mutta jos ette hyvällä anna takaisin vanhaa rajaa Dubiin ja Solotsiin, niin armollinen kuninkaamme tulee sotavoimalla ja valloittaa kaikki hänelle luvatut kaupungit ja Suman linnan." Missä Dub eli Starij Dub ("vanha tammi") on, en tiedä sanoa, luultavasti jossakin Laatokan rannalla,[23] mutta Solots on luostarikirjain mukaan koski niillä tienoin, missä Uiunjoki laskee Vienanmereen. Länteen Vienajoesta tulevan maan, toisin sanoen koko Karjalan, siis mainittu kirje vaatii Suomelle. Kirje näyttää lähetetyn talvella 1610-11, mutta todennäköisintä on, että jo alusta pitäen Karjalan valloitus oli se päämäärä, johon Ruotsin puolelta pyrittiin. Luostari-isäin käytös kuitenkin viittaa siihen, että he paikalla aavistelivat jotakin tämmöistä tarkoitusta "liittolaisten" puolelta, ja heidän tarkkanäköisyydellensä täytyy siis antaa täysi kunnioitus. Kaikki tiedot Antonijsta, niin vajavaiset kuin ne ovatkin, vakuuttavat, että hän oli etevä valtiomies, joka täydellisesti käsitti aikansa olot ja jonka rinnalle hänen vastustajansa, Oulun läänin johtavat miehet, valitettavasti eivät ollenkaan voi pyrkiä.
Näiden levottomain aikain perästä, joiden muistona luostarin aarrekamarissa vielä säilytetään Venäjän vapautussankarien, ruhtinasten Mihail Shuiskijn ja Dmitrij Posharskijn miekat, seurasi Solovetsin asukkaille puolen vuosisadan rauhanaika, jolloin he saivat hoitaa yksityisiä sisällisiä toimiansa. Tärkeimpänä tältä ajalta mainitaan, että munkki Eleasar, monta vuotta asuttuaan autiolla Hanhisaarella ja tuon tuostakin vieraana luonansa nähtyään itse pimeyden ruhtinaan, perusti sinne erakkoluostarin. Siinä m.m. Venäjän vastainen patriarkka, Nikon, vietti kolme vuotta kovissa katumuksenharjoituksissa.[24] Myös mainitaan, että luostarista lähetettiin tsaarille milloin 13,000, milloin 14,000, milloin 22,000 ruplaa. Kemiin rakennettiin noin v. 1650 kivinen linna, jota vastaan meidän puolelta tehtiin turha retki. Mutta kohta koitti taas rauhattomuuden aika luostarille, tällä kertaa ei kuitenkaan ulkomaisen vihollisen kautta. Se oli silloin kun patriarkka Nikon otti korjatakseen eli oikaistakseen Venäjällä jumalanpalveluksessa käytetyt käsikirjat, joihin oli aikojen kuluessa tullut monenmoisia virheitä. Nämä korjaukset herättivät yleistä mielipahaa sekä kansassa että papistossa, sillä Venäjän uskonnossa pannaan yksinomaisesti kaikki arvo ulkonaisiin menoihin ja temppuihin ja niiden noudattamiseen tarkasti määrätyllä tavalla; vähintäkin poikkeusta entisestä tavasta pidetään epäuskon ja jumalattomuuden merkkinä. Kun uudet, noudatettavaksi määrätyt kirjat tulivat Solovetsiin, veivät munkit ne aukaisematta asekamariin, jyrkästi kieltäytyen rupeamasta niitä seuraamaan. Moskovasta sitten tuli kovempi käsky, mutta nyt munkit ja luostarissa majailevat kasakat ryhtyivät julkiseen kapinaan arkkimandriitti Nikanorin ja ruhtinas Ljovin johdolla, joka jälkimmäinen oli tuomittu maanpakolaisuuteen tänne. Kapinan kukistamiseksi ilmestyi aluksi neljänä kesänä Jänissaarelle satakunta streltsiä eli tarkkampujaa, jotka eivät kuitenkaan luostarille voineet mitään. Sitten lähetettiin tuhat streltsiä Jevlevin komennossa, joka talveksi muutti leirinsä itse Solokan saarelle, mutta yhtä vähän pystyi luostaria kukistamaan. Viimein tuli vojevodi Meshtsherinov päälliköksi, ja hän rupesi luostaria säännöllisesti piirittämään, rakentaen vallituksen sen ympärille. Luostarista tehtiin rohkeita uloskarkauksia, jotka hän kuitenkin torjui; mutta hänen omat rynnäkkönsä eivät myöskään onnistuneet. Viimein luostari kuitenkin petoksen kautta joutui hänen käsiinsä, sittenkuin se 10 vuotta oli tehnyt hallitukselle vastarintaa. Tammikuussa 1676 — piiritystä jatkettiin näet talvellakin — eräs munkki Teofiil karkasi luostarista ja ilmaisi piirittäjäin päällikölle salaisen käytävän kirkkomaan puolelta valkean tornin alitse; ja eräänä myrskyisenä talviyönä piiritysjoukko puolustajain arvaamatta pääsi tätä tietä muurien sisäpuolelle, jossa kaikki, jotka ase kädessä tavattiin, heti hakattiin kappaleiksi. Henkiin jääneitten kanssa pidettiin sitten ankarat tutkinnot, ja ne, jotka yhä pysyivät kiellossaan, mestattiin tahi lähetettiin pois; mutta suuri määrä oli ennättänyt päästä pakoon ja levitteli vastustushenkeään rantamaitten asukkaisiin. Näitä pakolaisia siirtyi myöskin joukko Tuoppajärvelle Karjalaan, jossa rakensivat keskellä tuota suurta järveä olevaan saareen uuden luostarin, n.s. "Saaren monasterin".
