Irkutskista tahtoi Castrén kuitenkin kaikesta huolimatta lähteä liikkeelle niin pian kuin hänen terveytensä suinkin sallisi ehtiäkseen Omskiin, missä elämä oli halvempaa ja missä hän saisi tilaisuuden jatkaa tutkimuksiaan. Vaikkakin tietäen, että rattailla kulkeminen Siperian teillä olisi hänen heikolle rinnalleen hyvin turmiollista, lähti hän siis Irkutskista muutaman viikon kuluttua, lähimpänä päämääränä Krasnojarsk. Tämä matka oli tulla hänen viimeisekseen. Itse kirjoittaa hän siitä kirjeessä akatemikko Sjögrenille:
"Matkallani Irkutskista Krasnojarskiin saavuin eräänä myöhäisenä elokuun iltana Balain kylään Kanskin piirissä, n. 80 virstaa Krasnojarskista. Päätin yöpyä kylään, en oikeastaan levon tarpeesta, vaan koska odotin vilutaudin kohtausta, joka Irkutskista lähdettyäni yhä on minua joka toinen päivä vaivannut. Vastoin luuloani ei taudin puuskaa nyt tullutkaan, ja minä paneuduin ilomielin levolle toivoen seuraavana päivänä pääseväni Krasnojarskiin. Estääkseni vilutaudin puhkeamista yöllä otin ennen nukkumistani erään kuuluisan irkutskilaisen lääkärin minulle määräämää lääkettä. Vaikkakin lääkettä sanottiin aivan viattomaksi, olin huomannut sen aiheuttavan minussa rykimistä ja pistoksia rinnassani sekä sen vuoksi lakannut lääkettä käyttämästä, kunnes Balaissa taas johtui mieleeni käyttää sitä viimeisen kerran. Kuten aina ennenkin sain nytkin hirmuisen yskäkohtauksen, jota tällä kertaa seurasi verensylky, niin voimakas, että sekä itse että läsnäolijat luulimme viimeisen hetkeni tulleen. Tietäen, että tällaisissa tapauksissa suonen isku on välttämätöntä, koetin viimeisin voimin saada jonkun suoneni avatuksi, mutta kohta huomasin verensylyn tästä yhä yltyvän. Uskoin sen vuoksi kohtaloni Herran huomaan, mutta minun tietämättäni lähetti kylän vanhin sanan tilastani Krasnojarskiin, pyytäen kuvernööriltä pikaista lääkärinapua.
"Yön kuluessa verensylky uusiintui yhtä voimakkaana. Sen jälkeen vaivuin sikeään uneen, jota kesti lähes 20 tuntia ja olisi kestänyt enempikin luultavasti, elleivät muutamat piirikunnan oikeuspalvelijat olisi minua herättäneet. Heitä oli viisi miestä ja heidän puhemiehenään oleva kirjuri luki piiripäällikön valtuuden noille viidelle miehelle kirjoittamaan luettelon omaisuudestani ja leikkaamaan kuolleen ruumiini. Paremmin muistaakseni sisällön luettiin valtuus minulle kolmasti, ja sinä aikana lähetit hyvin halukkaasti tarkastelivat kelloani ja muita irtaimia kapineitani. Kun kirjurin ääni vihdoin oli vaiennut, puuttuivat oikeudenpalvelijat puheeseen, sanoen aikovansa paikalla ryhtyä omaisuuteni luettelemiseen. Ruumiin leikkaus tahdottiin luonnollisesti jättää siksi, kunnes olisin kuollut, mutta ellei kuolema tulisi vuorokauden kuluessa, tahtoivat oikeudenpalvelijat palata päämiehensä luo, ja antaa kuolleen ruumiini käsittelyn kylän vanhimman tehtäväksi. Minä arvelin, että sama mies voisi huolehtia muustakin omaisuudestani, mutta oikeudenpalvelijat tahtoivat itse huolehtia tuosta mielestään edullisemmasta tehtävästä.
"Tästä keskustellessamme saapui toinen lähetystö, jonka luultavasti oli lähettänyt arvoisa kirkkoneuvosto, kumminkin ilman valtuutusta. Lähetystön puhetta johti muuan vanhus, joka suurella kaunopuheisuudella esitteli ihmisen kuolevaisuutta ja kaiken katoovaisuutta. Tämä mies koetti koettamasta päästyään taivuttaa minua kutsumaan pappia ripittämään itseäni. Hän ohimennen antoi minun ymmärtää, että kuoleva sellaisissa tilaisuuksissa tavallisesti muistaa kirkkoa ja sen palvelijoita lehmillä ja muilla hyvyyksillä.
