Jos lajit ovat ainoastaan selväpiirteisiä ja pysyväisiä muunnoksia, käsitämme ilman muuta, miksi niiden risteytetyt jälkeläiset ovat samojen monimutkaisten lakien alaisia kuin tunnustettujen muunnosten risteytetyt jälkeläiset, mitä tulee sekasikiöiden ja näiden vanhempien suurempaan tai pienempään yhtäläisyyteen ja tämän yhtäläisyyden laatuun, sekä siihen, että ne jatkuvasti risteytyessään voivat sulautua toisiinsa, y.m. sellaisiin seikkoihin. Tämä lajien ja muunnosten välinen yhtäläisyys olisi varsin oudostuttava, jos lajit olisivat luodut riippumatta toisistaan ja muunnokset olisivat syntyneet sekundaristen lakien vaikutuksesta.
Jos myönnämme, että geologian aikakirjat ovat peräti vaillinaiset, tukevat geologiset tosiasiat vankasti polveutumis- ja muuntumisteoriaa. Uusia lajeja on ilmestynyt näyttämölle hitaasti ja pitkien väliaikojen jäljestä; ja saman ajanjakson kuluessa eri ryhmissä tapahtuneiden muutosten suuruus on hyvin erilainen. Lajien ja kokonaisten lajiryhmien sukupuuttoon-häviäminen, jolla on ollut niin huomattava osansa elollisen maailman historiassa, on miltei välttämätön seuraus luonnollisen valinnan laista, sillä uudet ja kehittyneemmät muodot syrjäyttävät vanhat. Yksityiset lajit ja lajiryhmät eivät enää esiinny uudelleen, senjälkeen kuin polveutumisketju kerran on katkennut. Valtamuotojen asteittainen leveneminen ja niiden jälkeläisten hitaasti tapahtunut toisintuminen ovat syynä siihen, että elämänmuotoja pitkien aikakausien kuluttua esiintyy ikäänkuin samalla haavaa muuttuneina kaikkialla maapallolla. Se seikka, että jokaisen muodostuman kivettyneet jäännökset ovat johonkin määrin välimuotoja ylä- ja alapuolella sijaitsevien muodostumien kivettymille, saa yksinkertaisesti selityksensä niiden välittävästä asemasta polveutumisketjussa. Se merkillinen seikka taas, että kaikki sukupuuttoon kuolleet oliot ovat ryhmiteltävissä samoihin luokkiin kuin kaikki nykyään elävät muodot, on luonnollinen seuraus siitä, että elävät ja sukupuuttoon kuolleet eliöt ovat samojen esivanhempien jälkeläisiä. Koska lajit ovat yleensä erilaistuneet pitkän polveutumis- ja toisintumisaikansa kuluessa, käsitämme, miksi jokaisen ryhmän vanhemmilla muodoilla eli sen varhaisilla esivanhemmilla niin usein on johonkin määrin välittävä asema nykyisten ryhmien välillä. Uudempien muotojen katsotaan yleensä olevan korkeammalla organisationiasteella kuin vanhojen; näin täytyykin olla, koska myöhemmät ja kehittyneemmät muodot ovat elämäntaistelussa voittaneet vanhemmat ja vähemmän kehittyneet; niiden elimet ovat myöskin yleensä enemmän erikoistuneet eri tehtäviä suorittamaan. Tämä ei ensinkään ole ristiriidassa sen kanssa, että lukuisilla eliöillä yhä vieläkin on yksinkertainen ja kehittymätön, yksinkertaisiin elinehtoihin sovellettu rakenne, eikä sen kanssa, että jotkin muodot ovat organisationiltaan taantuneet jokaisella polveutumisasteellaan yhä paremmin soveltautuessaan uusiin yksinkertaisempiin elinehtoihin. Ja vihdoin on myöskin se ihmeellinen seikka helposti käsitettävissä, että eräät sukulaismuodot ovat pitkien aikakausien kuluessa olleet vallitsevina jollakin mantereella — kuten pussieläimet Australiassa ja Hampaattomat Etelä-Amerikassa — koska yhteinen alkuperä liittää läheisesti toisiinsa sukupuuttoon hävinneet ja nykyiset muodot.