Kapina oli "katkera sivu luostarin aikakirjoissa", mutta sitten luostari "loisti kahta kirkkaammin hurskaudellansa". Hallitus näyttää kuitenkin aluksi katselleen sitä epäilevin silmin, sillä uusi hiippakunta, Holmogorin (Arkangelin), perustettiin Vienanmeren tienoille, ja sen alueeseen liitettiin nyt Solovetsi, joka ennen oli kuulunut Novgorodin hiippakuntaan. Syyksi uuden hiippakunnan perustamiseen tosin luostarikirjassa mainitaan lahkolaisuuden tehokkaampi vastustaminen sen puolen kansassa — ja tämä syy kyllä on pätevä; sillä se eripuraisuuden henki, jonka Nikonin uudistustyö Venäjän kansassa herätti ja joka siitä ajasta saakka on jakanut kansan kahteen pääosaan: "raskolnikoihin" eli starovertseihin (vanhauskoisiin), jotka noudattavat ennen Nikonia voimassa olleita kirkonmenoja ja sääntöjä ja vihaavat kaikkia uudistuksia paholaisen tekoina, sekä "oikeauskoisiin", jotka noudattavat valtiokirkon menoja, se eripuraisuus oli varmaan näillä pohjoisilla seuduilla suhteellisesti vielä voimakkaampi kuin muualla; mutta toiselta puolen Vienassa asuva piispa tietysti saattoi pitää Solovetsiäkin likemmän tarkastuksen alaisena. Kohta luostari kuitenkin taas pääsi hallituksen suosioon, sittenkuin Pietari Suuri oli noussut valtaistuimelle. Hän kunnioitti luostaria kahdella käynnillä (v. 1694 ja 1702) ja teki silloin paljon lahjoituksia sille; kun Hanhisaarelle siihen aikaan ruvettiin laittamaan uutta skiittaa, auttoi hän sitäkin runsaalla kädellä. Luostarin arkkimandriittina oli Pietarin aikana ensin Firs (1687-1717), sitten Varsonofij, joka kutsuttiin Pietarin perustaman Pyhän Synodin jäseneksi ja 1737 nimitettiin Arkangelin piispaksi. Hänen aikanansa keisarinna Anna lahjoitti luostarille 1,000 ruplaa sekä komeita arvoesineitä.
Hanhisaaren ensimmäinen skiitta oli Pyhän Kolminaisuuden nimeen rakennettu; toinen rakennettiin Ristiinnaulitsemisen muistoksi Golgatan vuorelle ja sitä nimitetään sentähden "Golgofo-Raspjatskijn" skiitaksi. Sen perustaja oli Job, joka aikoinaan oli ollut Pietari Suuren rippi-isä, mutta syyttömästi epäluulon alaiseksi jouduttuaan oli lähetetty Solovetsiin vihittäväksi munkkisäätyyn. Nöyryydellään hän kuitenkin aivan pian niin voitti munkkien sydämet, että hänet nimitettiin Hanhisaaren vanhan skiitan esimieheksi. Kun hän kerran kesällä 1710 skiitasta oli tapaamassa kuuden virstan päässä korkealla vuorella asuvaa erakkoa, ilmestyi hänelle yöllä unennäössä Neitsyt Maaria vanhan skiitan perustajan Eleasarin seurassa ja sanoi, että vuorta oli siitä lähin nimitettävä Golgataksi, että siihen oli rakennettava kivikirkko ja munkki-asunto ristiinnaulitsemisen muistoksi ja että hän, Neitsyt Maaria, tulisi vuorella käymään ja iät kaiket heidän luonansa asumaan. Ukko Job oli silloin 74 vuoden vanha. Kirkon rakennukseen ryhdyttiin v. 1714, mutta ainoastaan puinen jaksettiin aluksi saada, joka parin vuoden perästä oli valmis; vasta toista sataa vuotta myöhemmin eli v. 1828 arkkimandriitti Dosifei rakensi uuden, kivisen. Puisen kirkon luo muutti sitten Job ja eleli siellä kuolemaansa saakka 6 p. maalisk. 1720, saatuaan vielä toisenkin kerran luonansa nähdä taivaallisen Neitsyen, joka osoitti hänelle paikan vuorenhuipulla, mistä saattoivat löytää vettä.
Kuvasta päättäen tämä skiitta on erinomaisen sievällä paikalla, pienen järven rannasta jyrkästi kohoavan, keilamaisen vuoren huipulla. Tuossa kirjassa "Solovetskij paaterik" sanotaan paikasta: "Vuoren kukkulalta aukenee kirkkaana kesäpäivänä majesteetillinen näköala Vienanmeren äärettömille ulapoille, suurelle osalle Solokan ja Muksalmen saaria, mannermaan rannikolle ja Shigshinin saarelle. Koko Hanhisaari kukkuloinensa, joita kesän aikana tuuheat petäjiköt ja koivikot peittävät, sekä erisuuruisine järvinensä on ikäänkuin jalkain alla." Kirkon korkeuden sanotaan kirjassa olevan vuoren juurelta 86 sashenia eli noin 600 jalkaa, ja se näkyy 5 penikulman päähän merelle.