Sekä pakanuus että kerettiläisyys joutuivat silloin vainon esineiksi — etenkin viimeksi mainittu. N.k. kristillinen papisto, sanoo Edgar, "tulkitsi väärällä tavalla juutalaisen perimätiedon lakeja ja juutalaisen historian tapahtumia, herättääkseen epäkristillisellä ja halpamaisella tavalla vainon pahan hengettären kreikkalaisen ja roomalaisen (pakanallisen) taikauskon jäännöstä vastaan.
"He repivät alas monijumalisuuden vanhan rakennuksen ja käyttivät sen tulot kirkon, valtion ja sotilaskunnan hyväksi… Pakanuus karkotettiin roomalaiselta alueelta… Pakko astui ylipäänsä vakaumuksen sijaan ja kauhu evankeliumin sijaan. Oikein hävettää lukea eräästä Symnachuksesta ja Libaniuksesta, noista kahdesta pakanallisesta puhujasta, miten he kehottavat puhumaan järjelle ja käyttämään todistelua uskontoa levittäessä, kun taas eräs Teodosius ja eräs Ambrosius, kristillinen keisari ja kristillinen piispa, vaativat väkivaltaa ja pakottamista."
Kun Konstantinista tuli Rooman yksinvaltias, oli hän halukas suvaitsemaan kaikkia uskontoja, niinkuin näkyy Mediolanumin kokouksen kuuluisasta julistuskirjasta, joka myönsi uskonnonvapauden jokaiselle yksityiselle henkilölle Rooman valtakunnassa. Kristillisen Seurakunnan, joka niin kauvan oli ikävöinyt vapautta edellisien vainojen aikana, olisi luullut tervehtivän sellaista askelta ilolla, mutta niin ei ollut asianlaita. Kristinuskon oikea henki oli mennyttä, ja kirkon päämäärä oli nyt niin pian kuin mahdollista korottautua tukahuttamalla jokaisen vapauden kipinän ja saattamalla kaikki allensa. Siten, sanoo Gibbon [II. nid. siv. 236], "onnistui hänen [Konstantinin] hengellisten palvelijain pian vähentää esivaltahenkilön puolueettomuuden ja herättää proselyytin innon… ja hän sammutti rauhan ja suvaitsevaisuuden toivon sillä hetkellä kun hän kokosi kolmesataa piispaa palatsin muurien sisälle." Keisaria houkuteltiin julistamaan, että ne, jotka asettuivat tämän hengellisen kunnan mielipiteitä vastaan uskonasioissa, saisivat valmistautua kiireelliseen maanpakoon. Ja heidän päätöksillään selitettiin olevan jumalallinen valta. Suvaitsemattomuuden henki kasvoi katkeraksi ja säälimättömäksi vainoksi. Konstantin antoi ulos kaksi rangastuslakia kerettiläisyyttä vastaan, ja hänen esimerkkiänsä seurasivat hänen seuraajansa — Valentinianus, Gratianus, Theodosius, Arkadius ja Honorius. Theodosius julkaisi viisitoista, Arkadius kaksitoista ja Honorius kokonaista kahdeksantoista tällaista asetusta. Nämä ovat otetut theodosianiseen ja justinianiseen lakikokoelmaan, papillisille ja keisarillisille laatijoille häpeäksi.
Se, mitä Antikristus suvaitsi kutsua kerettiläisyydeksi (jossa oli paljon totuutta ja oikeaa, joka koetti säilyttää jalansijaa) luettiin epäuskoa pahemmaksi, ja molempia vastustivat kuninkaat, keisarit ja jumaluusoppineet; ja inkvisitioni vainosi molempia, etenkin ensin mainittua. Kun noin kahdennentoista vuosisadan alussa tieteiden elpyminen alkoi, ja ihmiset alkoivat herätä "pimeiden aikojen" unesta ja rauhattomista unista, tunsivat ne, joiden mielistä totuus ei vielä kokonaan ollut häipynyt, kehotusta toimintaan, ja totuuden lippu korotettiin vastustamaan Antikristuksen karkeampia eksytyksi. Silloinpa Antikristuksen vainoamishenki heräsi raivoisaan toimintaan musertaakseen vastustuksen.
Kuninkaat ja ruhtinaat, jotka pelkäsivät valtaistuintensa turvallisuutta, jos he jollain tavalla olivat joutuneet paavin epäsuosioon, ja joiden valtakunnat saatettiin panna pelätyn pannaanjulistuksen alaisiksi, jos he taikka heidän kansansa kieltäytyivät ehdottomasti tottelemasta paavin käskyjä, saivat valalla vannoa juurineen hävittävänsä kristillisyyden ja kehotettiin heitä puhdistamaan maanäärensä kerettiläisestä väärennyksestä tiluksiensa kadottamisen uhalla; ja ne aatelismiehet, jotka laimiinlöivät antaa apuansa vainoamiseen, kadottivat sen kautta läänityksensä. Kuninkaat ja ruhtinaat eivät sentähden vitkastelleet totellessansa paavikunnan käskyjä, ja aatelismiehet ja heidän seuralaisensa olivat heidän käytettävinänsä, valmiina auttamaan hävittämistyössä.