Jos maantieteelliseen levenemiseen nähden myönnämme, että aikojen kuluessa on tapahtunut runsaasti siirtymisiä maanosista toisiin, johtuen aikaisemmista ilmastollisista ja maantieteellisistä muutoksista ja monista satunnaisista ja tuntemattomista levenemistavoista, voimme polveutumisteorian kannalta käsittää useimmat levenemistä koskevat pää-ilmiöt. Voimme ensinnäkin käsittää tuon omituisen rinnakkaisuuden elollisten olentojen paikallisessa levenemisessä ja niiden ajallisessa geologisessa jatkuvaisuudessa. Kummassakin tapauksessa liittää eliöitä toisiinsa luonnollisen polveutumisen side ja muuntumisen syyt ovat olleet samat. Käsitämme täydelleen tuon ihmeellisen seikan, joka on pistänyt jokaisen matkailijan silmään, että samalla mantereella kunkin luokan useimmat jäsenet ovat selvästi toisilleen sukua, vaikka elävätkin mitä erilaisimpien elinehtojen alaisina, kylmissä ja kuumissa seuduissa, vuoristoissa ja tasangoilla, erämaissa ja soissa, koska ne ovat samojen esivanhempien ja ensimäisten siirtolaisten jälkeläisiä. Aikaisemmat siirtymiset ja niitä useimmiten seurannut toisintuminen ynnä jääkausi selittävät, miksi kaukana toisistaan olevissa vuoristoissa ja pohjoisessa ja eteläisessä lauhkeassa vyöhykkeessä tavataan muutamia identisiä ja useita lähisukuisia kasvilajeja; samoin ne selittävät muutamien pohjoisen ja eteläisen lauhkean vyöhykkeen merenasujanten läheisen sukulaisuuden, huolimatta siitä, että alueita erottaa kääntöpiirien välinen valtameri. Meidän ei tule ihmetellä sitä, että vaikka kaksi eri aluetta voikin tarjota niin yhtäläisiä elinehtoja, kuin saman lajin yksilöt suinkin voivat kaivata, asukkaat kumminkin saattavat olla hyvin erilaisia, jos alueet ovat pitkien aikojen kuluessa olleet täysin erillään toisistaan. Sillä koska eliöiden keskinäisillä suhteilla on kaikkein tärkein merkitys ja koska nuo kaksi aluetta lienevät saaneet toisiltaan tai joltakin muulta alueelta uusia siirtolaisia eri aikoina ja eri suhteissa, on muuntelun kummallakin alueella täytynyt käydä aivan eroavaan suuntaan.
Olettamamme vaellukset ja niitä seurannut toisintuminen selittävät, miksi valtamerensaarilla asustaa vain muutamia harvoja lajeja, joista useat ovat endemisiä muotoja. On hyvin ymmärrettävää, miksi valtamerensaarilla ei asusta sellaisiin eläinryhmiin kuuluvia lajeja, jotka eivät kykene siirtymään aavojen valtamerenulappain ylitse, kuten sammakkoja ja maaimettäväisiä, ja miksi kaukana mantereesta olevilla saarilla sen sijaan usein tavataan useita erikoisia lepakkolajeja, eläimiä, jotka kykenevät siirtymään valtameren ylitse. Tällaiset tapaukset kuin valtamerensaarille erikoiset lepakkolajit ja kaikkien maaimettäväisten täydellinen puuttuminen ovat luomisopin kannalta aivan selittämättömiä.
Kun kahdella alueella tavataan lähisukuisia eli toisiaan edustavia lajeja, edellyttää tämä, että kummallakin on aikaisemmin elänyt samoja kantamuotoja; havaitsemmekin miltei aina, kun kahdella alueella elää useita lähisukuisia lajeja, joidenkin lajien vieläkin olevan alueille yhteisiä. Missä tahansa esiintyy useita lähisukuisia vaikkakin erikoisia lajeja, siellä myöskin tavataan samoihin ryhmiin kuuluvia epävarmoja muotoja ja muunnoksia. On hyvin yleinen sääntö, että kunkin alueen asukkaat ovat sukua lähimmän seudun asukkaille, mistä siirtolaisia on voinut saapua. Näemme tämän esim. siitä, että Galapagos-saariston, Juan Fernandez-saarten ja muiden Amerikan saarten kaikki kasvit ja eläimet ovat ilmeisesti sukua läheisen Amerikan mantereen asukkaille; samoin ovat Kap Verde-saarten ja muiden Afrikaan kuuluvien saarten asukkaat läheistä sukua Afrikan mantereen asukkaille. Ja myönnettäneen, ettei luomisteoria ensinkään voi selittää näitä seikkoja.
