Kaikkialta itämailta saapuivat etevimmät oppineet Bysanttiin: Pietari, Apamean entinen piispa, munkki Zooras ja monta muuta. Severus itse oli lopulta tehnyt päätöksensä keisarinnan itsepintaisuuden ja uskonveljiensä moitteitten taivuttamana. Viimeksimainitut olivat nimittäin moittineet häntä hänen ilmeisen toimettomuutensa vuoksi.
»Älkää te itse pettykö tässä asiassa», vastasi heille pyhä mies. »Me emme koskaan voi tehdä rauhaa todellisen keisarin kanssa. Lähden nyt kuitenkin Konstantinopoliin, jotta en näyttäisi olevani esteenä teidän toiveillenne, mutta palatessani saatte nähdä, etten ole saavuttanut mitään».
Todellisuus näytti aluksi saattavan hänen epäilyksensä häpeään. Keisari otti hänet vastaan juhlallisen upeasti, Teodora järjesti hänelle ystävällisesti asunnon palatsiin, keisaripari kuunteli tarkkaavasti hänen sanojaan, eikä kestänyt kauan, ennenkuin Severus alkoi vaikuttaa kaikkivaltiaasti maan uskonnollisiin asioihin.
Nyt näyttivät monofysiitit tosiaankin olevan valtakunnan varsinaisia herroja. Varmoina keisarinnan suosiosta julistivat he rohkeasti sodan oikeauskoisille ja saivat aikaan yleisen hajaannuksen. Lain nimenomaisista kielloista huolimatta he pitivät hartauskokouksia, saarnasivat kirkoissa, yksityistaloissa, kaupungissa ja esikaupungeissa ja aiheuttivat sopimattomia kahakoita oikeauskoisten kirkoissa.
Siinä luostarissa, jonka Zooras oli rakennuttanut itselleen keisarinnan lahjoittamalle maa-alueelle, hän asusti esikuvana kaikille uskonsa, nöyryytensä ja armeliaisuutensa vuoksi. Joka päivä tungeskeli köyhiä luostarin portilla saadakseen osan hänen jakamistaan lahjoista. Tämänkin maailman ylhäiset, senaattorit ja hovimiehet, jotka näkivät hänen vaikutusvaltansa palatsissa sekä huomasivat hänen lausuvan ratkaisevan sanan hyvinkin tärkeissä asioissa, ilmaisivat hänelle yhtä innokkaasti kunnioitustaan ja kiintymystään. Varsinkin naiset olivat haltioissaan syyrialaisten saarnaajien vuoksi. Monofysiittien vastustajat väittivät muuten näiden pappien osoittavan omituista lempeyttä katuvaisia naisia kohtaan ja mielellään ottavan lisää kannattajia kurtisaaneista, tanssijattarista sekä sellaisista naisista, jotka olivat vajonneet paheisiin, mässäämiseen ja aviorikokseen. Joka tapauksessa monofysiitit olivat hyvin suosittuja naisten keskuudessa ja saivat heidän välityksellään merkittäviä etuja. Heidän hovissa saavuttamansa vaikutusvalta sekä se peittelemätön suosio, jota muutamat etevät henkilöt keisarin seurapiirissä osoittivat heille, vaikutti, että he tekivät monta valloitusta varsinkin ylempien luokkien keskuudessa. Heidän luokseen tuotiin sadoittain lapsia kastettaviksi, ja hovin kamariherrat ja senaattoritkin ylpeilivät siitä, että osasivat itse elää syyrialaisten munkkien ankaralla ja karulla tavalla. Päästäkseen yhtä pyhälle asteelle kuin nämä munkit jakoi mainehikas hovimies Teodorus almuina koko omaisuutensa, onnellisena siitä, että sai antautua köyhyyteen. Päätettyään palveluksensa hovissa ylimys Tribonius vetäytyi luostarikoppiin ja käytti aikansa rukouksiin ja köyhäin hoitoon. Kaikki hovin jäsenet koettivat jäljitellä näitä hurskaita miehiä toivoen siten voittavansa keisarin suosion ja takaavansa sielulleen iankaikkisen autuuden.
Juuri tähän aikaan kuoli Konstantinopolin patriarkka Epifanus. Nyt saivat eriuskoiset uuden riemuitsemisen syyn. Siinä luostarissa, jonka keisarinna oli järjestänyt Hormisdaksen palatsiin, eli hurskas mies, jonka nimi oli Antimus. Hän oli ollut Trapezundin piispana, ja monofysiitit pitivät häntä suuressa arvossa hänen oppineisuutensa, hurskaan elämänsä, kaikkea maallista kohtaan tuntemansa ylenkatseen ja ennen kaikkea sen rohkeuden vuoksi, »jolla hän oli repinyt kaikki valheen siteet ja saarnannut oikeaa oppia». Salaa hän kannatti kerettiläisten asiaa, ja Teodoran avulla hänet asetettiin patriarkan istuimelle, minkä jälkeen hän ei vitkastellut, vaan alkoi tukea Severuksen vaikutusvaltaa ja kannattaa sen miehen neuvoja, jota piti kirkon suurmiehenä.