Ennen tätä heräämistäkin, jo vuonna 630, pakotti Toledon kirkolliskokous Espanjan kuninkaan valtaistuimelle noustessaan vannomaan, ettei hän tule suvaitsemaan minkäänlaisia kerettiläisiä alamaisia Espanjan maanäärissä; ja selitti, että se hallitsija, joka rikkoisi sellaisen valan olisi "kirottu ijankaikkisen Jumalan kasvoin edessä ja tulisi polttoaineeksi ijankaikkiselle tulelle." Mutta sellaisten vaatimusten kauhea sisältö nähtiin täydellisemmin, kun herääminen alkoi, ja Antikristus oli saavuttanut valtansa huipun.
Oxfordin neuvosto jätti vuonna 1160 erään valdensisiirtolaisseurueen, joka oli matkustanut Gascognesta Englantiin, maalliselle vallalle rangastavaksi. Kuningas Henrik II antoi senjohdosta julkisesti piestä heitä, miehiä ja naisia, polttaa merkin heidän poskeensa tulikuumalla raudalla, ja ajaa heidät puoli-alastomina ulos kaupungista keskellä talvea; eikä kukaan saanut osottaa heille sääliväisyyttä tahi tehdä heille pienintäkään palvelusta.
Fredrik, Saksan keisari, tuomitsi vuonna 1224 kaikenlaisia kerettiläisiä elävinä roviolla poltettaviksi, heidän omaisuutensa menetetyksi, ja heidän jälkeentulevaisensa, jos eivät tulisi vainoojiksi, kunniattomiksi. Ludvig, Ranskan kuningas, antoi vuonna 1228 ulos lakeja kerettiläisyyden hävittämisestä, ja ne pantiin ankaruudella täytäntöön. Hän pakotti Raimondia, Toulousen kreiviä, alkamaan hävityssotaa kerettiläisiä vastaan alueellaan, eikä siinä saisi sääliä ystävää tahi aatelismiestäkään.
Sen vallan ensimäinen anastus, joka asteettain kehittyi paavikuntajärjestelmäksi, tapasi vastustusta; mutta tämä vastustus tuli ainoastaan muutamien harvojen uskollisten puolelta, joilla oli hyvin vähän vaikutusvaltaa siihen maailmallismieliseen, kaikkinielevään hyökyaaltoon nähden, joka syöksyi seurakunnan yli. Muutamat, kun he huomasivat eksytyksen, vetäytyivät kaikessa hiljaisuudessa luopumisesta palvellakseen Jumalaa omantuntonsa mukaisesti, vainonkin uhalla. Erityisesti huomattavat näistä olivat muutamat, joita jälestä päin nimitettiin valdenseiksi, albigenseiksi, wykliffilaisiksi ja hugenoteiksi. Näillä oli, vaikka saivat eri nimiä, niin paljon kuin voimme arvostella, yhteinen alkuperä ja yhteinen usko. "Valdensianismi", sanoo Rainerous (3: 4), huomattu inkvisiittori kolmannellatoista vuosisadalla, "on vanhin kerettiläisyys; ja on muutamien luulojen mukaan ollut olemassa aina [paavi] Sylvesterin päivistä asti, ja toisien mukaan apostolien päivistä asti." Sylvester oli paavina, kun Konstantin oli keisarina ja tunnustautui kristinuskoon; ja siten näemme, ettei totuus ole ollut ilman edustajia, aina alusta aikain; ja vaikka olivatkin halpoja ja vähäpätöisiä, asettuivat he rohkeasti vastustamaan paavikuntaa, ja paavilaisia oppeja kiirastulesta, kuvien palveluksesta, pyhimyksien rukoilemisesta, Neitsyt Marian palvelemisesta, kuolleiden edestä rukoilemisesta, transsubstantiationista (leivän ja viinin muuttumisesta Kristuksen ruumiiksi ja vereksi), pappien naimattomuudesta, synninpäästöstä, messuista j.n.e. hyljäten pyhiinvaellukset, juhlat, pyhän savun polttamisen, hautaamisen vihittyyn maahan, vihkiveden käytön, papillisen puvun, munkkilaitoksen y.m. ja pitivät kiinni siitä, että oli omistettava pyhän Raamatun oppi roomalaisen kirkon perimätietojen ja vaatimuksien sijasta. He katsoivat paavin olevan kaikkien eksytyksien lähteen ja väittivät, että syntien anteeksiantamista saadaan ainoastaan Jeesuksen ansion kautta.
Näiden ihmisten usko ja teot olivat askel uskonpuhdistukseen päin ja eksytyksien vastustamista aikoja ennen Lutherin päiviä; ja heitä ja muita, jotka vastustivat katolilaisuutta, ajettiin takaa, vihattiin, ja paavin tiedustelijat vainosivat heitä raivolla, joka ei tietänyt minkäänlaisesta armahtavaisuudesta. Lukuisimmat protestantit, jotka vastustivat paavikuntaa, olivat valdensit ja albigensit; ja kun tieteellinen herääminen kolmannellatoista vuosisadalla tuli, loisti totuus esille pääasiallisesti näiden joukosta, vaikka se heijastui ja lausuttiin selvemmin Wykliffen, Hussin, Lutherin ja muiden kautta. Ja heidän oppinsa, joita koruttomuus, siveellisyys ja yksinkertaisuus kannattivat, loistivat sitä kirkkaammalla valolla silloista korotettua paavikunnan suurenmoista ylpeyttä ja huutavaa epäsiveellisyyttä vastaan.