Se seikka, että kaikki muinaiset ja nykyiset elolliset oliot voidaan, kuten olemme nähneet, järjestää muutamiksi suuriksi toisten ryhmien alaisiksi ryhmiksi, ja että sukupuuttoon kuolleet ryhmät usein lankeavat nykyisten väliin, on käsitettävissä luonnollisen valinnan teorian ja siihen sisältyvän sukupuuttoonhäviämisen sekä ominaisuuksien erilaistumisen avulla. Nämä samat periaatteet selittävät myöskin, miksi kuhunkin luokkaan kuuluvien muotojen keskinäiset sukulaisuussuhteet ovat niin monimutkaiset. Ne selittävät, miksi eräät tunnusmerkit paljon paremmin soveltuvat jaotusperusteiksi kuin toiset; miksi adaptivisilla ominaisuuksilla, vaikka ne eliöille itselleen ovat verrattomasti tärkeimmät, on tuskin mitään merkitystä jaotuksessa; miksi surkastuneiden elinten tarjoomilla tunnusmerkeillä, vaikka niillä ei ole mitään arvoa eliöille, on usein erittäin suuri jaotuksellinen arvo; ja miksi embryologiset tunnusmerkit ovat usein kaikkein arvokkaimmat. Elollisten olentojen todelliset sukulaisuudet johtuvat, päinvastoin kuin adaptiviset yhtäläisyydet, perinnöllisyydestä eli alkuperän yhteisyydestä. Luonnollinen järjestelmä on genealoginen; saavutettuja eroavaisuusasteita osottavat siinä nimitykset "muunnos", "laji", "suku", "heimo" j.n.e., ja meidän on polveutumisviivoja seuratessamme pidettävä silmällä pysyväisimpiä tunnusmerkkejä, mitkä nämä lienevätkin ja kuinka vähäinen niiden merkitys lieneekin lajien elämälle.
Ihmisen kädessä, lepakon siivessä, merisian uimuksessa ja hevosen jalassa havaitsemamme samankaltainen luusto, sama kaulanikamien lukumäärä giraffilla ja norsulla ja lukemattomat muut sellaiset seikat selviävät muitta mutkitta polveutumisteorian valossa, joka edellyttää hitaita ja lieviä toisiaan seuraavia muunteluita. Lepakon siiven- ja takajalanrakenteen yhtäläisyys, huolimatta elinten erilaisista tarkotusperistä, samoinkuin ravun leukojen ja raajojen sekä kukan terälehtien, heteiden ja emien yhtäläinen muovailu on myöskin suurimmaksi osaksi selitettävissä siten, että osat ja elimet, jotka alkuaan olivat yhtäläiset kunkin luokan muinaisella kantamuodolla, ovat asteittaisesti toisintuneet. Olettaen, että toisiaan seuraavat muuntelut eivät aina esiinny varhaisessa iässä ja että ne periytyvät jälkeläisiin samalla ikäkaudella, millä ne vanhemmissa esiintyivät, käsitämme miksi imettäväisten, lintujen, matelijoiden ja kalojen sikiöt ovat niin toistensa kaltaisia ja täysinkehittyneistä muodoista niin eroavia. Meidän ei enää tarvitse ihmetellä sitä, että ilmaahengittävän imettäväisen tai linnun alkiolla on kidusaukot ja kiduksissa kaareutuvat valtimot niinkuin kalalla, jonka on hengitettävä happea vedestä hyvinkehittyneillä kiduksillaan.