"Tämä puhuja oli tuskin puhettaan lopettanut, kun ulkoa kuului aisakellon ääni ja korirattaitten kolina, mikä lakkasi minun porttini ulkopuolella. Samassa astui huoneeseeni kolme miestä, joista ensimmäinen esittihe lääkäriksi, toinen haavuriksi ja kolmas virkaatekeväksi kruununvoudiksi. Virkainnoissaan oli Krasnojarskin kuvernööri käskenyt näiden herrojen lähtemään Balaihin minusta huolehtimaan. Lääkäri, joka tällaisessa tapauksessa oli kaikki kaikessa, isketti heti suontani ja määräsi erilaisia lääkkeitä ulkoisesti ja sisäisesti käytettäväksi, mutta hänkään ei voinut estää kolmatta verensyöksyä, joka kohtasi minut samana päivänä ja hetkenä kuin tavallinen vilutautikohtaus yleensä. Nyt iskettiin uudelleen suonta, ja seuraus oli, että verensyöksy hetken kuluttua lakkasi."
Nyt kuletettiin Castrén kahdessa vuorokaudessa Krasnojarskiin, jossa hän 14:ssä vuorokaudessa oli voittanut kuoleman vaaran. Rohkeampana kirjoittaa hän Rabbelle, antaessaan tälle kaiken varalta viimeisen tahtonsa tiettäväksi ja määräten kuoleman sattuessa omaisuutensa käytettäväksi samojeditutkimusten jatkamiseksi, m.m.: "Krasnojarskissa väittävät, että minä juon ja että tautini johtuu juopottelusta, mutta sinä tiedät, että tämä on panettelua. Niinä 4-5 vuonna, jotka olen Siperiassa ollut, olen korkeintaan juonut muutaman lasin viiniä, enkä maistanut koskaan muita väkeviä. Vaikka en olekaan Mowitz, voi siis minustakin sanoa: — — keuhkotautisi vie sinut hautaan." (Viittaus ruotsalaisen runoilijan C.M. Bellmanin tunnettuihin sanoihin: "Mowitz, din lungsot den för dig i graven".)
Talvikelillä joulukuun alussa voi Castrén jättää Krasnojarskin ja lähteä pikakyydillä länteen. Kahdessatoista päivässä ajoi hän 1,000 virstaa Omskiin, jossa viipyi muutamia tunteja ja kirjoitti Rabbelle terveydestään m.m., että hänen vasemmassa keuhkossaan "polttaa, surisee ja pärisee", joten hän matkusti valmiina veren iskoksiin, vaikkakin lähin matka, n. 1,000 virstaa autioita aroja, tuntui kauhistavalta. Matka kuitenkin päättyi elämään, ja Castrén saapui Slatoustin kautta, vaikka arveluttavan huonossa tilassa, vuoden viimeisenä päivänä Ufaan ja jatkoi matkaansa, uskaltamatta raivoavan koleran takia pysähtyä pitemmäksi aikaa minnekään. 25 p. tammikuuta 1849 saapui hän viimein Pietariin muiden ja ehkä enimmin omaksi ihmeekseen.
Pietarissa hänen terveytensä alkoi parata, ja viipyi hän siellä muutaman viikon. Helmikuun lopulla hän vihdoin ystäväin ja kansalaisten iloksi ja ihastukseksi saapui Helsinkiin, josta hän oli ollut poissa neljä pitkää vuotta. Ystävät järjestivät hänelle lämpöisän tervetuliaisjuhlan akateemisten juhliemme muistorikkaassa Kaisaniemessä, jossa toverien puolesta puhui maan paras kaunopuhuja ja Castrénin personallinen ystävä Fredrik Cygnaeus.
Elämän viime vuodet. Kuolema.
Castrén oli uudelleen kotimaassa. Pitkän pitkät tutkimusmatkat olivat lopussa jos kohta terveyden kustannuksella. Mutta velvollisuus itseä, isänmaata ja tiedettä kohtaan oli täytetty ja nyt oli vaan jälellä kerättyjen ainesten muokkaaminen ja kelvolliseksi tekeminen.