Samoihin aikoihin kuoli myöskin Timoteus, Aleksandrian patriarkka. Teodora, joka oli ollut lämpimästi kiintynyt tähän monofysiittien opin urhoolliseen puolustajaan, päätti nimittää hänen seuraajakseen sellaisen miehen, joka olisi hänen makunsa mukainen. Oli valittava joko taipumaton Gaianos, jota kiihkeät munkit kannattivat, tai Teodosius, joka oli helpommin taivutettavissa ja teräväpäisempi. Teodora päätti nimittää virkaan jälkimmäisen, ja kun kiihkeitten puolue itsepintaisesti vaati Gaianosta, toimi keisarinna tavoilleen uskollisena hyvin ripeästi ja tarmokkaasti.
Aleksandriassa oli tapana, että kuolleen patriarkan paarien ääressä hänen seuraajansa täytyi tarttua vainajan oikeaan käteen, laskea se päänsä päälle sekä ottaa häneltä sen jälkeen pyhän Markuksen pallium[10] ja panna se ylleen. Viranomaisten avusta ja erään Teodoran lähettilään läsnäolosta huolimatta oli Gaianoksen ystävien onnistunut estää Teodosius suorittamasta tätä vallanluovuttamiseen kuuluvaa juhlamenoa. Jotta keisarinnan suojatti saataisiin asetetuksi virkaan, täytyi koota joukkoja ja lähettää Egyptiin valtuutettu lähettiläs, eunukki Narses, joka oli keisarinnan kamariherra ja uskottu. Monta päivää tapeltiin kaduilla, ja naisetkin sekaantuivat talojen katoilta taisteluun. Lopulta täytyi turvautua tulen valtaan, jonka avulla kahakka vasta saatiin lakkaamaan. Sillä tavoin pääsi oikeus voitolle, ja Teodosius nousi patriarkan istuimelle.
Severuksen välityksellä asettui Konstantinopolin Antimus heti yhteyteen Aleksandrian uuden patriarkan kanssa, ja keisarinnan suojelemina ja keisarin välinpitämättömyyden turvin nämä kolme patriarkkaa alkoivat »rauhaa edistääkseen», niinkuin he sanoivat, noudattaa monofysiiteille suopeaa politiikkaa. Turhaan julistivat oikeauskoiset munkit, katolisen uskon vartijat, raivoisissa kirjoituksissa kaikkien kuultavaksi kerettiläisten menestyksen, turhaan he esittivät Severuksen pakanana, pahojen henkien palvelijana ja epäiltynä noituuden harjoittamisesta, Pietari Apamealaisen turmeltuneena heittiönä, »jonka jumala oli vatsa» ja joka antautui häpeälliseen nautintoon kevytmielisten naisten kanssa, Zooraksen houkkiona ja Antimuksen kerskailijana. Keisari ei ollut kuulevinaankaan, ja oikeauskoisten kauhuksi menestyi viettelytyö, niinkuin he sitä nimittivät, aivan peloittavasti.
Mutta Teodoran suunnitelmien turmioksi saapui näihin aikoihin Bysanttiin odottamaton vastustaja, nimittäin paavi Agapetus. Hän tuli goottien kuninkaan Teodahadin lähettiläänä Justinianuksen luokse. Hänet otettiin erittäin kunnioittavasti vastaan Bysantin hovissa, eikä kestänyt kauan, ennenkuin hän alkoi sekaantua uskonnolliseen kiistaan ja kieltäytyi jyrkästi asettumasta yhteyteen kerettiläisen Antimuksen kanssa. Turhaan oli keisari suuttunut ja sanonut paaville: »Taivu minun käsitykseeni, tai karkoitan sinut»; turhaan oli joustavampi Teodora rukoillut ja koettanut taivuttaa paavia lupaamalla suuria rahalahjoja. Agapetus, jolla oli tukenaan koko oikeaoppinen kristikunta, ei tahtonut kuulla puhuttavankaan sellaisesta. Puolisonsa ja kaikkivaltiaan paavin välillä oli keisari tavattoman vaikeassa asemassa, kunnes Jumala itse julkisesti asettui monofysiittien puolelle, jos tarinaa voi uskoa.