Käytön puute lienee, toisinaan luonnollisen valinnan avustuksella, pienentänyt elimiä, kun nämä ovat käyneet tarpeettomiksi elintapojen tai elinehtojen muututtua. Tämä antaa meille oikean käsityksen surkastuneiden elinten merkityksestä. Mutta käytön puute ja valinta vaikuttaa yleensä jokaiseen olentoon vasta kun olento on saavuttanut täyden kehityksensä ja joutunut toden teolla taistelemaan olemassaolostaan, eikä niillä siis ole suurta vaikutusta elimistöön eliön varhaisella ikäkaudella. Näin ollen ei elin tällä ikäkaudella vielä pienene eikä surkastu. Niinpä on esim. vasikka perinyt hampaansa, jotka eivät milloinkaan puhkea yläleuan ikenistä, joltakin muinaiselta esi-isältä, jolla on ollut hyvinkehittyneet etuhampaat yläleuassa; ja on syytä otaksua, että täysi-ikäisen eläimen hampaat ovat muinoin surkastuneet käytön puutteessa, sittenkuin luonnollinen valinta on tehnyt sen kielen ja kitalaen tai huulet oivallisesti soveltuviksi ruohon katkaisemiseen ilman hampaitten apua. Vasikan hampaat ovat sen sijaan jääneet tästä vaikutuksesta osattomiksi, ja tuon lain mukaan, että ominaisuudet periytyvät vastaavassa iässä, ne ovat kaukaisista ajoista periytyneet nykyaikaan saakka. Jos jokainen eliö kaikkine eri osineen olisi erikseen luotu, kuinka selittämätöntä olisikaan, että niin usein tavataan elimiä, jotka ilmeisesti ovat aivan hyödyttömiä, sellaisia kuin sikiötilassa olevan vasikan hampaat tai useiden kuoriaisten peitinsiipien alla olevat käpertyneet siivet. Voimme sanoa, että luonto on tahtonut paljastaa meille muuntelusuunnitelmansa surkastuneiden elinten ja embryologisten sekä homologisten rakennelmien avulla, mutta me olemme sokeat ymmärtämään luonnon tarkotusta.
Olen nyt toistanut kaikki tärkeimmät tosiasiat ja syyt, jotka ovat täysin vakuuttaneet minut siitä, että lajit ovat pitkien sukupolvijaksojen kuluessa toisintuneet. Tämä on tapahtunut pääasiassa siten, että luonto on valinnut lukuisia, toisiaan seuraavia lieviä ja edullisia muunteluita. Luonnollista valintaa ovat tärkeällä tavalla avustaneet lisääntyneen tai vähentyneen käytön perinnölliset vaikutukset ja vähäisemmässä määrässä ulkonaisten elinehtojen suoranainen vaikutus adaptivisiin rakennelmiin, joko muinaisiin tai nykyisiin, sekä muuntelut, jotka meistä näyttävät syntyneen spontanisesti, koska emme tunne niiden syitä. Minusta tuntuu siltä, että olen aikaisemmin arvostanut liian vähäisiksi jälkimäisten muuntelumuotojen tavallisuuden ja merkityksen muunteluina, jotka johtavat pysyväisiin toisintoihin riippumatta luonnollisesta valinnasta. Mutta koska johtopäätöksiäni on viime aikoina aivan vääristelty ja väitetty minun lukevan lajien muuntumisen yksinomaan luonnollisen valinnan ansioksi, sallittakoon minun huomauttaa, että teokseni ensimäisessä ja myöhemmissä painoksissa olen hyvin huomattavalla paikalla — Johdannon lopussa — lausunut seuraavat sanat: "Olen vakuutettu siitä, että luonnollinen valinta on ollut muutosten tärkeimpänä, vaikkakaan ei yksinomaisena syynä." Tämä ei ole mitään hyödyttänyt. Asioiden jatkuvalla vääristelyllä on suuri vaikutus. Mutta onneksi tieteen historia osottaa, ettei tämä vaikutus ole pitkäikäinen.
Voitaneen tuskin kieltää, ettei väärä teoria voisi niin tyydyttävällä tavalla kuin luonnollisen valinnan teoria selittää edellä esittämiämme lukuisia tosiasioita. Äskettäin on väitetty, että tämä epäsuora todistelutapa on epäluotettava. Kumminkin se on tapa, jolla arvostellaan elämän jokapäiväisiä ilmiöitä, ja sitä ovat usein käyttäneet suurimmat luonnontutkijamme. Sitä tietä on keksitty valonaaltoiluteoria ja viime aikoihin saakka on tuskin voitu esittää mitään suoranaisia todisteita senkään otaksuman tueksi, että maa pyörii akselinsa ympäri. Mikään pätevä vastaväite ei ole sekään, ettei tiede vielä voi luoda mitään valoa tuohon paljon korkeampaan problemiin, elämän olemukseen ja alkuperään. Kuka voi selittää, mikä on veto- tai painovoiman olemus, vaikka Leibnitz aikoinaan syytti Newton'ia siitä, että tämä oli "tuonut filosofiaan salattuja aineksia ja ihmeitä".